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- EMDB-3546: Structure of a novel N-type ATPase rotor ring (c17) from Burkhold... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3546
タイトルStructure of a novel N-type ATPase rotor ring (c17) from Burkholderia pseudomallei
マップデータ
試料
  • 複合体: Rotor ring of the N-type ATPase from B. pseudomallei
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Wilkes M / Schulz S / Mills DJ / Kuhlbrandt W / Meier T
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2017
タイトル: Molecular architecture of the N-type ATPase rotor ring from .
著者: Sarah Schulz / Martin Wilkes / Deryck J Mills / Werner Kühlbrandt / Thomas Meier /
要旨: The genome of the highly infectious bacterium harbors an operon that encodes an N-type rotary ATPase, in addition to an operon for a regular F-type rotary ATPase. The molecular architecture of N- ...The genome of the highly infectious bacterium harbors an operon that encodes an N-type rotary ATPase, in addition to an operon for a regular F-type rotary ATPase. The molecular architecture of N-type ATPases is unknown and their biochemical properties and cellular functions are largely unexplored. We studied the NN-type ATPase and investigated the structure and ion specificity of its membrane-embedded c-ring rotor by single-particle electron cryo-microscopy. Of several amphiphilic compounds tested for solubilizing the complex, the choice of the low-density, low-CMC detergent LDAO was optimal in terms of map quality and resolution. The cryoEM map of the c-ring at 6.1 Å resolution reveals a heptadecameric oligomer with a molecular mass of ~141 kDa. Biochemical measurements indicate that the c ring is H specific, demonstrating that the ATPase is proton-coupled. The c ring stoichiometry results in a very high ion-to-ATP ratio of 5.7. We propose that this N-ATPase is a highly efficient proton pump that helps these melioidosis-causing bacteria to survive in the hostile, acidic environment of phagosomes.
履歴
登録2016年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年3月8日-
更新2017年4月12日-
現状2017年4月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0153
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3546.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 10.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 140 pix.
= 159.6 Å		1.14 Å/pix.
x 140 pix.
= 159.6 Å		1.14 Å/pix.
x 140 pix.
= 159.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0153 / ムービー #1: 0.0153
最小 - 最大-0.0068107103 - 0.026608359
平均 (標準偏差)0.0010935114 (±0.003168713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ140140140
Spacing140140140
セルA=B=C: 159.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z140140140
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z159.600159.600159.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS140140140
D min/max/mean-0.0070.0270.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rotor ring of the N-type ATPase from B. pseudomallei

全体名称: Rotor ring of the N-type ATPase from B. pseudomallei
要素
  • 複合体: Rotor ring of the N-type ATPase from B. pseudomallei

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超分子 #1: Rotor ring of the N-type ATPase from B. pseudomallei

超分子名称: Rotor ring of the N-type ATPase from B. pseudomallei
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: We determined the molecular architecture of the N-type ATPase rotor ring in the melioidosis-causing bacterium Burkholderia pseudomallei by electron cryo-microscopy. The structure shows an ...詳細: We determined the molecular architecture of the N-type ATPase rotor ring in the melioidosis-causing bacterium Burkholderia pseudomallei by electron cryo-microscopy. The structure shows an unusually large c-ring rotor with 17 subunits that, in the acidic environment of the host phagosome, is driven predominantly by protons.
由来(天然)生物種: Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pt7-7
分子量実験値: 8.3 kDa/nm

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.1 mm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C17 (17回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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