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万見
- EMDB-35246: Outer shell and inner layer structures of Autographa californica ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35246
タイトルOuter shell and inner layer structures of Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV)
マップデータOuter shell and inner layer of AcMNPV
試料
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major viral capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Viral capsid associated protein
    • タンパク質・ペプチド: AcOrf-109 peptide
    • タンパク質・ペプチド: Early 49 Daa protein
    • タンパク質・ペプチド: P40
    • タンパク質・ペプチド: Occlusion-derived virus envelope/capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: 38K
キーワードvirus / capsid protein / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / viral envelope / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf109 / Protein of unknown function DUF694 / Nucleopolyhedrovirus capsid P80/P87 / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV) protein / Protein of unknown function (DUF705) / Nucleopolyhedrovirus capsid protein P87 / Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), C42 ...Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf109 / Protein of unknown function DUF694 / Nucleopolyhedrovirus capsid P80/P87 / Baculovirus Y142 protein / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV) protein / Protein of unknown function (DUF705) / Nucleopolyhedrovirus capsid protein P87 / Baculovirus occlusion-derived virus envelope EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), C42 / Baculovirus occlusion-derived virus envelope protein EC27 / Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV), Orf101 / Baculovirus major capsid protein VP39 / HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC / Baculovirus major capsid protein VP39 / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Major viral capsid protein / P40 / AcOrf-109 peptide / 38K / Occlusion-derived virus envelope/capsid protein / Viral capsid associated protein / Early 49 Daa protein
類似検索 - 構成要素
生物種Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.31 Å
データ登録者Jia X / Gao Y / Zhang Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Architecture of the baculovirus nucleocapsid revealed by cryo-EM.
著者: Xudong Jia / Yuanzhu Gao / Yuxuan Huang / Linjun Sun / Siduo Li / Hongmei Li / Xueqing Zhang / Yinyin Li / Jian He / Wenbi Wu / Harikanth Venkannagari / Kai Yang / Matthew L Baker / Qinfen Zhang /
要旨: Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known ...Baculovirus Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (AcMNPV) has been widely used as a bioinsecticide and a protein expression vector. Despite their importance, very little is known about the structure of most baculovirus proteins. Here, we show a 3.2 Å resolution structure of helical cylindrical body of the AcMNPV nucleocapsid, composed of VP39, as well as 4.3 Å resolution structures of both the head and the base of the nucleocapsid composed of over 100 protein subunits. AcMNPV VP39 demonstrates some features of the HK97-like fold and utilizes disulfide-bonds and a set of interactions at its C-termini to mediate nucleocapsid assembly and stability. At both ends of the nucleocapsid, the VP39 cylinder is constricted by an outer shell ring composed of proteins AC104, AC142 and AC109. AC101(BV/ODV-C42) and AC144(ODV-EC27) form a C14 symmetric inner layer at both capsid head and base. In the base, these proteins interact with a 7-fold symmetric capsid plug, while a portal-like structure is seen in the central portion of head. Additionally, we propose an application of AlphaFold2 for model building in intermediate resolution density.
履歴
登録2023年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2023年12月13日-
現状2023年12月13日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35246.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35246.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Outer shell and inner layer of AcMNPV
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.4341382 - 2.6451368
平均 (標準偏差)0.001081019 (±0.028097278)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 810.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_35246_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: additional EM map for chain I,J

ファイルemd_35246_additional_1.map
注釈additional EM map for chain I,J
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_35246_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_35246_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

全体名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
要素
  • ウイルス: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major viral capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Viral capsid associated protein
    • タンパク質・ペプチド: AcOrf-109 peptide
    • タンパク質・ペプチド: Early 49 Daa protein
    • タンパク質・ペプチド: P40
    • タンパク質・ペプチド: Occlusion-derived virus envelope/capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: 38K

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超分子 #1: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus

超分子名称: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 307456
生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus
ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major viral capsid protein

分子名称: Major viral capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 38.991109 KDa
配列文字列: MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF ...文字列:
MALVPVGMAP RQMRVNRCIF ASIVSFDACI TYKSPCSPDA YHDDGWFICN NHLIKRFKMS KMVLPIFDED DNQFKMTIAR HLVGNKERG IKRILIPSAT NYQDVFNLNS MMQAEQLIFH LIYNNENAVN TICDNLKYTE GFTSNTQRVI HSVYATTKSI L DTTNPNTF CSRVSRDELR FFDVTNARAL RGGAGDQLFN NYSGFLQNLI RRAVAPEYLQ IDTEELRFRN CATCIIDETG LV ASVPDGP ELYNPIRSSD IMRSQPNRLQ IRNVLKFEGD TRELDRTLSG YEEYPTYVPL FLGYQIINSE NNFLRNDFIP RAN PNATLG GGAVAGPAPG VAGEAGGGIA V

UniProtKB: Major viral capsid protein

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分子 #2: Viral capsid associated protein

