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万見
- EMDB-35255: ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35255
タイトルACE2-B0AT1 complex bound with glutamine
マップデータ
試料
  • 複合体: ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GLUTAMINE
キーワードtransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / neutral amino acid transport / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / symporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport ...Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / Defective SLC6A19 causes Hartnup disorder (HND) / neutral amino acid transport / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / symporter activity / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / amino acid transport / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of cardiac conduction / maternal process involved in female pregnancy / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / viral life cycle / response to nutrient / positive regulation of cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / viral translation / Potential therapeutics for SARS / Induction of Cell-Cell Fusion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / receptor-mediated virion attachment to host cell / cilium / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A ...Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1 / Angiotensin-converting enzyme 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li YN / Zhang YY / Shen YP / Yan RH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92169204 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the substrate recognition and transport mechanism of amino acid transporter complex ACE2-BAT1 and ACE2-SIT1.
著者: Yaning Li / Yiming Chen / Yuanyuan Zhang / Yaping Shen / Kangtai Xu / Yaqi Liu / Zilong Wang / Renhong Yan /
履歴
登録2023年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35255.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.056 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.056 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.056 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.054988768 - 0.10120503
平均 (標準偏差)0.00017458483 (±0.0029179403)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 313.056 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35255_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35255_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine

全体名称: ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine
要素
  • 複合体: ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: GLUTAMINE

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超分子 #1: ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine

超分子名称: ACE2-B0AT1 complex bound with glutamine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: angiotensin-converting enzyme 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.379828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRSSSSWLLL SLVAVTAAWS HPQFEKQSTI EEQAKTFLDK FNHEAEDLFY QSSLASWNYN TNITEENVQN MNNAGDKWSA FLKEQSTLA QMYPLQEIQN LTVKLQLQAL QQNGSSVLSE DKSKRLNTIL NTMSTIYSTG KVCNPDNPQE CLLLEPGLNE I MANSLDYN ...文字列:
MRSSSSWLLL SLVAVTAAWS HPQFEKQSTI EEQAKTFLDK FNHEAEDLFY QSSLASWNYN TNITEENVQN MNNAGDKWSA FLKEQSTLA QMYPLQEIQN LTVKLQLQAL QQNGSSVLSE DKSKRLNTIL NTMSTIYSTG KVCNPDNPQE CLLLEPGLNE I MANSLDYN ERLWAWESWR SEVGKQLRPL YEEYVVLKNE MARANHYEDY GDYWRGDYEV NGVDGYDYSR GQLIEDVEHT FE EIKPLYE HLHAYVRAKL MNAYPSYISP IGCLPAHLLG DMWGRFWTNL YSLTVPFGQK PNIDVTDAMV DQAWDAQRIF KEA EKFFVS VGLPNMTQGF WENSMLTDPG NVQKAVCHPT AWDLGKGDFR ILMCTKVTMD DFLTAHHEMG HIQYDMAYAA QPFL LRNGA NEGFHEAVGE IMSLSAATPK HLKSIGLLSP DFQEDNETEI NFLLKQALTI VGTLPFTYML EKWRWMVFKG EIPKD QWMK KWWEMKREIV GVVEPVPHDE TYCDPASLFH VSNDYSFIRY YTRTLYQFQF QEALCQAAKH EGPLHKCDIS NSTEAG QKL FNMLRLGKSE PWTLALENVV GAKNMNVRPL LNYFEPLFTW LKDQNKNSFV GWSTDWSPYA DQSIKVRISL KSALGDK AY EWNDNEMYLF RSSVAYAMRQ YFLKVKNQMI LFGEEDVRVA NLKPRISFNF FVTAPKNVSD IIPRTEVEKA IRMSRSRI N DAFRLNDNSL EFLGIQPTLG PPNQPPVSIW LIVFGVVMGV IVVGIVILIF TGIRDRKKKN KARSGENPYA SIDISKGEN NPGFQNTDDV QTSFLEHHHH HHHHHH

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2

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分子 #2: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1

分子名称: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.012609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VLPNPGLDAR IPSLAELETI EQEEASSRPK WDNKAQYMLT CLGFCVGLGN VWRFPYLCQS HGGGAFMIPF LILLVLEGIP LLYLEFAIG QRLRRGSLGV WSSIHPALKG LGLASMLTSF MVGLYYNTII SWIMWYLFNS FQEPLPWSDC PLNENQTGYV D ECARSSPV ...文字列:
VLPNPGLDAR IPSLAELETI EQEEASSRPK WDNKAQYMLT CLGFCVGLGN VWRFPYLCQS HGGGAFMIPF LILLVLEGIP LLYLEFAIG QRLRRGSLGV WSSIHPALKG LGLASMLTSF MVGLYYNTII SWIMWYLFNS FQEPLPWSDC PLNENQTGYV D ECARSSPV DYFWYRETLN ISTSISDSGS IQWWMLLCLA CAWSVLYMCT IRGIETTGKA VYITSTLPYV VLTIFLIRGL TL KGATNGI VFLFTPNVTE LAQPDTWLDA GAQVFFSFSL AFGGLISFSS YNSVHNNCEK DSVIVSIING FTSVYVAIVV YSV IGFRAT QRYDDCFSTN ILTLINGFDL PEGNVTQENF VDMQQRCNAS DPAAYAQLVF QTCDINAFLS EAVEGTGLAF IVFT EAITK MPLSPLWSVL FFIMLFCLGL SSMFGNMEGV VVPLQDLRVI PPKWPKEVLT GLICLGTFLI GFIFTLNSGQ YWLSL LDSY AGSIPLLIIA FCEMFSVVYV YGVDRFNKDI EFMIGHKPNI FWQVTWRVVS PLLMLIIFLF FFVVEVSQEL TYSIWD PGY EEFPKSQKIS YPNWVYVVVV IVAGVPSLTI PGYAIYKLIR NH

UniProtKB: Sodium-dependent neutral amino acid transporter B(0)AT1

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: GLUTAMINE

分子名称: GLUTAMINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GLN
分子量理論値: 146.144 Da
Chemical component information

ChemComp-GLN:
GLUTAMINE / グルタミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 222017
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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