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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3518 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM map of the dodecameric F420-reducing hydrogenase Frh at 3 Angstrom resolution | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Methanothermobacter marburgensis (strain ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg) (Methanobacterium thermoautotrophicum) (古細菌) / Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Baerland N / Mills DJ / Vonck J | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: cryo-EM map of the dodecameric F420-reducing hydrogenase Frh at 3 Angstrom resolution 著者: Baerland N / Mills DJ / Vonck J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3518.map.gz | 49.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3518-v30.xml emd-3518.xml | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3518_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3518.png | 293.8 KB | ||
その他 | emd_3518_half_map_1.map.gz emd_3518_half_map_2.map.gz | 40.8 MB 40.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3518 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3518 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3518_validation.pdf.gz | 492.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3518_full_validation.pdf.gz | 491.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3518_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3518 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3518 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3518.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: dodecameric F420-reducing hydrogenase, half map 2
ファイル | emd_3518_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | dodecameric F420-reducing hydrogenase, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: dodecameric F420-reducing hydrogenase, half map 1
ファイル | emd_3518_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | dodecameric F420-reducing hydrogenase, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : F420 reducing hydrogenase Frh
全体 | 名称: F420 reducing hydrogenase Frh |
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要素 |
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-超分子 #1: F420 reducing hydrogenase Frh
超分子 | 名称: F420 reducing hydrogenase Frh / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter marburgensis (strain ATCC BAA-927 / DSM 2133 / JCM 14651 / NBRC 100331 / OCM 82 / Marburg) (Methanobacterium thermoautotrophicum) (古細菌) |
分子量 | 理論値: 1.2 MDa |
-分子 #1: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha
分子 | 名称: F420-reducing hydrogenase, subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: contains a [NiFe] cluster / 光学異性体: LEVO / EC番号: coenzyme F420 hydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌) |
配列 | 文字列: MSERIVISPT SRQEGHAELV MEVDDEGIVT KGRYFSITPV RGLEKMVTGK APETAPVMVQ RICGVCPIP HTLASVEAID DSLDIEVPKA GRLLRELTLA AHHVNSHAIH HFLIAPDFVP E NLMADAIN SVSEIRKNAQ YVVDMVAGEG IHPSDVRIGG MADNITELAR ...文字列: MSERIVISPT SRQEGHAELV MEVDDEGIVT KGRYFSITPV RGLEKMVTGK APETAPVMVQ RICGVCPIP HTLASVEAID DSLDIEVPKA GRLLRELTLA AHHVNSHAIH HFLIAPDFVP E NLMADAIN SVSEIRKNAQ YVVDMVAGEG IHPSDVRIGG MADNITELAR KRLYARLKQL KP KVNEHVE LMIGLIEDKG LPEGLGVHNQ PTLASHQIYG DRTKFDLDRF TEIMPESWYD DPE IAKRAC STIPLYDGRN VEVGPRARMV EFQGFKERGV VAQHVARALE MKTALSRAIE ILDE LDTSA PVRADFDERG TGKLGIGAIE APRGLDVHMA KVENGKIQFY SALVPTTWNI PTMGP ATEG FHHEYGPHVI RAYDPCLSCA THVMVVDDED KSVIKNEMVK I |
-分子 #2: F420-reducing hydrogenase, subunit beta
分子 | 名称: F420-reducing hydrogenase, subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: FrhB contains a [4Fe4S] cluster and an FAD. / 光学異性体: LEVO / EC番号: coenzyme F420 hydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌) |
配列 | 文字列: MVLGTYKEIV SARSTDREIQ KLAQDGGIVT GLLAYALDEG IIEGAVVAGP GEEFWKPQPM VAMSSDELK AAAGTKYTFS PNVMMLKKAV RQYGIEKLGT VAIPCQTMGI RKMQTYPFGV R FLADKIKL LVGIYCMENF PYTSLQTFIC EKLGVSMELV EKMDIGKGKF ...文字列: MVLGTYKEIV SARSTDREIQ KLAQDGGIVT GLLAYALDEG IIEGAVVAGP GEEFWKPQPM VAMSSDELK AAAGTKYTFS PNVMMLKKAV RQYGIEKLGT VAIPCQTMGI RKMQTYPFGV R FLADKIKL LVGIYCMENF PYTSLQTFIC EKLGVSMELV EKMDIGKGKF WVYTQDDVLT LP LKETHGY EQAGCKICKD YVAELADVST GSVGSPDGWS TVITRTDAGD SIFKQAVEAG LFE TKPIEE VKPGLGLLEK LAAQKKEKAE KNIAARKEMG LPTPF |
-分子 #3: F420-reducing hydrogenase, subunit gamma
分子 | 名称: F420-reducing hydrogenase, subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: FrhG contains three [4Fe4S] clusters / 光学異性体: LEVO / EC番号: coenzyme F420 hydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Methanothermobacter marburgensis str. Marburg (古細菌) |
配列 | 文字列: MVLGTYKEIV SARSTDREIQ KLAQDGGIVT GLLAYALDEG IIEGAVVAGP GEEFWKPQPM VAMSSDELKA AAGTKYTFSP NVMMLKKAVR QYGIEKLGTV AIPCQTMGIR KMQTYPFGVR FLADKIKLLV GIYCMENFPY TSLQTFICEK LGVSMELVEK MDIGKGKFWV ...文字列: MVLGTYKEIV SARSTDREIQ KLAQDGGIVT GLLAYALDEG IIEGAVVAGP GEEFWKPQPM VAMSSDELKA AAGTKYTFSP NVMMLKKAVR QYGIEKLGTV AIPCQTMGIR KMQTYPFGVR FLADKIKLLV GIYCMENFPY TSLQTFICEK LGVSMELVEK MDIGKGKFWV YTQDDVLTLP LKETHGYEQA GCKICKDYVA ELADVSTGSV GSPDGWSTVI TRTDAGDSIF KQAVEAGLFE TKPIEEVKPG LGLLEKLAAQ KKEKAEKNIA ARKEMGLPTP F |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.6 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum エネルギーフィルター - エネルギー下限: 20 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-10 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 45871 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |