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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Curved tail segment of the DT57C bacteriophage in the full state | |||||||||||||||
![]() | Map of a curved segment of the tail | |||||||||||||||
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![]() | Tail tube / T5 / VIRUS / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å | |||||||||||||||
![]() | Ayala R / Moiseenko AV / Chen TH / Kulikov EE / Golomidova AK / Orekhov PS / Street MA / Sokolova OS / Letarov AV / Wolf M | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nearly complete structure of bacteriophage DT57C reveals architecture of head-to-tail interface and lateral tail fibers. 著者: Rafael Ayala / Andrey V Moiseenko / Ting-Hua Chen / Eugene E Kulikov / Alla K Golomidova / Philipp S Orekhov / Maya A Street / Olga S Sokolova / Andrey V Letarov / Matthias Wolf / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a ...The T5 family of viruses are tailed bacteriophages characterized by a long non-contractile tail. The bacteriophage DT57C is closely related to the paradigmal T5 phage, though it recognizes a different receptor (BtuB) and features highly divergent lateral tail fibers (LTF). Considerable portions of T5-like phages remain structurally uncharacterized. Here, we present the structure of DT57C determined by cryo-EM, and an atomic model of the virus, which was further explored using all-atom molecular dynamics simulations. The structure revealed a unique way of LTF attachment assisted by a dodecameric collar protein LtfC, and an unusual composition of the phage neck constructed of three protein rings. The tape measure protein (TMP) is organized within the tail tube in a three-stranded parallel α-helical coiled coil which makes direct contact with the genomic DNA. The presence of the C-terminal fragment of the TMP that remains within the tail tip suggests that the tail tip complex returns to its original state after DNA ejection. Our results provide a complete atomic structure of a T5-like phage, provide insights into the process of DNA ejection as well as a structural basis for the design of engineered phages and future mechanistic studies. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 200.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 63.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 195.1 MB 195.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 972.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 971.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Map of a curved segment of the tail | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_34973_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_34973_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Escherichia phage DT57C
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia phage DT57C
超分子 | 名称: Escherichia phage DT57C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2681606 / 生物種: Escherichia phage DT57C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Tail tube protein (TTP)
分子 | 名称: Tail tube protein (TTP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSLQLLRNTR IFVSTVKTGH DTTNTQEILV QDDISWGQDS NSTDITVNEA GPRPTRGSKR FNDSLNAAE WSFSTYILPY EDTTTGKQIV PDYMLWHALS SGKAIDLDGD TGAHNNATNF M VNFKDNAY HELAMLHIYI LTDNAWSYID SCQINQAEVN VDIEDIGRVT ...文字列: MSLQLLRNTR IFVSTVKTGH DTTNTQEILV QDDISWGQDS NSTDITVNEA GPRPTRGSKR FNDSLNAAE WSFSTYILPY EDTTTGKQIV PDYMLWHALS SGKAIDLDGD TGAHNNATNF M VNFKDNAY HELAMLHIYI LTDNAWSYID SCQINQAEVN VDIEDIGRVT WSGNGNQLIP LD EQPFDPD ALGIDDETYM TIQSSYIKNK LTILKIKDMD SDKEYDIPIT GGTFTINNNI TYL TPNIMS RVNIPIGSFT GAFELTGSLT AYLNDKSLGS MELYKDLVRT LKVVNRFEIA LILG GEYDD ERPAAVLVAK QAHVNIPTIE TDDVLGTSVE FKAIPTDLDT GDEGYLGFSN KYTKT TVAN LIATGDGAET PPILVESITV KSAADATSVT NSDTLQMSVE VTPPEATNTA VTWSIS SGD AATIDAESGL LTADVSKTGE VIVKAVAKDG SGVEGTKTIT VSAGE |
-分子 #2: Tape measure protein (TMP)
分子 | 名称: Tape measure protein (TMP) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP KTLYSIERAA DRAAKSLTK MQASRGMAGI TKSIDSIGAK LDDLSIAMIE VADKLEAGFD GVSRSVKVMG N DVAAATEK VQDRLYDTNR VLGGTARGFN DTAGAAGRAS RAIGNTSGSA ...文字列: MTDKLIRELL IDVKQKGATR TAKSIENVSD ALENAAAASE LTNEQLGKMP KTLYSIERAA DRAAKSLTK MQASRGMAGI TKSIDSIGAK LDDLSIAMIE VADKLEAGFD GVSRSVKVMG N DVAAATEK VQDRLYDTNR VLGGTARGFN DTAGAAGRAS RAIGNTSGSA RGATRDFAAM AK VGGGLPL LYAAIASNIF VLQSAFEQLK LGDQLNRLEE FGVIVGTQTG TPVQSLARSL QEA AGYAIS FEEAMRQASS ASAYGFDAEQ LNKFGLVARR AAAVLGVDMT DALNRVIKGV SKQE IELLD ELGVTIRLND AYADYVKQLN AANTGITYNI NSLTTFQKQQ AYANAVIAES TKRFG YLDE VLRATPWEQF AANADAALRT IQQAAAKYLG PVIDAINTVF YTSQASISAE AARAQE QTN KQIDPTNVGA VALSLSASEE GYNKALDMYK ESLDKRNKLK SEFDKRMEQA DFYTKLA IR QVGEGIPAGL ATAGASEANK KFVEETAAMG LQVARLDKEV TDSTENLNAW KSAYQAAG A AAAKANPEFQ KQINLQRDTT DPGAVYDFNS TVLKGLTEQQ KAYNQTKKTA SDLANDIQN VAQNTDTAAK TSATLADAIK NIESLSLGTG KSADEYVKNL NLGYNTLSEM KTASQALSEY VKLTGNETK NQLAVQQKIA DVYNQTKDKE KAQEAGRRLE LQQLEEQEAA LRRVLQTNQG N KAVEREIE KIQLEKIKLT NQGMEAQKKV KDYTDKILGV DREIALLNNR TMTDTQYRLA QL NLELTIE KEKYEWYTKQ ADKQKEAEQS RRAQAQIERE IWKFHQDQQA EMTSKRQEAF ENT LTSMFP LAGEMQKMEM QLDFYTQMKE LTKDNANEQM RWNAEIAKTR AQMSALTAQR NAQM QSSVG SSLGAVYTPT TGLSGEDKKF ADMGNQLASY DQAISKLSEL NSEATAVAQS MGNLA NAMI QFSQGSLDTT STIAVGMQTV ASMIQYSTSQ QVSAIDQAIA AEQKRDGKSE ASKAKL KKL EAEKLKIQQD AAKKQIIIQT AVAVMQAATA VPYPFSIPLM IAAGLAGALA LAQASSA SG MSSIGDSGAD TASYLTLGER QKNIDVSMSA NAGELSYVRG DKGIGNANSF VPRAEGGN M YPGVSYQMGE HGTEVVTPMV PMKATPNDEL KNSSNSTAGR PIILNISAMD AASFREFAS SNSGALRDAV ELALNENGAS LKTLGNS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |