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- EMDB-35004: Thermus thermophilus Rho-engaged RNAP elongation complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35004
タイトルThermus thermophilus Rho-engaged RNAP elongation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Rho-engaged RNA polymerase elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA-directed RNA polymerase complex / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription ...ATP-dependent activity, acting on RNA / DNA-directed RNA polymerase complex / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / : ...Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / : / DNA-directed RNA polymerase subunit beta', hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / Transcription termination factor Rho / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Murayama Y / Ehara H / Sekine S
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17K15082 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the transcription termination factor Rho engagement with transcribing RNA polymerase from .
著者: Yuko Murayama / Haruhiko Ehara / Mari Aoki / Mie Goto / Takeshi Yokoyama / Shun-Ichi Sekine /
要旨: Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the ...Transcription termination is an essential step in transcription by RNA polymerase (RNAP) and crucial for gene regulation. For many bacterial genes, transcription termination is mediated by the adenosine triphosphate-dependent RNA translocase/helicase Rho, which causes RNA/DNA dissociation from the RNAP elongation complex (EC). However, the structural basis of the interplay between Rho and RNAP remains obscure. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the RNAP EC engaged with Rho. The Rho hexamer binds RNAP through the carboxyl-terminal domains, which surround the RNA exit site of RNAP, directing the nascent RNA seamlessly from the RNA exit to its central channel. The β-flap tip at the RNA exit is critical for the Rho-dependent RNA release, and its deletion causes an alternative Rho-RNAP binding mode, which is irrelevant to termination. The Rho binding site overlaps with the binding sites of other macromolecules, such as ribosomes, providing a general basis of gene regulation.
履歴
登録2022年12月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35004.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.4
最小 - 最大-6.488901 - 17.971527
平均 (標準偏差)-0.01194827 (±0.92481434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rho-engaged RNA polymerase elongation complex

全体名称: Rho-engaged RNA polymerase elongation complex
要素
  • 複合体: Rho-engaged RNA polymerase elongation complex
    • タンパク質・ペプチド: Transcription termination factor Rho
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (41-MER)
    • RNA: RNA (29-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Rho-engaged RNA polymerase elongation complex

超分子名称: Rho-engaged RNA polymerase elongation complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

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分子 #1: Transcription termination factor Rho

分子名称: Transcription termination factor Rho / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 47.99627 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GPMRRKETLQ ETPLTYQELA SKILPELHLL AQEAGIEGYK RMKKDQLIMA LLERQTQGEG LRLVKGYLEI SQDGYGFLTE NLHNLESRV AIVSAGLIKQ YALRAGDYVV GQARPPRENE RYATLLKVEA VNNLDPEAAK NRPRFDELTP QFPDRQIRLE T TPDELSTR ...文字列:
GPMRRKETLQ ETPLTYQELA SKILPELHLL AQEAGIEGYK RMKKDQLIMA LLERQTQGEG LRLVKGYLEI SQDGYGFLTE NLHNLESRV AIVSAGLIKQ YALRAGDYVV GQARPPRENE RYATLLKVEA VNNLDPEAAK NRPRFDELTP QFPDRQIRLE T TPDELSTR VIDLLAPIGR GQRGLIVAPP KAGKTTLLKK IANAVLKNEP DIKVIVLLID ERPEEVTDFR ESVQGAEVIA ST FDEPPQN HIRVAEFVHE RAKRIVEEGG HVMILLDSIT RLARANNLVT PPTGRTLSGG LDSAALYFPK RFLGAARNIR GGG SLTILA TALVETGSRM DDVIFEEFKG TGNMELHLSR RLEERRIFPA IDILKSGTRR EELLLGEEVT HKMWLLRKVL ADMD PAEAM EMLLARLART KNNKEFLASL AAR

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 35.056164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MLDSKLKAPV FTVRTQGREY GEFVLEPLER GFGVTLGNPL RRILLSSIPG TAVTSVYIED VLHEFSTIPG VKEDVVEIIL NLKELVVRF LNPSLQTVTL LLKAEGPKEV KARDFLPVAD VEIMNPDLHI ATLEEGGRLN MEVRVDRGVG YVPAEKHGIK D RINAIPVD ...文字列:
MLDSKLKAPV FTVRTQGREY GEFVLEPLER GFGVTLGNPL RRILLSSIPG TAVTSVYIED VLHEFSTIPG VKEDVVEIIL NLKELVVRF LNPSLQTVTL LLKAEGPKEV KARDFLPVAD VEIMNPDLHI ATLEEGGRLN MEVRVDRGVG YVPAEKHGIK D RINAIPVD AVFSPVRRVA FQVEDTRLGQ RTDLDKLTLR IWTDGSVTPL EALNQAVEIL REHLTYFSNP QAAAVAAPEE AK EPEAPPE QEEELDLPLE ELGLSTRVLH SLKEEGIESV RALLALNLKD LKNIPGIGER SLEEIKEALE KKGFTLKE

