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- EMDB-35150: Cryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35150
タイトルCryo-EM structure of abscisic acid transporter AtABCG25
マップデータ
試料
  • 複合体: Arabidopsis thaliana ABCG25
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter G family member 25
キーワードtransport / ABC transporter / plant hormone / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性Protein of unknown function DUF1425 / YcfL-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1425) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / DUF1425 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Huang X / Zhang X / Zhang P
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure and molecular mechanism of abscisic acid transporter ABCG25.
著者: Xiaowei Huang / Xue Zhang / Ning An / Minhua Zhang / Miaolian Ma / Yang Yang / Lianyan Jing / Yongfei Wang / Zhenguo Chen / Peng Zhang /
要旨: Abscisic acid (ABA) is one of the plant hormones that regulate various physiological processes, including stomatal closure, seed germination and development. ABA is synthesized mainly in vascular ...Abscisic acid (ABA) is one of the plant hormones that regulate various physiological processes, including stomatal closure, seed germination and development. ABA is synthesized mainly in vascular tissues and transported to distal sites to exert its physiological functions. Many ABA transporters have been identified, however, the molecular mechanism of ABA transport remains elusive. Here we report the cryogenic electron microscopy structure of the Arabidopsis thaliana adenosine triphosphate-binding cassette G subfamily ABA exporter ABCG25 (AtABCG25) in inward-facing apo conformation, ABA-bound pre-translocation conformation and outward-facing occluded conformation. Structural and biochemical analyses reveal that the ABA bound with ABCG25 adopts a similar configuration as that in ABA receptors and that the ABA-specific binding is dictated by residues from transmembrane helices TM1, TM2 and TM5a of each protomer at the transmembrane domain interface. Comparison of different conformational structures reveals conformational changes, especially those of transmembrane helices and residues constituting the substrate translocation pathway during the cross-membrane transport process. Based on the structural data, a 'gate-flipper' translocation model of ABCG25-mediated ABA cross-membrane transport is proposed. Our structural data on AtABCG25 provide new clues to the physiological study of ABA and shed light on its potential applications in plants and agriculture.
履歴
登録2023年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年11月1日-
現状2023年11月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35150.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35150.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-2.6355047 - 4.378733
平均 (標準偏差)-0.00037368815 (±0.1067673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_35150_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35150_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35150_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Arabidopsis thaliana ABCG25

全体名称: Arabidopsis thaliana ABCG25
要素
  • 複合体: Arabidopsis thaliana ABCG25
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter G family member 25

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超分子 #1: Arabidopsis thaliana ABCG25

超分子名称: Arabidopsis thaliana ABCG25 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: ABC transporter G family member 25

分子名称: ABC transporter G family member 25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 72.983867 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSAFDGVENQ MNGPDSSPRL SQDPREPRSL LSSSCFPITL KFVDVCYRVK IHGMSNDSCN IKKLLGLKQK PSDETRSTEE RTILSGVTG MISPGEFMAV LGPSGSGKST LLNAVAGRLH GSNLTGKILI NDGKITKQTL KRTGFVAQDD LLYPHLTVRE T LVFVALLR ...文字列:
MSAFDGVENQ MNGPDSSPRL SQDPREPRSL LSSSCFPITL KFVDVCYRVK IHGMSNDSCN IKKLLGLKQK PSDETRSTEE RTILSGVTG MISPGEFMAV LGPSGSGKST LLNAVAGRLH GSNLTGKILI NDGKITKQTL KRTGFVAQDD LLYPHLTVRE T LVFVALLR LPRSLTRDVK LRAAESVISE LGLTKCENTV VGNTFIRGIS GGERKRVSIA HELLINPSLL VLDEPTSGLD AT AALRLVQ TLAGLAHGKG KTVVTSIHQP SSRVFQMFDT VLLLSEGKCL FVGKGRDAMA YFESVGFSPA FPMNPADFLL DLA NGVCQT DGVTEREKPN VRQTLVTAYD TLLAPQVKTC IEVSHFPQDN ARFVKTRVNG GGITTCIATW FSQLCILLHR LLKE RRHES FDLLRIFQVV AASILCGLMW WHSDYRDVHD RLGLLFFISI FWGVLPSFNA VFTFPQERAI FTRERASGMY TLSSY FMAH VLGSLSMELV LPASFLTFTY WMVYLRPGIV PFLLTLSVLL LYVLASQGLG LALGAAIMDA KKASTIVTVT MLAFVL TGG YYVNKVPSGM VWMKYVSTTF YCYRLLVAIQ YGSGEEILRM LGCDSKGKQG ASAATSAGCR FVEEEVIGDV GMWTSVG VL FLMFFGYRVL AYLALRRIKH

UniProtKB: DUF1425 domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.62 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 306304
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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