EMDB-35373: FoF1-ATPase from Bacillus PS3,90 degrees,state3,highATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-35373

タイトル

FoF1-ATPase from Bacillus PS3,90 degrees,state3,highATP

マップデータ

試料

複合体: FoF1 from Bacillus PS3

キーワード

ATP synthase F1 ATPase FoF1 / MOTOR PROTEIN

生物種

Bacillus sp. PS3 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.8 Å

データ登録者

Nakano A / Kishikawa J / Mitsuoka K / Yokoyama K

資金援助

日本, 4件

Organization	Grant number	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20H03231	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K06514	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP17am0101001	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20J00162	日本

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Mechanism of ATP hydrolysis dependent rotation of bacterial ATP synthase.
著者: Nakano A / Kishikawa JI / Mitsuoka K / Yokoyama K

履歴

登録	2023年2月14日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年7月19日	-
マップ公開	2023年7月19日	-
更新	2025年1月29日	-
現状	2025年1月29日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_35373.map.gz	140.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-35373-v30.xml emd-35373.xml	16.7 KB 16.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_35373_fsc.xml	13 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_35373.png	109.2 KB
マスクデータ	emd_35373_msk_1.map	178 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-35373.cif.gz	4.2 KB
その他	emd_35373_additional_1.map.gz emd_35373_half_map_1.map.gz emd_35373_half_map_2.map.gz	166.2 MB 140.6 MB 140.5 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35373 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35373	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_35373_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_35373_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	emd_35373_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	emd_35373_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35373 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35373	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34748C 34749C 34750C 34751C 34752C 34753C 34754C 34755C 34756C 34757C 34758C 34759C 34760C 34761C 34762C 34763C 34764C 34765C 34766C 34767C 34768C 34769C 34770C 34771C 34772C 34773C 34774C 34775C 34776C 34777C 34778C 34779C 34780C 34781C 34782C 34783C 34784C 34785C 34786C 34787C 34788C 34789C 34790C 8hh1C 8hh2C 8hh3C 8hh4C 8hh5C 8hh6C 8hh7C 8hh8C 8hh9C 8hhaC 8hhbC 8hhcC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_35373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.88 Å

密度

表面レベル	登録者による: 0.005
最小 - 最大	-0.0054107644 - 0.011843148
平均 (標準偏差)	0.00009580945 (±0.0011169112)

対称性

空間群: 1

詳細

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全体 : FoF1 from Bacillus PS3

全体	名称: FoF1 from Bacillus PS3
要素	複合体: FoF1 from Bacillus PS3

-
超分子 #1: FoF1 from Bacillus PS3

超分子	名称: FoF1 from Bacillus PS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)	生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア)
分子量	理論値: 530 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

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試料調製

濃度	5 mg/mL
緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5922 / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.03843 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 1118093
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 937
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)

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原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 6n2y Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化	空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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