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- EMDB-35575: Cryo-EM structure of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35575
タイトルCryo-EM structure of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein
    • タンパク質・ペプチド: x 6種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 12種
キーワードcryo-EM / glycosylphosphatidylinositol / GPI / GPI anchored protein / GPI-AP / membrane protein complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / natural killer cell lectin-like receptor binding / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / 加水分解酵素 / natural killer cell mediated cytotoxicity ...GPI-anchor transamidase activity / attachment of GPI anchor to protein / GPI-anchor transamidase complex / GPI anchor biosynthetic process / protein retention in ER lumen / Attachment of GPI anchor to uPAR / natural killer cell lectin-like receptor binding / Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / 加水分解酵素 / natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein disulfide isomerase activity / tubulin binding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / neuron differentiation / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cytoplasmic vesicle / protein-containing complex assembly / neuron apoptotic process / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / endoplasmic reticulum membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / GPI-anchor transamidase / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain ...GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component Gaa1 / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / GPI-anchor transamidase / Gpi16 subunit, GPI transamidase component / Gaa1-like, GPI transamidase component / GPI transamidase subunit PIG-U / Phosphatidylinositol-glycan biosynthesis class S protein / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein / GPI-anchor transamidase / GPI transamidase component PIG-T / GPI transamidase component PIG-S / UL16-binding protein 2 / Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein / GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Clavularia sp. (無脊椎動物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Xu Y / Li T / Qu Q / Li D
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82151215 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structures of liganded glycosylphosphatidylinositol transamidase illuminate GPI-AP biogenesis.
著者: Yidan Xu / Tingting Li / Zixuan Zhou / Jingjing Hong / Yulin Chao / Zhini Zhu / Ying Zhang / Qianhui Qu / Dianfan Li /
要旨: Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a ...Many eukaryotic receptors and enzymes rely on glycosylphosphatidylinositol (GPI) anchors for membrane localization and function. The transmembrane complex GPI-T recognizes diverse proproteins at a signal peptide region that lacks consensus sequence and replaces it with GPI via a transamidation reaction. How GPI-T maintains broad specificity while preventing unintentional cleavage is unclear. Here, substrates- and products-bound human GPI-T structures identify subsite features that enable broad proprotein specificity, inform catalytic mechanism, and reveal a multilevel safeguard mechanism against its promiscuity. In the absence of proproteins, the catalytic site is invaded by a locally stabilized loop. Activation requires energetically unfavorable rearrangements that transform the autoinhibitory loop into crucial catalytic cleft elements. Enzyme-proprotein binding in the transmembrane and luminal domains respectively powers the conformational rearrangement and induces a competent cleft. GPI-T thus integrates various weak specificity regions to form strong selectivity and prevent accidental activation. These findings provide important mechanistic insights into GPI-anchored protein biogenesis.
履歴
登録2023年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.48
最小 - 最大-1.8881043 - 3.0878632
平均 (標準偏差)0.0046553565 (±0.113127194)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 260.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_35575_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35575_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35575_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein

全体名称: Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein
要素
  • 複合体: Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein
    • タンパク質・ペプチド: UL16-binding protein 2,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
    • タンパク質・ペプチド: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
    • タンパク質・ペプチド: GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
    • タンパク質・ペプチド: GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
  • タンパク質・ペプチド: Met-Ser-Ser peptide
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
  • リガンド: Digitonin
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
  • リガンド: [(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate
  • リガンド: 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
  • リガンド: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
  • リガンド: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
  • リガンド: [(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

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超分子 #1: Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein

超分子名称: Complex of GPI-T with a chimeric GPI-anchored protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 469 kDa/nm

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分子 #1: UL16-binding protein 2,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

分子名称: UL16-binding protein 2,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: A chimera proprotein containing the N- and C-terminal signal peptide of ULBP2, and a thermostable green fluorescence protein replacing the main part of ULBP2.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.573316 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAAAATKIL LCLPLLLLLS GWSRAGGSGG SASVIKPEMK IKLRMEGAVN GHKFVIEGEG IGKPYEGTQT LDLTVEEGAP LPFSYDILT PAFQYGNRAF TKYPEDIPDY FKQAFPEGYS WERSMTYEDQ GICIATSDIT MEGDCFFYEI RFDGTNFPPN G PVMQKKTL ...文字列:
MAAAAATKIL LCLPLLLLLS GWSRAGGSGG SASVIKPEMK IKLRMEGAVN GHKFVIEGEG IGKPYEGTQT LDLTVEEGAP LPFSYDILT PAFQYGNRAF TKYPEDIPDY FKQAFPEGYS WERSMTYEDQ GICIATSDIT MEGDCFFYEI RFDGTNFPPN G PVMQKKTL KWEPSTEKMY VEDGVLKGDV EMALLLEGGG HYRCDFKTTY KAKKDVRLPD AHEVDHRIEI LSHDKDYNKV RL YEHAEAR YSGGGSGGGS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEKG SSAGAPLAMS SGTTQLRATA TTLILCCLLI ILP CFILPG I

UniProtKB: UL16-binding protein 2, GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484, UL16-binding protein 2

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分子 #2: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like...

分子名称: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clavularia sp. (無脊椎動物)
分子量理論値: 96.990352 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSGLLSDPV RRRALARLVL RLNAPLCVLS YVAGIAWFLA LVFPPLTQRT YMSENAMGST MVEEQFAGGD RARAFARDFA AHRKKSGAL PVAWLERTMR SVGLEVYTQS FSRKLPFPDE THERYMVSGT NVYGILRAPR AASTESLVLT VPCGSDSTNS Q AVGLLLAL ...文字列:
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UniProtKB: Glycosylphosphatidylinositol anchor attachment 1 protein, GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

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分子 #3: GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

分子名称: GPI-anchor transamidase,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素
由来(天然)生物種: Clavularia sp. (無脊椎動物)
分子量理論値: 73.443062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAVTDSLS RAATVLATVL LLSFGSVAAS HIEDQAEQFF RSGHTNNWAV LVCTSRFWFN YRHVANTLSV YRSVKRLGIP DSHIVLMLA DDMACNPRNP KPATVFSHKN MELNVYGDDV EVDYRSYEVT VENFLRVLTG RIPPSTPRSK RLLSDDRSNI L IYMTGHGG ...文字列:
MGSAVTDSLS RAATVLATVL LLSFGSVAAS HIEDQAEQFF RSGHTNNWAV LVCTSRFWFN YRHVANTLSV YRSVKRLGIP DSHIVLMLA DDMACNPRNP KPATVFSHKN MELNVYGDDV EVDYRSYEVT VENFLRVLTG RIPPSTPRSK RLLSDDRSNI L IYMTGHGG NGFLKFQDSE EITNIELADA FEQMWQKRRY NELLFIIDTC QGASMYERFY SPNIMALASS QVGEDSLSHQ PD PAIGVHL MDRYTFYVLE FLEEINPASQ TNMNDLFQVC PKSLCVSTPG HRTDLFQRDP KNVLITDFFG SVRKVEITTE TIK LQQDSE IMESSYKEDQ MDEKLMEPLK YAEQLPVAQI IHQKPKLKDW HPPGGFILGL WALIIMVFFK TYGIKHMKFI FGTL EVLFQ GPGGSGGSAS VIKPEMKIKL RMEGAVNGHK FVIEGEGIGK PYEGTQTLDL TVEEGAPLPF SYDILTPAFQ YGNRA FTKY PEDIPDYFKQ AFPEGYSWER SMTYEDQGIC IATSDITMEG DCFFYEIRFD GTNFPPNGPV MQKKTLKWEP STEKMY VED GVLKGDVEMA LLLEGGGHYR CDFKTTYKAK KDVRLPDAHE VDHRIEILSH DKDYNKVRLY EHAEARYSGG GSGGGYP YD VPDYA

UniProtKB: GPI-anchor transamidase, GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

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分子 #4: GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprote...

分子名称: GPI transamidase component PIG-S,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clavularia sp. (無脊椎動物)
分子量理論値: 90.421062 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAAAGAAA THLEVARGKR AALFFAAVAI VLGLPLWWKT TETYRASLPY SQISGLNALQ LRLMVPVTVV FTRESVPLDD QEKLPFTVV HEREIPLKYK MKIKCRFQKA YRRALDHEEE ALSSGSVQEA EAMLDEPQEQ AEGSLTVYVI SEHSSLLPQD M MSYIGPKR ...文字列:
MGSAAAGAAA THLEVARGKR AALFFAAVAI VLGLPLWWKT TETYRASLPY SQISGLNALQ LRLMVPVTVV FTRESVPLDD QEKLPFTVV HEREIPLKYK MKIKCRFQKA YRRALDHEEE ALSSGSVQEA EAMLDEPQEQ AEGSLTVYVI SEHSSLLPQD M MSYIGPKR TAVVRGIMHR EAFNIIGRRI VQVAQAMSLT EDVLAAALAD HLPEDKWSAE KRRPLKSSLG YEITFSLLNP DP KSHDVYW DIEGAVRRYV QPFLNALGAA GNFSVDSQIL YYAMLGVNPR FDSASSSYYL DMHSLPHVIN PVESRLGSSA ASL YPVLNF LLYVPELAHS PLYIQDKDGA PVATNAFHSP RWGGIMVYNV DSKTYNASVL PVRVEVDMVR VMEVFLAQLR LLFG IAQPQ LPPKCLLSGP TSEGLMTWEL DRLLWARSVE NLATATTTLT SLAQLLGKIS NIVIKDDVAS EVYKAVAAVQ KSAEE LASG HLASAFVASQ EAVTSSELAF FDPSLLHLLY FPDDQKFAIY IPLFLPMAVP ILLSLVKIFL ETRKSWRKPE KTDGTL EVL FQGPGGSGGS ASVIKPEMKI KLRMEGAVNG HKFVIEGEGI GKPYEGTQTL DLTVEEGAPL PFSYDILTPA FQYGNRA FT KYPEDIPDYF KQAFPEGYSW ERSMTYEDQG ICIATSDITM EGDCFFYEIR FDGTNFPPNG PVMQKKTLKW EPSTEKMY V EDGVLKGDVE MALLLEGGGH YRCDFKTTYK AKKDVRLPDA HEVDHRIEIL SHDKDYNKVR LYEHAEARYS GGGSGGGGG GGGGGGEQKL ISEEDL

UniProtKB: GPI transamidase component PIG-S, GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

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分子 #5: GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprote...

分子名称: GPI transamidase component PIG-T,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clavularia sp. (無脊椎動物)
分子量理論値: 94.20725 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAAAMPLA LLVLLLLGPG GWCLAEPPRD SLREELVITP LPSGDVAATF QFRTRWDSEL QREGVSHYRL FPKALGQLIS KYSLRELHL SFTQGFWRTR YWGPPFLQAP SGAELWVWFQ DTVTDVDKSW KELSNVLSGI FCASLNFIDS TNTVTPTASF K PLGLANDT ...文字列:
MGSAAAMPLA LLVLLLLGPG GWCLAEPPRD SLREELVITP LPSGDVAATF QFRTRWDSEL QREGVSHYRL FPKALGQLIS KYSLRELHL SFTQGFWRTR YWGPPFLQAP SGAELWVWFQ DTVTDVDKSW KELSNVLSGI FCASLNFIDS TNTVTPTASF K PLGLANDT DHYFLRYAVL PREVVCTENL TPWKKLLPCS SKAGLSVLLK ADRLFHTSYH SQAVHIRPVC RNARCTSISW EL RQTLSVV FDAFITGQGK KDWSLFRMFS RTLTEPCPLA SESRVYVDIT TYNQDNETLE VHPPPTTTYQ DVILGTRKTY AIY DLLDTA MINNSRNLNI QLKWKRPPEN EAPPVPFLHA QRYVSGYGLQ KGELSTLLYN THPYRAFPVL LLDTVPWYLR LYVH TLTIT SKGKENKPSY IHYQPAQDRL QPHLLEMLIQ LPANSVTKVS IQFERALLKW TEYTPDPNHG FYVSPSVLSA LVPSM VAAK PVDWEESPLF NSLFPVSDGS NYFVRLYTEP LLVNLPTPDF SMPYNVICLT CTVVAVCYGS FYNLLTRTFH IEEPRT GGL AKRLANLIRR ARGVPPLGTL EVLFQGPGGS GGSASVIKPE MKIKLRMEGA VNGHKFVIEG EGIGKPYEGT QTLDLTV EE GAPLPFSYDI LTPAFQYGNR AFTKYPEDIP DYFKQAFPEG YSWERSMTYE DQGICIATSD ITMEGDCFFY EIRFDGTN F PPNGPVMQKK TLKWEPSTEK MYVEDGVLKG DVEMALLLEG GGHYRCDFKT TYKAKKDVRL PDAHEVDHRI EILSHDKDY NKVRLYEHAE ARYSGGGSGG GHHHHHHHHH H

UniProtKB: GPI transamidase component PIG-T, GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

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分子 #6: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,G...