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 125.436539 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYRRAL QADVPPEKRE NVGIQAAFRE TFPIEEEDKG KGGLVLDFLE YRLGEPPFPQ DECREKDLT YQAPLYARLQ LIHKDTGLIK EDEVFLGHIP LMTEDGSFII NGADRVIVSQ IHRSPGVYFT PDPARPGRYI A SIIPLPKR ...文字列:
MEIKRFGRIR EVIPLPPLTE IQVESYRRAL QADVPPEKRE NVGIQAAFRE TFPIEEEDKG KGGLVLDFLE YRLGEPPFPQ DECREKDLT YQAPLYARLQ LIHKDTGLIK EDEVFLGHIP LMTEDGSFII NGADRVIVSQ IHRSPGVYFT PDPARPGRYI A SIIPLPKR GPWIDLEVEP NGVVSMKVNK RKFPLVLLLR VLGYDQETLA RELGAYGELV QGLMDESVFA MRPEEALIRL FT LLRPGDP PKRDKAVAYV YGLIADPRRY DLGEAGRYKA EEKLGIRLSG RTLARFEDGE FKDEVFLPTL RYLFALTAGV PGH EVDDID HLGNRRIRTV GELMTDQFRV GLARLARGVR ERMLMGSEDS LTPAKLVNSR PLEAAIREFF SRSQLSQFKD ETNP LSSLR HKRRISALGP GGLTRERAGF DVRDVHRTHY GRICPVETPE GANIGLITSL AAYARVDELG FIRTPYRRVV GGVVT DEVV YMTATEEDRY TIAQANTPLE GNRIAAERVV ARRKGEPVIV SPEEVEFMDV SPKQVFSVNT NLIPFLEHDD ANRALM GSN MQTQAVPLIR AQAPVVMTGL EERVVRDSLA ALYAEEDGEV AKVDGNRIVV RYEDGRLVEY PLRRFYRSNQ GTALDQR PR VVVGQRVRKG DLLADGPASE NGFLALGQNV LVAIMPFDGY NFEDAIVISE ELLKRDFYTS IHIERYEIEA RDTKLGPE R ITRDIPHLSE AALRDLDEEG VVRIGAEVKP GDILVGRTSF KGESEPTPEE RLLRSIFGEK ARDVKDTSLR VPPGEGGIV VRTVRLRRGD PGVELKPGVR EVVRVYVAQK RKLQVGDKLA NRHGNKGVVA KILPVEDMPH LPDGTPVDVI LNPLGVPSRM NLGQILETH LGLAGYFLGQ RYISPIFDGA KEPEIKELLA QAFEVYFGKR KGEGFGVDKR EVEVLRRAEK LGLVTPGKTP E EQLKELFL QGKVVLYDGR TGEPIEGPIV VGQMFIMKLY HMVEDKMHAR STGPYSLITQ QPLGGKAQFG GQRFGEMEVW AL EAYGAAH TLQEMLTLKS DDIEGRNAAY EAIIKGEDVP EPSVPESFRV LVKELQALAL DVQTLDEKDN PVDIFEGLAS KR

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 171.994391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYR MGHIELATPA AHIWFVKDVP SKIGTLLDLS ATELEQVLYF SKYIVLDPKG AILNGVPVEK RQLLTDEEYR E LRYGKQET ...文字列:
MKKEVRKVRI ALASPEKIRS WSYGEVEKPE TINYRTLKPE RDGLFDERIF GPIKDYECAC GKYKRQRFEG KVCERCGVEV TKSIVRRYR MGHIELATPA AHIWFVKDVP SKIGTLLDLS ATELEQVLYF SKYIVLDPKG AILNGVPVEK RQLLTDEEYR E LRYGKQET YPLPPGVDAL VKDGEEVVKG QELAPGVVSR LDGVALYRFP RRVRVEYVKK ERAGLRLPLA AWVEKEAYKP GE ILAELPE PYLFRAEEEG VVELKELEEG AFLVLRREDE PVATYFLPVG MTPLVVHGEI VEKGQPLAEA KGLLRMPRQV RAA QVEAEE EGETVYLTLF LEWTEPKDYR VQPHMNVVVP EGARVEAGDK IVAAIDPEEE VIAEAEGVVH LHEPASILVV KARV YPFED DVEVSTGDRV APGDVLADGG KVKSDVYGRV EVDLVRNVVR VVESYDIDAR MGAEAIQQLL KELDLEALEK ELLEE MKHP SRARRAKARK RLEVVRAFLD SGNRPEWMIL EAVPVLPPDL RPMVQVDGGR FATSDLNDLY RRLINRNNRL KKLLAQ GAP EIIIRNEKRM LQEAVDALLD NGRRGAPVTN PGSDRPLRSL TDILSGKQGR FRQNLLGKRV DYSGRSVIVV GPQLKLH QC GLPKRMALEL FKPFLLKKME EKGIAPNVKA ARRMLERQRD IKDEVWDALE EVIHGKVVLL NRAPTLHRLG IQAFQPVL V EGQSIQLHPL VCEAFNADFD GDQMAVHVPL SSFAQAEARI QMLSAHNLLS PASGEPLAKP SRDIILGLYY ITQVRKEKK GAGLEFATPE EALAAHERGE VALNAPIKVA GRETSVGRLK YVFANPDEAL LAVAHGIVDL QDVVTVRYMG KRLETSPGRI LFARIVAEA VEDEKVAWEL IQLDVPQEKN SLKDLVYQAF LRLGMEKTAR LLDALKYYGF TFSTTSGITI GIDDAVIPEE K KQYLEEAD RKLLQIEQAY EMGFLTDRER YDQILQLWTE TTEKVTQAVF KNFEENYPFN PLYVMAQSGA RGNPQQIRQL CG LRGLMQK PSGETFEVPV RSSFREGLTV LEYFISSHGA RKGGADTALR TADSGYLTRK LVDVTHEIVV READCGTTNY ISV PLFQPD EVTRSLRLRK RADIEAGLYG RVLAREVEVL GVRLEEGRYL SMDDVHLLIK AAEAGEIQEV PVRSPLTCQT RYGV CQKCY GYDLSMARPV SIGEAVGIVA AQSIGEPGTQ LTMRTFHTGG VAGAADITQG LPRVIELFEA RRPKAKAVIS EIDGV VRIE ETEEKLSVFV ESEGFSKEYK LPKEARLLVK DGDYVEAGQP LTRGAIDPHQ LLEAKGPEAV ERYLVEEIQK VYRAQG VKL HDKHIEIVVR QMMKYVEVTD PGDSRLLEGQ VLEKWDVEAL NERLIAEGKT PVAWKPLLMG VTKSALSTKS WLSAASF QN TTHVLTEAAI AGKKDELIGL KENVILGRLI PAGTGSDFVR FTQVVDQKTL KAIEEARKEA VEAKERPAAR RGVKREQP G KQADYKDDDD K

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 11.533316 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MAEPGIDKLF GMVDSKYRLT VVVAKRAQQL LRHGFKNTVL EPEERPKMQT LEGLFDDPNA VTWAMKELLT GRLVFGENLV PEDRLQKEM ERLYPVEREE

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分子 #6: DNA (41-MER)

分子名称: DNA (41-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 57.785004 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DT)(DC)(DG)(DG)(DT) ...文字列:
(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG) (DC)(DA) (DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT) (DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DG)(DA)(DT) (DG)(DG)(DT)(DG)(DA) (DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA) (DG)(DA)(DG) (DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DT)(DT) (DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DT)(DC)(DC) (DT) (DG)(DC)(DA)

+
分子 #8: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 8 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 54.576797 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT) (DC) (DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT) (DC)(DC) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC) (DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT) (DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DA) (DT)(DA)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DC) (DC)(DT)(DG)(DG)(DG) (DT)(DG)(DC)(DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA) (DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DT)(DT) (DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG) (DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC)

+
分子 #7: RNA (29-MER)

分子名称: RNA (29-MER) / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 39.054004 KDa
配列文字列:
AAUUUGCAGG ACUUCACUCC CUACUCAACU ACUAUCUACC CAUCUCUCUU CACUCCAUAC UUCACUCCUU UAAACUCAUC ACCUCACCA UCUAUCUUAC CCAUAACCAU AUCUCCACAU CCACCU

+
分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #11: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 6 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2o5i

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43245
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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