[日本語] English
万見
- EMDB-35365: Structure of an ancient TsaD-TsaC-SUA5-TcdA modular enzyme (TsaN) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35365
タイトルStructure of an ancient TsaD-TsaC-SUA5-TcdA modular enzyme (TsaN)
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: TsaN (TsaD-TsaC-SUA5-TcdA)
    • タンパク質・ペプチド: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
キーワードPandovirus salinus / TsaN / modular enzyme / TC-AMP / t6A / ct6A / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / tRNA processing / double-stranded RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain superfamily / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily ...Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain superfamily / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pandoravirus salinus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Zhang ZL / Jin MQ / Yu ZJ / Chen W / Wang XL / Lei DS / Zhang WH
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32000847 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171300 中国
Other government20JR10RA618
Other governmentlzujbky-2021-ct05
Other government2022021zr46
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structure-function analysis of an ancient TsaD-TsaC-SUA5-TcdA modular enzyme reveals a prototype of tRNA t6A and ct6A synthetases.
著者: Mengqi Jin / Zelin Zhang / Zhijiang Yu / Wei Chen / Xiaolei Wang / Dongsheng Lei / Wenhua Zhang /
要旨: N 6-threonylcarbamoyladenosine (t6A) is a post-transcriptional modification found uniquely at position 37 of tRNAs that decipher ANN-codons in the three domains of life. tRNA t6A plays a pivotal role ...N 6-threonylcarbamoyladenosine (t6A) is a post-transcriptional modification found uniquely at position 37 of tRNAs that decipher ANN-codons in the three domains of life. tRNA t6A plays a pivotal role in promoting translational fidelity and maintaining protein homeostasis. The biosynthesis of tRNA t6A requires members from two evolutionarily conserved protein families TsaC/Sua5 and TsaD/Kae1/Qri7, and a varying number of auxiliary proteins. Furthermore, tRNA t6A is modified into a cyclic hydantoin form of t6A (ct6A) by TcdA in bacteria. In this work, we have identified a TsaD-TsaC-SUA5-TcdA modular protein (TsaN) from Pandoraviruses and determined a 3.2 Å resolution cryo-EM structure of P. salinus TsaN. The four domains of TsaN share strong structural similarities with TsaD/Kae1/Qri7 proteins, TsaC/Sua5 proteins, and Escherichia coli TcdA. TsaN catalyzes the formation of threonylcarbamoyladenylate (TC-AMP) using L-threonine, HCO3- and ATP, but does not participate further in tRNA t6A biosynthesis. We report for the first time that TsaN catalyzes a tRNA-independent threonylcarbamoyl modification of adenosine phosphates, leading to t6ADP and t6ATP. Moreover, TsaN is also active in catalyzing tRNA-independent conversion of t6A nucleoside to ct6A. Our results imply that TsaN from Pandoraviruses might be a prototype of the tRNA t6A- and ct6A-modifying enzymes in some cellular organisms.
履歴
登録2023年2月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_35365.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35365.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.359
最小 - 最大-0.56336886 - 1.2011262
平均 (標準偏差)-0.0005517014 (±0.025716236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35365_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_35365_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : TsaN (TsaD-TsaC-SUA5-TcdA)

全体名称: TsaN (TsaD-TsaC-SUA5-TcdA)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: TsaN (TsaD-TsaC-SUA5-TcdA)
    • タンパク質・ペプチド: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase
  • リガンド: MANGANESE (II) ION

-
超分子 #1: TsaN (TsaD-TsaC-SUA5-TcdA)

超分子名称: TsaN (TsaD-TsaC-SUA5-TcdA) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pandoravirus salinus (ウイルス)
分子量理論値: 209.5 KDa

-
分子 #1: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase

分子名称: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pandoravirus salinus (ウイルス)
分子量理論値: 105.963406 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSVRAQPHM SGRAPDAANV AGAVRTSAGM CATGANFERR VTILGIESSC DDTGVAVLQV GGNAPPAVLA HEAVTSWAHH ARQADINKE HAAAVHRETV APLVDQAMAA SGVGWDAIDA IAVTVGPGMM GGLMAGVDEA VRLAALHGKP LVPVNHLEGH A LVAGVCTR ...文字列:
MSSVRAQPHM SGRAPDAANV AGAVRTSAGM CATGANFERR VTILGIESSC DDTGVAVLQV GGNAPPAVLA HEAVTSWAHH ARQADINKE HAAAVHRETV APLVDQAMAA SGVGWDAIDA IAVTVGPGMM GGLMAGVDEA VRLAALHGKP LVPVNHLEGH A LVAGVCTR QLCFPFLVLL ASGGSCQLVL ARDLGDYRRL GQTLDCAPGQ ALDAVARALA LDLGASGSGG RAIELAAKNA RT DAGDDRI GDDAWPDGCD FAFGGLRDRA VALARKSLAG EADDIAKRVQ ALIVDQLVSR TVRAIEWCRA HVADPTALVV AGG VAANTC LRESLQRAIG SVDLVCPPPR LCTDNGVMIA HAGALHYLHR PDAFACGPTH VCLQHEWHLG VDVSECVRAD RPVP QVAAI HASIKSDVAD AARALCRGEL VAFPTETVYG LGADAASDEA VQRIFDAKGR PSNNPIIVHV ASKEQFYRIA GHDLD AALR ARCERLMDEF WPGPLTLLVP NGGEKLSPLV TCGLPVVGLR MPDNATAIDL IRRAGVGVAA PSANKSGRPS PTCAQH VAA DLVGERIWGV LDGRGSTYGI ESTVLDVATV SIYREGPVTA DDISRALDGA PVDVSSGRKE LAAGEAPKAP GMLYRHY AP DTDVTVVHGT LGFLNATVRS MRDRGLRVGV IAPYGDAIDA RASKVWYCMR HGDATDVMGS LGANLYAALR GLDLPDVD V ILVRAVPDSR TGGAVMERLA KASQGSRLIE PAMTARLERM IGADVVQRIA RGRVLVCGLG GAGAPLVDMA VRAGVGRLG LLDPDRVDLS NLVRMPQATL ADVDRRKIDV VAERARAVNP DADLTLLAHR ITPDFDMGAL RAHEYDIIVD AVDDPAGKVA LIKYAVENK LPLISCMGAG NKTDVTQVHR VVDIADADVC LLALETKRLL AKEGITRGVK CVVTQGDHWV FAPQDGHDVI G NWPPCYFM AAAVLLDHVL RVLAGPESVE DHVRGRAVGV STKSGIVAIP

UniProtKB: N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase

-
分子 #2: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 700000
初期モデル#0 - モデルのタイプ: NONE / #1 - モデルのタイプ: NONE / #2 - モデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 152436
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4ydu

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6f89

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4rdi

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8ide:
Structure of an ancient TsaD-TsaC-SUA5-TcdA modular enzyme (TsaN)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る