分子名称: Viral capsid associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 79.974469 KDa
配列文字列: MNDSNSLLIT RLAAQILSRN MQTVDVIVDD KTLSLEEKID TLTSMVLAVN SPPQSPPRVT SSDLAASIIK NNSKMVGNDF EMRYNVLRM AVVFVKHYPK YYNETTAGLV AEIESNLLQY QNYVNQGNYQ NIEGYDSLLN KAEECYVKID RLFKESIKKI M DDTEAFER ...文字列:
MNDSNSLLIT RLAAQILSRN MQTVDVIVDD KTLSLEEKID TLTSMVLAVN SPPQSPPRVT SSDLAASIIK NNSKMVGNDF EMRYNVLRM AVVFVKHYPK YYNETTAGLV AEIESNLLQY QNYVNQGNYQ NIEGYDSLLN KAEECYVKID RLFKESIKKI M DDTEAFER EQEAERLRAE QTAANALLER RAQTSADDVV NRADANIPTA FSDPLPGPSA PRYMYESSES DTYMETARRT AE HYTDQDK DYNAAYTADE YNSLVKTVLL RLIEKALATL KNRLHITTID QLKKFRDYLN SDADAGEFQI FLNQEDCVIL KNL SNLASK FFNVRCVADT LEVMLEALRN NIELVQPESD AVRRIVIKMT QEIKDSSTPL YNIAMYKSDY DAIKNKNIKT LFDL YNDRL PINFLDTSAT SPVRKTSGKR SAEDDLLPTR SSKRANRPEI NVISSEDEQE DDDVEDVDYE KESKRRKLED EDFLK LKAL EFSKDIVNEK LQKIIVVTDG MKRLYEYCNC KNSLETLPSA ANYGSLLKRL NLYNLDHIEM NVNFYELLFP LTLYND NDN SDKTLSHQLV NYIFLASNYF QNCAKNFNYM RETFNVFGPF KQIDFMVMFV IKFNFLCDMR NFAKLIDELV PNKQPNM RI HSVLVMRDKI VKLAFSNLQF QTFSKKDKSR NTKHLQRLIM LMNANYNVI

UniProtKB: Viral capsid associated protein

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分子 #3: AcOrf-109 peptide

分子名称: AcOrf-109 peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 44.851441 KDa
配列文字列: MECPFQIQVC ISDRFFAFPH NLVEPQSDVG NKLIENLIVY VPTDDDRLYI DKKQFPKFNS VLVYRHEHDV NIDSRSPKKT ASATIVYWN PLVPITEIGA GETRVFSVLL TNNLFYCNTM IVHHENPKCP IEFTYPETDM QSACSALLKN RNGQSVPPPI K SNLRPIAC ...文字列:
MECPFQIQVC ISDRFFAFPH NLVEPQSDVG NKLIENLIVY VPTDDDRLYI DKKQFPKFNS VLVYRHEHDV NIDSRSPKKT ASATIVYWN PLVPITEIGA GETRVFSVLL TNNLFYCNTM IVHHENPKCP IEFTYPETDM QSACSALLKN RNGQSVPPPI K SNLRPIAC EIPLSHFKEL VESNDFLLCF NLETSTMVKI LSLKRIFCIF QYRKQPARYV INLPHEEIDN LYNKLNWERT RR LMKGDVP SNCATVNRSS LKYIKQAQSL LGIPDYSQTV VDFVKMFQKI IFPYQLVPNV IIKLNNFDQM VSSAPNKAEP YKK IRLFCK NDSIAISSSG IVPINMPDFS PPNTFDYSDY ANRTNINFVT QRVLTDGGFS SGITVTPVKY NYYL

UniProtKB: AcOrf-109 peptide

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分子 #4: Early 49 Daa protein

分子名称: Early 49 Daa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 55.480898 KDa
配列文字列: MSGGGNLLTL ERDHFKYLFL TSYFDLKDNE HVPSEPMAFI RNYLNCTFDL LDDAVLMNYF NYLQSMQLKH LVGSTSTNIF KFVKPQFRF VCDRTTVDIL EFDTRMYIKP GTPVYATNLF TSNPRKMMAF LYAEFGKVFK NKIFVNINNY GCVLAGSAGF L FDDAYVDW ...文字列:
MSGGGNLLTL ERDHFKYLFL TSYFDLKDNE HVPSEPMAFI RNYLNCTFDL LDDAVLMNYF NYLQSMQLKH LVGSTSTNIF KFVKPQFRF VCDRTTVDIL EFDTRMYIKP GTPVYATNLF TSNPRKMMAF LYAEFGKVFK NKIFVNINNY GCVLAGSAGF L FDDAYVDW NGVRMCAAPR LDNNMHPFRL YLLGEDMAKH FVDNNILPPH PSNAKTRKIN NSMFMLKNFY KGLPLFKSKY TV VNSTKIV TRKPNDIFNE IDKELNGNCP FIKFIQRDYI FDAQFPPDLL DLLNEYMTKS SIMKIITKFV IEENPAMSGE MSR EIILDR YSVDNYRKLY IKMEITNQFP VMYDHESSYI FVSKDFLQLK GTMNAFYAPK QRILSILAVN RLFGATETID FHPN LLVYR QSSPPVRLTG DVYVVDKNEK VFLVKHVFSN TVPAYLLIRG DYESSSDLKS LRDLNPWVQN TLLKLLIPDS VQ

