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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34897 | |||||||||
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タイトル | head module state 1 of Tetrahymena IFT-A | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | intraflagellar transport complex / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 intraciliary transport particle A / intraciliary retrograde transport / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / non-motile cilium / axoneme / cilium assembly / ciliary basal body / cilium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Ma Y / Wu J / Lei M | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural insight into the intraflagellar transport complex IFT-A and its assembly in the anterograde IFT train. 著者: Yuanyuan Ma / Jun He / Shaobai Li / Deqiang Yao / Chenhui Huang / Jian Wu / Ming Lei / 要旨: Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and ...Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and signaling. IFT-A plays crucial roles in the ciliary import of membrane proteins and the retrograde cargo trafficking. However, the molecular architecture of IFT-A and the assembly mechanism of the IFT-A into the IFT trains in vivo remains elusive. Here, we report the cryo-electron microscopic structures of the IFT-A complex from protozoa Tetrahymena thermophila. We find that IFT-A complexes present two distinct, elongated and folded states. Remarkably, comparison with the in situ cryo-electron tomography structure of the anterograde IFT train unveils a series of adjustments of the flexible arms in apo IFT-A when incorporated into the anterograde train. Our results provide an atomic-resolution model for the IFT-A complex and valuable insights into the assembly mechanism of anterograde IFT trains. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34897.map.gz | 196.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34897-v30.xml emd-34897.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34897.png | 42.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34897.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_34897_half_map_1.map.gz emd_34897_half_map_2.map.gz | 171.3 MB 171.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34897 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34897 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34897_validation.pdf.gz | 919.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34897_full_validation.pdf.gz | 919 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34897_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34897_validation.cif.gz | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34897 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34897 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34897.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34897_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34897_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : IFT-A_head-1
全体 | 名称: IFT-A_head-1 |
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要素 |
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-超分子 #1: IFT-A_head-1
超分子 | 名称: IFT-A_head-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
