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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35252 | |||||||||
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タイトル | Density map of the OmpC3-MlaA2 complex in MSP2N2 nanodiscs disulfide-bonded to MlaC | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | bacteria / outer membrane / phospholipid / lipid asymmetry / membrane protein / protein complex structure / channel / LIPID TRANSPORT | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Yeow J / Luo M / Chng SS | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Molecular mechanism of phospholipid transport at the bacterial outer membrane interface. 著者: Jiang Yeow / Min Luo / Shu-Sin Chng / 要旨: The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria is an asymmetric lipid bilayer with outer leaflet lipopolysaccharides and inner leaflet phospholipids (PLs). This unique lipid asymmetry renders the ...The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria is an asymmetric lipid bilayer with outer leaflet lipopolysaccharides and inner leaflet phospholipids (PLs). This unique lipid asymmetry renders the OM impermeable to external insults, including antibiotics and bile salts. To maintain this barrier, the OmpC-Mla system removes mislocalized PLs from the OM outer leaflet, and transports them to the inner membrane (IM); in the first step, the OmpC-MlaA complex transfers PLs to the periplasmic chaperone MlaC, but mechanistic details are lacking. Here, we biochemically and structurally characterize the MlaA-MlaC transient complex. We map the interaction surfaces between MlaA and MlaC in Escherichia coli, and show that electrostatic interactions are important for MlaC recruitment to the OM. We further demonstrate that interactions with MlaC modulate conformational states in MlaA. Finally, we solve a 2.9-Å cryo-EM structure of a disulfide-trapped OmpC-MlaA-MlaC complex in nanodiscs, reinforcing the mechanism of MlaC recruitment, and highlighting membrane thinning as a plausible strategy for directing lipids for transport. Our work offers critical insights into retrograde PL transport by the OmpC-Mla system in maintaining OM lipid asymmetry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35252.map.gz | 62.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35252-v30.xml emd-35252.xml | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35252_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35252.png | 104.8 KB | ||
マスクデータ | emd_35252_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-35252.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_35252_half_map_1.map.gz emd_35252_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35252 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35252 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35252_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35252_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35252_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35252_validation.cif.gz | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35252 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35252 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.834 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_35252_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35252_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35252_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : OmpC3-MlaA2 complex in MSP2N2 nanodiscs disulfide-bonded to MlaC
全体 | 名称: OmpC3-MlaA2 complex in MSP2N2 nanodiscs disulfide-bonded to MlaC |
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要素 |
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-超分子 #1: OmpC3-MlaA2 complex in MSP2N2 nanodiscs disulfide-bonded to MlaC
超分子 | 名称: OmpC3-MlaA2 complex in MSP2N2 nanodiscs disulfide-bonded to MlaC タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Outer membrane complex of 3OmpC with disulfide-trapped 2MlaA and 2MlaC reconstituted in Escherichia coli polar lipids and MSP2N2 nanodiscs |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞中の位置: Outer membrane |
分子量 | 理論値: 52 KDa |
-超分子 #2: Outer membrane porin C
超分子 | 名称: Outer membrane porin C / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: Trimeric OmpC porins in complex with MlaA at the outer membrane disulfide-trapped with MlaC |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞中の位置: Outer membrane |
-超分子 #3: Complex of MlaA disulfide trapped with MlaC
超分子 | 名称: Complex of MlaA disulfide trapped with MlaC / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 詳細: Intermembrane phospholipid transport system lipoprotein MlaA disulfide trapped with MlaC |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 12 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Tris-buffered saline (TBS) buffer (20 mM Tris HCl pH 8.0, 150 mM NaCl) | |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Tridiem 4K / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV 詳細: Gatan GIF post-column energy filter operated in zero-loss mode |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6018 / 平均露光時間: 5.99 sec. / 平均電子線量: 90.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode at 50 frames per image |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / 温度因子: 73.8 |
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