UniProtKB: Early 49 Daa protein

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分子 #5: P40

分子名称: P40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 41.583594 KDa
配列文字列: MSAIALYLEI NKLRLKIDEP MQLAIWPQLF PLLCDEHQSV QLNTDVLINF MMHVARKSQN TILNNNAAIA SQYAAGNADV VAAPASAQP TPRPVINLFA RANAAAPAQP SEELINMRRY RNAARKLIHH YSLNSTSSTE YKISDVVMTM IFLLRSEKYH S LFKLLETT ...文字列:
MSAIALYLEI NKLRLKIDEP MQLAIWPQLF PLLCDEHQSV QLNTDVLINF MMHVARKSQN TILNNNAAIA SQYAAGNADV VAAPASAQP TPRPVINLFA RANAAAPAQP SEELINMRRY RNAARKLIHH YSLNSTSSTE YKISDVVMTM IFLLRSEKYH S LFKLLETT FDDYTCRPQM TQVQTDTLLD AVRSLLEMPS TTIDLTTVDI MRSSFARCFN SPIMRYAKIV LLQNVALQRD KR TTLEELL IERGEKIQML QPQQYINSGT EIPFCDDAEF LNRLLKHIDP YPLSRMYYNA ANTMFYTTME NYAVSNCKFN IED YNNIFK VMENIRKHSN KNSNDQDELN IYLGVQSSNA KRKKY

UniProtKB: P40

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分子 #6: Occlusion-derived virus envelope/capsid protein

分子名称: Occlusion-derived virus envelope/capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 33.568152 KDa
配列文字列: MKRIKCNKVR TVTEIVNSDE KIQKTYELAE FDLKNLSSLE SYETLKIKLA LSKYMAMLST LEMTQPLLEI FRNKADTRQI AAVVFSTLA FIHNRFHPLV TNFTNKMEFV VTETNDTSIP GEPILFTENE GVLLCSVDRP SIVKMLSREF DTEALVNFEN D NCNVRIAK ...文字列:
MKRIKCNKVR TVTEIVNSDE KIQKTYELAE FDLKNLSSLE SYETLKIKLA LSKYMAMLST LEMTQPLLEI FRNKADTRQI AAVVFSTLA FIHNRFHPLV TNFTNKMEFV VTETNDTSIP GEPILFTENE GVLLCSVDRP SIVKMLSREF DTEALVNFEN D NCNVRIAK TFGASKRKNT TRSDDYESNK QPNYDMDLSD FSITEVEATQ YLTLLLTVEH AYLHYYIFKN YGVFEYCKSL TD HSLFTNK LRSTMSTKTS NLLLSKFKFT IEDFDKINSN SVTSGFNIYN FNK

UniProtKB: Occlusion-derived virus envelope/capsid protein

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分子 #7: 38K

分子名称: 38K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Autographa californica multiple nucleopolyhedrovirus (オートグラファカリフォルニア核多角体病ウイルス)
分子量理論値: 38.0705 KDa
配列文字列: MASSLQSKWI CLRLNDAIIK RHVLVLSEYA DLKYLGFEKY KFFEYVIFQF CNDPQLCKII ENNYNYCMQI FKAPADDMRD IRHNIKRAF KTPVLGHMCV LSNKPPMYSF LKEWFLLPHY KVVSLKSESL TWGFPHVVVF DLDSTLITEE EQVEIRDPFV Y DSLQELHE ...文字列:
MASSLQSKWI CLRLNDAIIK RHVLVLSEYA DLKYLGFEKY KFFEYVIFQF CNDPQLCKII ENNYNYCMQI FKAPADDMRD IRHNIKRAF KTPVLGHMCV LSNKPPMYSF LKEWFLLPHY KVVSLKSESL TWGFPHVVVF DLDSTLITEE EQVEIRDPFV Y DSLQELHE MGCVLVLWSY GSRDHVAHSM RDVDLEGYFD IIISEGSTVQ EERSDLVQNS HNAIVDYNLK KRFIENKFVF DI HNHRSDN NIPKSPKIVI KYLSDKNVNF FKSITLVDDL PTNNYAYDFY VKVKRCPTPV QDWEHYHNEI IQNIMDYEQY FIK

UniProtKB: 38K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 337988
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る