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- EMDB-35693: Pr conformer of Zea mays phytochrome A1 - ZmphyA1-Pr -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35693
タイトルPr conformer of Zea mays phytochrome A1 - ZmphyA1-Pr
マップデータ
試料
  • 複合体: Zea mays phytochrome A1 (ZmphyA1-Pr)
    • タンパク質・ペプチド: Phytochrome
  • リガンド: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid
キーワードmaize phytochrome A1 / Pr conformer / far-red light receptor / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


red, far-red light phototransduction / detection of visible light / phosphorelay sensor kinase activity / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain ...Phytochrome A/B/C/D/E / Phytochrome chromophore binding site / Phytochrome chromophore attachment site signature. / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / Zea mays (トウモロコシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang Y / Ma C / Zhao J / Gao N / Wang J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural insights into plant phytochrome A as a highly sensitized photoreceptor.
著者: Yuxuan Zhang / Xiaoli Lin / Chengying Ma / Jun Zhao / Xiaojin Shang / Zhengdong Wang / Bin Xu / Ning Gao / Xing Wang Deng / Jizong Wang /
履歴
登録2023年3月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35693.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35693.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å		0.85 Å/pix.
x 320 pix.
= 272. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.68871117 - 1.0865606
平均 (標準偏差)0.000072731025 (±0.020370146)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35693_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35693_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Zea mays phytochrome A1 (ZmphyA1-Pr)

全体名称: Zea mays phytochrome A1 (ZmphyA1-Pr)
要素
  • 複合体: Zea mays phytochrome A1 (ZmphyA1-Pr)
    • タンパク質・ペプチド: Phytochrome
  • リガンド: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid

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超分子 #1: Zea mays phytochrome A1 (ZmphyA1-Pr)

超分子名称: Zea mays phytochrome A1 (ZmphyA1-Pr) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: Phytochrome

分子名称: Phytochrome / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zea mays (トウモロコシ)
分子量理論値: 124.72643 KDa
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
配列文字列: MSSLRPAQSS SSSSRTRQSS QARILAQTTL DAELNAEYEE SGDSFDYSKL VEAQRSTPPE QQGRSGKVIA YLQHIQRGKL IQPFGCLLA LDEKSFRVIA FSENAPEMLT TVSHAVPNVD DPPKLGIGTN VRSLFTDPGA TALQKALGFA DVSLLNPILV Q CKTSGKPF ...文字列:
MSSLRPAQSS SSSSRTRQSS QARILAQTTL DAELNAEYEE SGDSFDYSKL VEAQRSTPPE QQGRSGKVIA YLQHIQRGKL IQPFGCLLA LDEKSFRVIA FSENAPEMLT TVSHAVPNVD DPPKLGIGTN VRSLFTDPGA TALQKALGFA DVSLLNPILV Q CKTSGKPF YAIVHRATGC LVVDFEPVKP TEFPATAAGA LQSYKLAAKA ISKIQSLPGG SMQALCNTVV KEVFDLTGYD RV MAYKFHE DEHGEVFAEI TKPGIEPYLG LHYPATDIPQ AARFLFMKNK VRMICDCRAR SVKIIEDEAL SIDISLCGST LRA PHSCHL QYMENMNSIA SLVMAVVVNE NEDDDEPESE QPPQQQKRKK LWGLIVCHHE SPRYVPFPLR YACEFLAQVF AVHV NKEFE LEKQIREKSI LRMQTMLSDM LFKESSPLSI VSGSPNIMDL VKCDGAALLY GDKVWRLQTA PTESQIRDIA FWLSE VHGD STGLSTDSLQ DAGYPGAASL GDMICGMAVA KITSKDILFW FRSHTAAEIK WGGAKHDPSD EDDSRRMHPR LSFKAF LEV VKMKSLPWSD YEMDAIHSLQ LILRGTLNDA LKPAQSSGLD NQIGDLKLDG LAELQAVTSE MVRLMETATV PILAVDG NG LVNGWNQKVA DLSGLRVDEA IGRHILTLVE DSSVPIVQRM LYLALQGREE KEVRFELKTH GSKRDDGPVI LVVNACAS R DMHDHVVGVC FVAQDMTVHK LVMDKFTRVE GDYRAIIHNP NPLIPPIFGA DQFGWCSEWN AAMTKLTGWH RDEVIDRML LGEVFDSSNA SCLLKSKDAF VRLCIIINSA LAGEEAEKAP IGFFDRDGKY IECLLSVNRK VNADGVVTGV FCFIHVPSDD LQHALHVQQ ASEQTALRRL KAFSYMRHAI DKPLSGMLYS RETLKGTDLD EEQMRQVRVA DNCHRQLNKI LADLDQDNIT D KSSCLDLD MAEFVLQDVV VSAVSQVLIG CQGKGIRVAC NLPERSMKQK VYGDGIRLQQ ILSDFLFVSV KFSPAGGSVD IS SKLTKNS IGENLHLIDF ELRIKHQGAG VPAEILSQMY GEDNREQSEE GLSLLVSRNL LRLMNGDIRH LREAGMSTFI LTA ELAAA

UniProtKB: Phytochrome

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分子 #2: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydro...

分子名称: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}- ...名称: 3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: O6E
分子量理論値: 586.678 Da
Chemical component information

ChemComp-O6E:
3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-yl)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 229726
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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