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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35719 | |||||||||
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タイトル | RNA polymerase III pre-initiation complex melting complex 1 | |||||||||
マップデータ | RNA polymerase III pre-initiation complex melting complex 1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase III / SNAPc complex / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription preinitiation complex assembly / snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly ...transcription preinitiation complex assembly / snRNA-activating protein complex / snRNA transcription / snRNA transcription by RNA polymerase III / bent DNA binding / RNA Polymerase III Chain Elongation / RNA Polymerase III Transcription Termination / calcitonin gene-related peptide receptor activity / transcription factor TFIIIB complex / RNA polymerase III preinitiation complex assembly / TFIIIC-class transcription factor complex binding / DNA/RNA hybrid binding / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of transcription by RNA polymerase III / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / DNA polymerase III complex / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / positive regulation of innate immune response / male pronucleus / female pronucleus / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / nucleobase-containing compound metabolic process / RNA Polymerase I Transcription Termination / transcription preinitiation complex / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Viral Messenger RNA Synthesis / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / mRNA Capping / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / termination of RNA polymerase III transcription / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase III activity / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / mRNA Splicing - Minor Pathway / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / transcription by RNA polymerase I / aryl hydrocarbon receptor binding / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / TFIIB-class transcription factor binding / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / neuropeptide signaling pathway / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase I activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / core promoter sequence-specific DNA binding / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Inhibition of DNA recombination at telomere / TBP-class protein binding / positive regulation of interferon-beta production / mRNA Splicing - Major Pathway / acrosomal vesicle / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / protein-DNA complex / male germ cell nucleus / DNA-templated transcription initiation / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Hou H / Jin Q / Ren Y / Wang Q / Xu Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2023 タイトル: Structure of the SNAPc-bound RNA polymerase III preinitiation complex. 著者: Haifeng Hou / Qianwei Jin / Yulei Ren / Zhenguo Chen / Qianmin Wang / Yanhui Xu / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35719.map.gz | 116.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35719-v30.xml emd-35719.xml | 60.4 KB 60.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35719.png | 133.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35719.cif.gz | 15.2 KB | ||
その他 | emd_35719_additional_1.map.gz emd_35719_half_map_1.map.gz emd_35719_half_map_2.map.gz | 56.2 MB 98.4 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35719 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35719 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35719_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35719_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35719_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35719_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35719 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35719 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8iueMC 8ityC 8iuhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | RNA polymerase III pre-initiation complex melting complex 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.334 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: TFIIIB-SNAPC masked
ファイル | emd_35719_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | TFIIIB-SNAPC masked | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map-1
ファイル | emd_35719_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map-1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map-2
ファイル | emd_35719_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map-2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : RNA polymerase III pre-initiation complex melting complex 1
+超分子 #1: RNA polymerase III pre-initiation complex melting complex 1
+超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase
+超分子 #3: DNA
+超分子 #4: transcription factor
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC1
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC2
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC9
+分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
+分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
+分子 #7: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
+分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
+分子 #9: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC10
+分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
+分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
+分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
+分子 #13: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC5
+分子 #14: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC4
+分子 #15: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC3
+分子 #16: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC6
+分子 #17: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC7
+分子 #20: snRNA-activating protein complex subunit 1
+分子 #21: snRNA-activating protein complex subunit 3
+分子 #22: snRNA-activating protein complex subunit 4
+分子 #23: TATA-box-binding protein
+分子 #24: Transcription factor IIIB 50 kDa subunit
+分子 #25: Transcription factor TFIIIB component B'' homolog
+分子 #18: Human gene for U 6 RNA
+分子 #19: DNA (74-MER)
+分子 #26: ZINC ION
+分子 #27: MAGNESIUM ION
+分子 #28: IRON/SULFUR CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37656 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-8iue: |