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- EMDB-35625: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up state) -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 (2-up state) | |||||||||||||||||||||
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![]() | spike glycoprotein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-PROTEIN BINDING complex | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Anraku Y / Kita S / Yajima H / Sasaki J / Sasaki-Tabata K / Maenaka K / Hashiguchi T | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Virological characteristics of the SARS-CoV-2 XBB variant derived from recombination of two Omicron subvariants. 著者: Tomokazu Tamura / Jumpei Ito / Keiya Uriu / Jiri Zahradnik / Izumi Kida / Yuki Anraku / Hesham Nasser / Maya Shofa / Yoshitaka Oda / Spyros Lytras / Naganori Nao / Yukari Itakura / Sayaka ...著者: Tomokazu Tamura / Jumpei Ito / Keiya Uriu / Jiri Zahradnik / Izumi Kida / Yuki Anraku / Hesham Nasser / Maya Shofa / Yoshitaka Oda / Spyros Lytras / Naganori Nao / Yukari Itakura / Sayaka Deguchi / Rigel Suzuki / Lei Wang / Mst Monira Begum / Shunsuke Kita / Hisano Yajima / Jiei Sasaki / Kaori Sasaki-Tabata / Ryo Shimizu / Masumi Tsuda / Yusuke Kosugi / Shigeru Fujita / Lin Pan / Daniel Sauter / Kumiko Yoshimatsu / Saori Suzuki / Hiroyuki Asakura / Mami Nagashima / Kenji Sadamasu / Kazuhisa Yoshimura / Yuki Yamamoto / Tetsuharu Nagamoto / Gideon Schreiber / Katsumi Maenaka / / Takao Hashiguchi / Terumasa Ikeda / Takasuke Fukuhara / Akatsuki Saito / Shinya Tanaka / Keita Matsuno / Kazuo Takayama / Kei Sato / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: In late 2022, SARS-CoV-2 Omicron subvariants have become highly diversified, and XBB is spreading rapidly around the world. Our phylogenetic analyses suggested that XBB emerged through the ...In late 2022, SARS-CoV-2 Omicron subvariants have become highly diversified, and XBB is spreading rapidly around the world. Our phylogenetic analyses suggested that XBB emerged through the recombination of two cocirculating BA.2 lineages, BJ.1 and BM.1.1.1 (a progeny of BA.2.75), during the summer of 2022. XBB.1 is the variant most profoundly resistant to BA.2/5 breakthrough infection sera to date and is more fusogenic than BA.2.75. The recombination breakpoint is located in the receptor-binding domain of spike, and each region of the recombinant spike confers immune evasion and increases fusogenicity. We further provide the structural basis for the interaction between XBB.1 spike and human ACE2. Finally, the intrinsic pathogenicity of XBB.1 in male hamsters is comparable to or even lower than that of BA.2.75. Our multiscale investigation provides evidence suggesting that XBB is the first observed SARS-CoV-2 variant to increase its fitness through recombination rather than substitutions. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 108.7 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.1 KB 24.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 80.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.4 MB 200.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.005 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35625_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35625_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SARS-COV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2
全体 | 名称: SARS-COV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-COV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2
超分子 | 名称: SARS-COV-2 XBB.1 spike glycoprotein in complex with ACE2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 600 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 420 KDa |
-超分子 #3: Angiotensin-converting enzyme 2
超分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 90 KDa |
-分子 #1: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein
分子 | 名称: SARS-CoV-2 XBB.1 spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: LLMGCVAETG SSQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPAL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDVY QKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF ...文字列: LLMGCVAETG SSQCVNLITR TQSYTNSFTR GVYYPDKVFR SSVLHSTQDL FLPFFSNVTW FHAIHVSGTN GTKRFDNPAL PFNDGVYFAS TEKSNIIRGW IFGTTLDSKT QSLLIVNNAT NVVIKVCEFQ FCNDPFLDVY QKNNKSWMES EFRVYSSANN CTFEYVSQPF LMDLEGKEGN FKNLREFVFK NIDGYFKIYS KHTPINLERD LPQGFSALEP LVDLPIGINI TRFQTLLALH RSYLTPVDSS SGWTAGAAAY YVGYLQPRTF LLKYNENGTI TDAVDCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFHEVFNAT TFASVYAWNR KRISNCVADY SVIYNFAPFF AFKCYGVSPT KLNDLCFTNV YADSFVIRGN EVSQIAPGQT GNIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNKLDSKP SGNYNYLYRL FRKSKLKPFE RDISTEIYQA GNKPCNGVAG SNCYSPLQSY GFRPTYGVGH QPYRVVVLSF ELLHAPATVC GPKKSTNLVK NKCVNFNFNG LTGTGVLTES NKKFLPFQQF GRDIADTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLYQGV NCTEVPVAIH ADQLTPTWRV YSTGSNVFQT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHGSAG SVASQSIIAY TMSLGAENSV AYSNNSIAIP TNFTISVTTE ILPVSMTKTS VDCTMYICGD STECSNLLLQ YGSFCTQLKR ALTGIAVEQD KNTQEVFAQV KQIYKTPPIK YFGGFNFSQI LPDPSKPSKR SPIEDLLFNK VTLADAGFIK QYGDCLGDIA ARDLICAQKF NGLTVLPPLL TDEMIAQYTS ALLAGTITSG WTFGAGPALQ IPFPMQMAYR FNGIGVTQNV LYENQKLIAN QFNSAIGKIQ DSLSSTPSAL GKLQDVVNHN AQALNTLVKQ LSSKFGAISS VLNDILSRLD PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GYHLMSFPQS APHGVVFLHV TYVPAQEKNF TTAPAICHDG KAHFPREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDISGINAS VVNIQKEIDR LNEVAKNLNE SLIDLQELGK YEQYIASSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLEGTKH HHHHH |
-分子 #2: Angiotensin-converting enzyme 2
分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQST LAQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSVL SEDKSKRLNT ILNTMSTIYS TGKVCNPDNP QECLLLEPGL NEIMANSLDY NERLWAWESW RSEVGKQLRP LYEEYVVLKN ...文字列: STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQST LAQMYPLQEI QNLTVKLQLQ ALQQNGSSVL SEDKSKRLNT ILNTMSTIYS TGKVCNPDNP QECLLLEPGL NEIMANSLDY NERLWAWESW RSEVGKQLRP LYEEYVVLKN EMARANHYED YGDYWRGDYE VNGVDGYDYS RGQLIEDVEH TFEEIKPLYE HLHAYVRAKL MNAYPSYISP IGCLPAHLLG DMWGRFWTNL YSLTVPFGQK PNIDVTDAMV DQAWDAQRIF KEAEKFFVSV GLPNMTQGFW ENSMLTDPGN VQKAVCHPTA WDLGKGDFRI LMCTKVTMDD FLTAHHEMGH IQYDMAYAAQ PFLLRNGANE GFHEAVGEIM SLSAATPKHL KSIGLLSPDF QEDNETEINF LLKQALTIVG TLPFTYMLEK WRWMVFKGEI PKDQWMKKWW EMKREIVGVV EPVPHDETYC DPASLFHVSN DYSFIRYYTR TLYQFQFQEA LCQAAKHEGP LHKCDISNST EAGQKLFNML RLGKSEPWTL ALENVVGAKN MNVRPLLNYF EPLFTWLKDQ NKNSFVGWST DWSPYADQSG TKHHHHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: calcium- and magnesium-free PBS buffer. |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 7402 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 50.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |