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- EMDB-34935: Cryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34935
タイトルCryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast
マップデータ
試料
  • 複合体: The Rpd3L complex
    • タンパク質・ペプチド: x 10種
  • リガンド: x 3種
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / negative regulation of inositol biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / positive regulation of inositol biosynthetic process / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / conjugation with cellular fusion / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process ...: / negative regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / negative regulation of inositol biosynthetic process / positive regulation of phosphatidylserine biosynthetic process / negative regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / positive regulation of inositol biosynthetic process / regulation of invasive growth in response to glucose limitation / PI5P Regulates TP53 Acetylation / conjugation with cellular fusion / positive regulation of phosphatidylcholine biosynthetic process / Snt2C complex / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / invasive growth in response to glucose limitation / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3S complex / regulation of meiotic nuclear division / SUMOylation of transcription cofactors / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / histone deacetylase / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / Sin3-type complex / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone deacetylase complex / Ub-specific processing proteases / methylated histone binding / nuclear periphery / meiotic cell cycle / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / heterochromatin formation / histone deacetylase binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G1/S transition of mitotic cell cycle / transcription corepressor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome assembly / chromatin organization / cellular response to heat / histone binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / cell division / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulatory protein RXT2, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Transcriptional regulatory protein Rxt2 / RXT2-like, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Histone deacetylase complex subunit SAP30/SAP30-like / Histone deacetylase complex subunit SAP30, Sin3 binding domain / SAP30, C-terminal domain superfamily / Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30 / Sds3-like ...Transcriptional regulatory protein RXT2, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Transcriptional regulatory protein Rxt2 / RXT2-like, N-terminal / Histone deacetylation protein Rxt3 / Histone deacetylase complex subunit SAP30/SAP30-like / Histone deacetylase complex subunit SAP30, Sin3 binding domain / SAP30, C-terminal domain superfamily / Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30 / Sds3-like / Sds3-like / Sds3-like / Inhibitor of growth protein, N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding / ING family / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / Histone deacetylase / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulatory protein SIN3 / Transcriptional regulatory protein DEP1 / Histone deacetylase RPD3 / Transcriptional regulatory protein RXT2 / Transcriptional regulatory protein SAP30 / Transcriptional regulatory protein SDS3 / Transcriptional regulatory protein PHO23 / Transcriptional regulatory protein UME1 / Transcriptional regulatory protein RXT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Guo Z / Zhan X / Wang C
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Structure of a SIN3-HDAC complex from budding yeast.
著者: Zhouyan Guo / Chen Chu / Yichen Lu / Xiaofeng Zhang / Yihang Xiao / Mingxuan Wu / Shuaixin Gao / Catherine C L Wong / Xiechao Zhan / Chengcheng Wang /
要旨: SIN3-HDAC (histone deacetylases) complexes have important roles in facilitating local histone deacetylation to regulate chromatin accessibility and gene expression. Here, we present the cryo-EM ...SIN3-HDAC (histone deacetylases) complexes have important roles in facilitating local histone deacetylation to regulate chromatin accessibility and gene expression. Here, we present the cryo-EM structure of the budding yeast SIN3-HDAC complex Rpd3L at an average resolution of 2.6 Å. The structure reveals that two distinct arms (ARM1 and ARM2) hang on a T-shaped scaffold formed by two coiled-coil domains. In each arm, Sin3 interacts with different subunits to create a different environment for the histone deacetylase Rpd3. ARM1 is in the inhibited state with the active site of Rpd3 blocked, whereas ARM2 is in an open conformation with the active site of Rpd3 exposed to the exterior space. The observed asymmetric architecture of Rpd3L is different from those of available structures of other class I HDAC complexes. Our study reveals the organization mechanism of the SIN3-HDAC complex and provides insights into the interaction pattern by which it targets histone deacetylase to chromatin.
履歴
登録2022年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2023年5月3日-
現状2023年5月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34935.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34935.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å		1.09 Å/pix.
x 400 pix.
= 434.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.6639845 - 4.4420238
平均 (標準偏差)0.00095071626 (±0.066302985)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 434.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34935_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_34935_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The Rpd3L complex

全体名称: The Rpd3L complex
要素
  • 複合体: The Rpd3L complex
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein UME1
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SDS3
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SAP30
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein DEP1
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein PHO23
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RXT2
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein RXT3
  • リガンド: PHOSPHOTHREONINE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: POTASSIUM ION

+
超分子 #1: The Rpd3L complex

超分子名称: The Rpd3L complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Transcriptional regulatory protein UME1

分子名称: Transcriptional regulatory protein UME1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 51.075602 KDa
配列文字列: MSTLDIAEDN KIKNEEFKIW KKSIPSLYQH ISSLKPIFGS GVDESPSTLR SIVFTNDSSC NKSKGVLSVP LLYSQGSEIF EVDCIVPLG LHYKKPESIS EPLVQPDYTM ESQKVEQTVL IPKWEFKGET IAKMIYVDNS EINVKVIALS TNGSLAWFRE G VKSPVYTM ...文字列:
MSTLDIAEDN KIKNEEFKIW KKSIPSLYQH ISSLKPIFGS GVDESPSTLR SIVFTNDSSC NKSKGVLSVP LLYSQGSEIF EVDCIVPLG LHYKKPESIS EPLVQPDYTM ESQKVEQTVL IPKWEFKGET IAKMIYVDNS EINVKVIALS TNGSLAWFRE G VKSPVYTM MEPSTSLSSA SSGNQNKPCV DFAISNDSKT LTVTKEKHLD NENATIKLID NSGKIGEVLR TIPVPGIKNI QE IKFLNNQ IFATCSDDGI IRFWGNEIGK KPLWILNDSL DGKTTCFAAS PFVDTLFMTG TSGGALKVWD IRAVIALGDA DAE LNINQG HNKVNELFKV HHFYSEQVSK IEFSSISPME VVTIGGLGNV YHWNFEPVFA IYNEIHEDFQ GIISDELEAE SMAF YHTEG CRREIGENNK VNTVAYHKYI EDLVATVDSD GLLTVYKPFT GKVLDGSREV GAAKS

+
分子 #2: Transcriptional regulatory protein SDS3

分子名称: Transcriptional regulatory protein SDS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 37.765277 KDa
配列文字列: MAIQKVSNKD LSRKDKRRFN IESKVNKIYQ NFYSERDNQY KDRLTALQTD LTSLHQGDNG QYARQVRDLE EERDLELVRL RLFEEYRVS RSGIEFQEDI EKAKAEHEKL IKLCKERLYS SIEQKIKKLQ EERLLMDVAN VHSYAMNYSR PQYQKNTRSH T VSGWDSSS ...文字列:
MAIQKVSNKD LSRKDKRRFN IESKVNKIYQ NFYSERDNQY KDRLTALQTD LTSLHQGDNG QYARQVRDLE EERDLELVRL RLFEEYRVS RSGIEFQEDI EKAKAEHEKL IKLCKERLYS SIEQKIKKLQ EERLLMDVAN VHSYAMNYSR PQYQKNTRSH T VSGWDSSS NEYGRDTANE SATDTGAGND RRTLRRRNAS KDTRGNNNNQ DESDFQTGNG SGSNGHGSRQ GSQFPHFNNL TY KSGMNSD SDFLQGINEG TDLYAFLFGE KNPKDNANGN EKKKNRGAQR YSTKTAPPLQ SLKPDEVTED I(SEP)LIRELTG QPPAPFRLRS D

+
分子 #3: Histone deacetylase RPD3

分子名称: Histone deacetylase RPD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone deacetylase
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 49.361848 KDa
配列文字列: MVYEA(TPO)PFDP I(TPO)VKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQ EMCQFHT DEYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHA KKSEAS ...文字列:
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+
分子 #4: Histone deacetylase RPD3

分子名称: Histone deacetylase RPD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone deacetylase
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 48.961957 KDa
配列文字列: MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL ...文字列:
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+
分子 #5: Transcriptional regulatory protein SAP30

分子名称: Transcriptional regulatory protein SAP30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 23.144193 KDa
配列文字列: MARPVNTNAE TESRGRPTQG GGYASNNNGS CNNNNGSNNN NNNNNNNNNN SNNSNNNNGP TSSGRTNGKQ RLTAAQQQYI KNLIETHIT DNHPDLRPKS HPMDFEEYTD AFLRRYKDHF QLDVPDNLTL QGYLLGSKLG AKTYSYKRNT QGQHDKRIHK R DLANVVRR ...文字列:
MARPVNTNAE TESRGRPTQG GGYASNNNGS CNNNNGSNNN NNNNNNNNNN SNNSNNNNGP TSSGRTNGKQ RLTAAQQQYI KNLIETHIT DNHPDLRPKS HPMDFEEYTD AFLRRYKDHF QLDVPDNLTL QGYLLGSKLG AKTYSYKRNT QGQHDKRIHK R DLANVVRR HFDEH(SEP)IKET DCIPQFIYKV KNQKKKFKME FRG

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分子 #6: Transcriptional regulatory protein SIN3

分子名称: Transcriptional regulatory protein SIN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 175.047266 KDa
配列文字列: MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE ...文字列:
MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE KATQRPQDCK EVPAGVQPAD APDPSSNHAD ANDDNNNNEN SHDEDADYRP LNVKDALSYL EQVKFQFSSR PD IYNLFLD IMKDFKSQAI DTPGVIERVS TLFRGYPILI QGFNTFLPQG YRIECSSNPD DPIRVTTPMG TTTVNNNISP SGR GTTDAQ ELGSFPESDG NGVQQPSNVP MVPSSVYQSE QNQDQQQSLP LLATSSGLPS IQQPEMPAHR QIPQSQSLVP QEDA KKNVD VEFSQAISYV NKIKTRFADQ PDIYKHFLEI LQTYQREQKP INEVYAQVTH LFQNAPDLLE DFKKFLPDSS ASANQ QVQH AQQHAQQQHE AQMHAQAQAQ AQAQAQVEQQ KQQQQFLYPA SGYYGHPSNR GIPQQNLPPI GSFSPPTNGS TVHEAY QDQ QHMQPPHFMP LPSIVQHGPN MVHQGIANEN PPLSDLRTSL TEQYAPSSIQ HQQQHPQSIS PIANTQYGDI PVRPEID LD PSIVPVVPEP TEPIENNISL NEEVTFFEKA KRYIGNKHLY TEFLKILNLY SQDILDLDDL VEKVDFYLGS NKELFTWF K NFVGYQEKTK CIENIVHEKH RLDLDLCEAF GPSYKRLPKS DTFMPCSGRD DMCWEVLNDE WVGHPVWASE DSGFIAHRK NQYEETLFKI EEERHEYDFY IESNLRTIQC LETIVNKIEN MTENEKANFK LPPGLGHTSM TIYKKVIRKV YDKERGFEII DALHEHPAV TAPVVLKRLK QKDEEWRRAQ REWNKVWREL EQKVFFKSLD HLGLTFKQAD KKLLTTKQLI SEISSIKVDQ T NKKIHWLT PKPKSQLDFD FPDKNIFYDI LCLADTFITH TTAYSNPDKE RLKDLLKYFI SLFFSISFEK IEESLYSHKQ NV SESSGSD DGSSIASRKR PYQQEMSLLD ILHRSRYQKL KRSNDEDGKV PQLSEPPEEE PNTIEEEELI DEEAKNPWLT GNL VEEANS QGIIQNRSIF NLFANTNIYI FFRHWTTIYE RLLEIKQMNE RVTKEINTRS TVTFAKDLDL LSSQLSEMGL DFVG EDAYK QVLRLSRRLI NGDLEHQWFE ESLRQAYNNK AFKLYTIDKV TQSLVKHAHT LMTDAKTAEI MALFVKDRNA STTSA KDQI IYRLQVRSHM SNTENMFRIE FDKRTLHVSI QYIALDDLTL KEPKADEDKW KYYVTSYALP HPTEGIPHEK LKIPFL ERL IEFGQDIDGT EVDEEFSPEG ISVSTLKIKI QPITYQLHIE NGSYDVFTRK ATNKYPTIAN DNTQKGMVSQ KKELISK FL DCAVGLRNNL DEAQKLSMQK KWENLKDSIA KTSAGNQGIE SETEKGKITK QEQSDNLDSS TASVLPASIT TVPQDDNI E TTGNTESSDK GAKIQ

+
分子 #7: Transcriptional regulatory protein DEP1

分子名称: Transcriptional regulatory protein DEP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 47.035723 KDa
配列文字列: MSQQTPQESE QTTAKEQDLD QESVLSNIDF NTDLNHNLNL SEYCISSDAG TEKMDSDEEK SLANLPELKY APKLSSLVKQ ETLTESLKR PHEDEKEAID EAKKMKVPGE NEDESKEEEK SQELEEAIDS KEKSTDARDE QGDEGDNEEE NNEEDNENEN E HTAPPALV ...文字列:
MSQQTPQESE QTTAKEQDLD QESVLSNIDF NTDLNHNLNL SEYCISSDAG TEKMDSDEEK SLANLPELKY APKLSSLVKQ ETLTESLKR PHEDEKEAID EAKKMKVPGE NEDESKEEEK SQELEEAIDS KEKSTDARDE QGDEGDNEEE NNEEDNENEN E HTAPPALV MPSPIEMEEQ RMTALKEITD IEYKFAQLRQ KLYDNQLVRL QTELQMCLEG SHPELQVYYS KIAAIRDYKL HR AYQRQKY ELSCINTETI ATRTFIHQDF HKKVTDLRAR LLNRTTQTWY DINKERRDMD IVIPDVNYHV PIKLDNKTLS CIT GYASAA QLCYPGEPVA EDLACESIEY RYRANPVDKL EVIVDRMRLN NEISDLEGLR KYFHSFPGAP ELNPLRDSEI NDDF HQWAQ