分子名称: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein,GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Clavularia sp. (無脊椎動物)
分子量理論値: 77.141695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSAAPLVLV LVVAVTVRAA LFRSSLAEFI SERVEVVSPL SSWKRVVEGL SLLDLGVSPY SGAVFHETPL IIYLFHFLID YAELVFMIT DALTAIALYF AIQDFNKVVF KKQKLLLELD QYAPDVAELI RTPMEMRYIP LKVALFYLLN PYTILSCVAK S TCAINNTL ...文字列:
MGSAAPLVLV LVVAVTVRAA LFRSSLAEFI SERVEVVSPL SSWKRVVEGL SLLDLGVSPY SGAVFHETPL IIYLFHFLID YAELVFMIT DALTAIALYF AIQDFNKVVF KKQKLLLELD QYAPDVAELI RTPMEMRYIP LKVALFYLLN PYTILSCVAK S TCAINNTL IAFFILTTIK GSAFLSAIFL ALATYQSLYP LTLFVPGLLY LLQRQYIPVK MKSKAFWIFS WEYAMMYVGS LV VIICLSF FLLSSWDFIP AVYGFILSVP DLTPNIGLFW YFFAEMFEHF SLFFVCVFQI NVFFYTIPLA IKLKEHPIFF MFI QIAVIA IFKSYPTVGD VALYMAFFPV WNHLYRFLRN IFVLTCIIIV CSLLFPVLWH LWIYAGSANS NFFYAITLTF NVGQ ILLIS DYFYAFLRRE YYLTHGLYLT AKDGTEAMLV LKGTLEVLFQ GPGGSGGSAS VIKPEMKIKL RMEGAVNGHK FVIEG EGIG KPYEGTQTLD LTVEEGAPLP FSYDILTPAF QYGNRAFTKY PEDIPDYFKQ AFPEGYSWER SMTYEDQGIC IATSDI TME GDCFFYEIRF DGTNFPPNGP VMQKKTLKWE PSTEKMYVED GVLKGDVEMA LLLEGGGHYR CDFKTTYKAK KDVRLPD AH EVDHRIEILS HDKDYNKVRL YEHAEARYSG GGSGGG

UniProtKB: Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U protein, GFP-like fluorescent chromoprotein cFP484

+
分子 #7: Met-Ser-Ser peptide

分子名称: Met-Ser-Ser peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 323.367 Da
配列文字列:
MSS

+
分子 #9: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 13 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: 6OU
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

+
分子 #12: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

+
分子 #13: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #15: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine

分子名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 1 / 式: LBN
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-LBN:
1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / リン脂質*YM

+
分子 #16: [(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-oct...

分子名称: [(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: 80T
分子量理論値: 1.40592 KDa
Chemical component information

ChemComp-80T:
[(2R)-1-hexadecanoyloxy-3-[[3-[[(2R)-3-hexadecanoyloxy-2-[(Z)-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (Z)-octadec-9-enoate

+
分子 #17: 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-...

分子名称: 2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: 80Y
分子量理論値: 303.204 Da
Chemical component information

ChemComp-80Y:
2-azanylethyl [(2R,3S,4S,5S,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl hydrogen phosphate

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分子 #18: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose

分子名称: 2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 1 / 式: PA1
分子量理論値: 179.171 Da
Chemical component information

ChemComp-PA1:
2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコサミン

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分子 #19: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-...

分子名称: 2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate
タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: 05E
分子量理論値: 303.204 Da
Chemical component information

ChemComp-05E:
2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate

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分子 #20: [(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(...

分子名称: [(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: 81Q
分子量理論値: 1.111553 KDa
Chemical component information

ChemComp-81Q:
[(2R)-1-[[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-octadecoxy-propan-2-yl] (5Z,8Z,11Z,14Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.15 MNaClSodium chloride
0.1 % (w/v)DigitoninDigitonin
0.05 MTrisTris(hydroxymethyl)aminomethane

詳細: 0.1 % Digitonin, 150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 35 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3170202
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

32582

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34261
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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