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万見
- EMDB-35294: C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35294
タイトルC3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map)
マップデータFull map
試料
  • 複合体: C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map)
キーワードGPCR / G protein / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.55 Å
データ登録者Yadav MK / Yadav R / Maharana J / Sarma P / Banerjee R / Shukla AK / Gati C
資金援助 インド, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR29041/BRB/10/1697/2018 インド
Wellcome TrustIA/S/20/1/504916 英国
Science and Engineering Research Board (SERB)SPR/2020/000408 インド
Science and Engineering Research Board (SERB)IPA/2020/000405 インド
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of anaphylatoxin binding, activation, and signaling bias at complement receptors.
著者: Manish K Yadav / Jagannath Maharana / Ravi Yadav / Shirsha Saha / Parishmita Sarma / Chahat Soni / Vinay Singh / Sayantan Saha / Manisankar Ganguly / Xaria X Li / Samanwita Mohapatra / Sudha ...著者: Manish K Yadav / Jagannath Maharana / Ravi Yadav / Shirsha Saha / Parishmita Sarma / Chahat Soni / Vinay Singh / Sayantan Saha / Manisankar Ganguly / Xaria X Li / Samanwita Mohapatra / Sudha Mishra / Htet A Khant / Mohamed Chami / Trent M Woodruff / Ramanuj Banerjee / Arun K Shukla / Cornelius Gati /
要旨: The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological ...The complement system is a critical part of our innate immune response, and the terminal products of this cascade, anaphylatoxins C3a and C5a, exert their physiological and pathophysiological responses primarily via two GPCRs, C3aR and C5aR1. However, the molecular mechanism of ligand recognition, activation, and signaling bias of these receptors remains mostly elusive. Here, we present nine cryo-EM structures of C3aR and C5aR1 activated by their natural and synthetic agonists, which reveal distinct binding pocket topologies of complement anaphylatoxins and provide key insights into receptor activation and transducer coupling. We also uncover the structural basis of a naturally occurring mechanism to dampen the inflammatory response of C5a via proteolytic cleavage of the terminal arginine and the G-protein signaling bias elicited by a peptide agonist of C3aR identified here. In summary, our study elucidates the innerworkings of the complement anaphylatoxin receptors and should facilitate structure-guided drug discovery to target these receptors in a spectrum of disorders.
履歴
登録2023年2月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年11月8日-
現状2023年11月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35294.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 382.716 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 382.716 Å		1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 382.716 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0631 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.9515851 - 1.2850572
平均 (標準偏差)-0.000082336046 (±0.011180114)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 382.716 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_35294_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_35294_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map)

全体名称: C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map)
要素
  • 複合体: C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map)

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超分子 #1: C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map)

超分子名称: C3a-C3aR-Go (C3a only, Original Map) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
実像数: 20051 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9449228
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 418953
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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