+
分子 #8: Transcriptional regulatory protein PHO23

分子名称: Transcriptional regulatory protein PHO23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 37.08143 KDa
配列文字列: MSSPANLFPG LNDITDVLEE FPLATSRYLT LLHEIDAKCV HSMPNLNERI DKFLKKDFNK DHQTQVRLLN NINKIYEELM PSLEEKMHV SSIMLDNLDR LTSRLELAYE VAIKNTEIPR GLRLGVDNHP AMHLHHELME KIESKSNSKS SQALKSESRR E AMAANRRQ ...文字列:
MSSPANLFPG LNDITDVLEE FPLATSRYLT LLHEIDAKCV HSMPNLNERI DKFLKKDFNK DHQTQVRLLN NINKIYEELM PSLEEKMHV SSIMLDNLDR LTSRLELAYE VAIKNTEIPR GLRLGVDNHP AMHLHHELME KIESKSNSKS SQALKSESRR E AMAANRRQ GEHYSASTHQ QDDSKNDANY GGSRHESQDH TGNNTNSRKR ANAANTNNAD PETKKRKRRV ATTAVSPSTI ST ATAVNNG RIGTSTASRG VSSVGNSNNS RISRPKTNDY GEPLYCYCNQ VAYGEMVGCD GADCELEWFH LPCIGLETLP KGK WYCDDC KKKL

+
分子 #9: Transcriptional regulatory protein RXT2

分子名称: Transcriptional regulatory protein RXT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 48.844043 KDa
配列文字列: MTIRSSMKNN AELESKSVLA NESNIISTFT RRIIKEKSGN YQVLKRSLDG KLIYPEATGI SSNRGNKLLQ RSEVVTRRDL NNSKPMIEQ TVFYNGSEHR LLQTNIVTDS RRKRIKFTPD INVEPVLVGD ENDIDGSEKE DENITDEYYG EEDDDDLSKL V NVKEIL(TPO) ...文字列:
MTIRSSMKNN AELESKSVLA NESNIISTFT RRIIKEKSGN YQVLKRSLDG KLIYPEATGI SSNRGNKLLQ RSEVVTRRDL NNSKPMIEQ TVFYNGSEHR LLQTNIVTDS RRKRIKFTPD INVEPVLVGD ENDIDGSEKE DENITDEYYG EEDDDDLSKL V NVKEIL(TPO)P IL(SEP)LGDIINH KTISRTFSSP ILKNLALQII LMIEKEQMSV VRYSQFLEVF LGDHPEPIYE SNLN LPSYN HNLTLPEDRG ASDEDDINNK NNINEVNSNS LSTEAGHINN GMEEFGEEDP FFALPRLEQS NALLSLLPSS SGSAS ISTL TAAEQQQLNE EIESARQLSQ IALQRNKEFI RNLQKIRKSV IKANRIRGRI LNWSREYLGI SDDDITIPVA LRVVKR GLI SATTNKTTNF EEEIENTMED GVVDDNEPDE EANRA

+
分子 #10: Transcriptional regulatory protein RXT3

分子名称: Transcriptional regulatory protein RXT3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 33.851535 KDa
配列文字列: MSVSEQDPNR AYRETQSQIY KLQETLLNSA RTKNKQEEGQ ESNTHSFPEQ YMHYQNGRNS AYDLPNVSSQ SVLAFTEKHY PNKLKNLGT LYYNRFKEGS FDEDSTSYSD RHSFPYNLYD NTLPPPFLPA IGIQNINNIA TLKITYEDIQ ASFNNIESPR K RNNEIWGC ...文字列:
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+
分子 #11: PHOSPHOTHREONINE

分子名称: PHOSPHOTHREONINE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: TPO
分子量理論値: 199.099 Da
Chemical component information

ChemComp-TPO:
PHOSPHOTHREONINE / ホスホトレオニン

+
分子 #12: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #13: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 665105
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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