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- EMDB-35671: Structure of Full-Length AsfvPrimPol in Complex-Form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35671
タイトルStructure of Full-Length AsfvPrimPol in Complex-Form
マップデータ
試料
  • 複合体: Full-Length AsfvPrimPol in complex with DNA and AMPPNP
    • 複合体: Full-Length AsfvPrimPol
      • タンパク質・ペプチド: Putative primase C962R
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (32-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードpolymerase / primase / PrimPol / Helicase / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides / helicase activity / DNA replication / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Primase, C-terminal 2 / Primase C terminal 2 (PriCT-2) / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative primase C962R
類似検索 - 構成要素
生物種African swine fever virus BA71V (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Shao ZW / Su SC / Gan JH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structures and implications of the C962R protein of African swine fever virus.
著者: Zhiwei Shao / Shichen Su / Jie Yang / Weizhen Zhang / Yanqing Gao / Xin Zhao / Yixi Zhang / Qiyuan Shao / Chulei Cao / Huili Li / Hehua Liu / Jinru Zhang / Jinzhong Lin / Jinbiao Ma / Jianhua Gan /
要旨: African swine fever virus (ASFV) is highly contagious and can cause lethal disease in pigs. Although it has been extensively studied in the past, no vaccine or other useful treatment against ASFV is ...African swine fever virus (ASFV) is highly contagious and can cause lethal disease in pigs. Although it has been extensively studied in the past, no vaccine or other useful treatment against ASFV is available. The genome of ASFV encodes more than 170 proteins, but the structures and functions for the majority of the proteins remain elusive, which hindered our understanding on the life cycle of ASFV and the development of ASFV-specific inhibitors. Here, we report the structural and biochemical studies of the highly conserved C962R protein of ASFV, showing that C962R is a multidomain protein. The N-terminal AEP domain is responsible for the DNA polymerization activity, whereas the DNA unwinding activity is catalyzed by the central SF3 helicase domain. The middle PriCT2 and D5_N domains and the C-terminal Tail domain all contribute to the DNA unwinding activity of C962R. C962R preferentially works on forked DNA, and likely functions in Base-excision repair (BER) or other repair pathway in ASFV. Although it is not essential for the replication of ASFV, C962R can serve as a model and provide mechanistic insight into the replicative primase proteins from many other species, such as nitratiruptor phage NrS-1, vaccinia virus (VACV) and other viruses.
履歴
登録2023年3月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35671.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35671.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.002
最小 - 最大-0.018027961 - 0.047165
平均 (標準偏差)0.00015000174 (±0.0014758043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35671_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35671_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Full-Length AsfvPrimPol in complex with DNA and AMPPNP

全体名称: Full-Length AsfvPrimPol in complex with DNA and AMPPNP
要素
  • 複合体: Full-Length AsfvPrimPol in complex with DNA and AMPPNP
    • 複合体: Full-Length AsfvPrimPol
      • タンパク質・ペプチド: Putative primase C962R
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (32-MER)
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Full-Length AsfvPrimPol in complex with DNA and AMPPNP

超分子名称: Full-Length AsfvPrimPol in complex with DNA and AMPPNP
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 / 詳細: ASFV ORF C962R
分子量理論値: 660 KDa

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超分子 #2: Full-Length AsfvPrimPol

超分子名称: Full-Length AsfvPrimPol / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: African swine fever virus BA71V (ウイルス)

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超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: Putative primase C962R

分子名称: Putative primase C962R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus BA71V (ウイルス)
分子量理論値: 111.706273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GSMREESWEE HDTIQLTAQR KYLAEVQALE TLLARELSVF LTEPGSKKTN IINRITGKTY ALPSTELLRF YEHLEQCRKQ GALMYFLER QGTYSGLMLD YDLKLNTNAA PSLESSVLSR LCHRIFVHIK NSSVLPEGSH KIHFFFTLKP EAVQGKYGFH V LIPGLKMA ...文字列:
GSMREESWEE HDTIQLTAQR KYLAEVQALE TLLARELSVF LTEPGSKKTN IINRITGKTY ALPSTELLRF YEHLEQCRKQ GALMYFLER QGTYSGLMLD YDLKLNTNAA PSLESSVLSR LCHRIFVHIK NSSVLPEGSH KIHFFFTLKP EAVQGKYGFH V LIPGLKMA ASTKKSIIAS LQHDATVQKI LHEQGVANPE SCLDPHSASV PSLLYGSSKL NHRPYQLKTG FELVFDSSDP DY IPIHQIK NIESYNLVSE LSLTNEQGSL VRPVYCAADI AAEKEEEIPA DDHSLSILML HDPEARYLHK ILNLLPPEYY VEY PLWSNV VFALANTSAN YRPLAEWFSQ KCPEKWNTGG KEKLEKLWND ASRHTEKKIT KRSIMYWAHK HAPQQYKEIV EQGY FSILA EYVYSYNGTL EHYMIAKVIY AMMGNKFVVD VDSNGKYVWF EFVLPGQPMN QGEIWKWRKE VNPDELHIYI SENFS RVMD RITEHIKYHL SQPHETNILN YYKKLLKAFE RSKSKIFNDS FKKGVIRQAE FLFRQRSFIQ TLDTNPYLLG VGNGVL SIE TIPAKLINHF HEHPIHQYTH ICYEPFNPEN PWTKLLLNAL QDIIPELDAR LWIMFYLSTA IFRGLKEALM LLWLGGG CN GKTFLMRLVA MVLGDHYASK LNISLLTSYR ETAEKPNSAF MRLKGRGYGY FEETNKSEIL NTSRLKEMVN PGDVTARE L NQKQESFQMT ATMVAASNYN FIIDTTDHGT WRRLRHYRSK VKFCHNPDPN NSYEKKEDPR FIHEYIMDPN CQNAFFSIL VYFWEKLQKE YNGQIKKVFC PTIESETEAY RKSQDTLHRF ITERVVESPS AETVYNLSEV VTAYAEWYNA NINVKRHIAL ELSQELENS VLEKYLQWSP NKTRILKGCR ILHKFETLQP GESYIGVSST GTLLNTPICE PKNKWWEWSP NPSAPPEKEA S APTP

UniProtKB: Putative primase C962R

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分子 #2: DNA (32-MER)

分子名称: DNA (32-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.689213 KDa
配列文字列:
(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)

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分子 #3: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成使用したクラス数: 5 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 589492
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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