-分子 #1: Intraflagellar transport protein 122 homolog
分子 | 名称: Intraflagellar transport protein 122 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 143.939422 KDa |
配列 | 文字列: MKCSELWTEI IPKNDPNSNI TNQVWSCSFN NDGSILLACV GDAILVYDSF TGNLVNKAIR GGQKEQINCI KFSKDGKRFA TASNDKTVW VWSFDVNKNP KLAPEVKYSH TDKVLCLAFN PLTHQIFSGG AQDYALWTPD QQSIEKSKFK DKIITCAWSW D GLYLGFGT ...文字列: MKCSELWTEI IPKNDPNSNI TNQVWSCSFN NDGSILLACV GDAILVYDSF TGNLVNKAIR GGQKEQINCI KFSKDGKRFA TASNDKTVW VWSFDVNKNP KLAPEVKYSH TDKVLCLAFN PLTHQIFSGG AQDYALWTPD QQSIEKSKFK DKIITCAWSW D GLYLGFGT MGGIIGIRNR ALEQLAEIQR SFPIWCMDWT PITPDYQNSV LVVGVWEQSI AHYNIQGQQL GSDKKLTYDP ID INFSTQG EFLLVSGTNN KCTLYTREGG FLIDVATKND WVWNNKLKPV IKEAGSVAVQ DQLHVALTTN DGEISMFKIQ QLT VHALEG DKYAYRDNLT DIVVQSMSSN QRIRLKCKEL VKNISIYKDK LAAHLTERIL IYGTSSEDSQ MKYKLHKRIV KKVE AHILE IVSNHLIACV KNKVQLYQLS GDLEKEWVFD SRVNCIKIIG GMPNKEGAYV GLKNGQIFKI FVDNSFPIPI LNHNI SIKN IDASQKRKRL AVVDKNSNLT VYDLSNKEQV FQEMNIVSCA FNNNFDDLLA FSSTDTTFIR CSNHPPLSQK ISGQVV GFK ANKLFVLNDN VMSTIDVSMT QTMIKYLERK EFQSAYEISL LGVTDQDFLY LGNEALIATQ FAIARKCYTR IKKLDFI YL LEKAEKDFKK NTFVEGFYQG EIYALQTKFY EAENALTKSN LASQAKEMWI ILKEFDKAMR ITDTGASPIN RGQNKEIN S DASRKDLLIQ RAEWEVKQGN WKKGGELYIQ AEVYKKAIEV YVTNNFSEGI VEVCRNADAE TQRKEIEQCA AYFKKAKLH QYTKEAYLKL QDNKALLQLN IDLEKWDEAM TLAKAHPEFM EIVKLPYANW LAKQDRYEES LKAYRKIGKH DMATKMLYNL SQNAVFEKR FSDAALFTWM IATEHLGLIR NMKAPTPEDI ENLMKFYQYR DDAEIYFAYS KVQSFVDEPF LPLSGHAYML N IFNAARFA INKLGNRQLY GVQHSYLYYS LGKVSKQLEG YKTARICYEK LASYKIPTEW SEEIELSTLL IRSKPYSDQE SL LPICNRC YNQNPALTEG NRCSSCMHQF QNCFISFENL PLVEFKLDPK ITHKRFIELI NSDKSKTQPN KKKKKANDGW QES HQGDQQ VLTFNNSPQK GGNDNESSPF LDKLNEVFEI QQTTQEYIPV TLDENIVSSL SIDEVYWVDY TKYCYTAEIK YYKS MLTDI PLKNCQECGT FYILDEYEFE ISKTQKCPFC RSVDERAGPQ KDVFDF UniProtKB: Intraflagellar transporter |
-分子 #2: Intraflagellar transporter
分子 | 名称: Intraflagellar transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 161.644859 KDa |
配列 | 文字列: MSLFSELPLD AGTDEQITQI AVSNVSINPS LAIITPHKIL LFNECGEKHD YELSRNIRCT YVQWHPSQPI IALGWETGAI TLWSEETKV AKEEPNGHKS EICLIQFNPS GSRMVSADID GNVTVWRGIN IVSQYKKEQS ITHAIFCELN IDSKLKSGNL F FFGGKSGV ...文字列: MSLFSELPLD AGTDEQITQI AVSNVSINPS LAIITPHKIL LFNECGEKHD YELSRNIRCT YVQWHPSQPI IALGWETGAI TLWSEETKV AKEEPNGHKS EICLIQFNPS GSRMVSADID GNVTVWRGIN IVSQYKKEQS ITHAIFCELN IDSKLKSGNL F FFGGKSGV VCLADDANHC SDVCKVGGSI KSLLFYEKEN SVIIITSTLL LVMFKISTSV KTGPSKRVKL SISGDPQKLQ SI WIGSCLL ATCSHENMLR MWHLDQDDNY VLTLHQLAQQ TQTQQGAATV IQSTNTNDQI TSIQYEKRGK VLVAGTREGR IIF WKNLSI GSESPLDVDE WKMLPYVSVR QGVNSIAVGQ NNGLIAVQYG NQISLVQETV INGKMTDQVR LLQSSANTIK IYIN NDISN QVLHFQSKGN IKGLDCNDQF MLLWTSKTIE IHEIIINPKE SQTKLVASIQ EKCLRSVIHK ENIILVNDME LNVLN FKGI QKQNLKFSES EGKILNVNVL NNHLIMWTSN NYIRLFDISR REVKQIGVTR RFENSQGQLG QIRYCAVNSD GSKIVI TAD QRGKSGPQAD NKFYIYDVQT DNFLLYEMPA KCIPLQPYCD RKDRKFFGIS CIINKNIQQE KNADENNDEN EDNKSDK SR NEDDDEKDKS NLEFYTFFVT SENGIRKQDQ YQLESSIEAV FAIDIPKLYF IKRNKKTNSS GQNYKIVEKY LNDFVGLE K IDNQIKEAIM NFSFYLTMDN LDEAYKSVKQ IQNPSIWEKM ASMCVKTKRI DVAEICLGNM RFARGSKAIR EQKKEPELD AQLAMVAIQL NMKDEAVKLY EQSKRYDLYN KMLQAEGNWE KAIQISENHD RINLKNTYYR TAQMYEVSNN YEQAILYYEK SGTHVKEVP RMLLEAGQTE QLERYIIDKN EKPLFKWWAQ YLESNYRIEL AVKFYRQSED YDQMVRLFLT KNDVQTASSI C SETNNSAA CYILAKYLEM NGQIPEAIQY YWKSQHYTQA VRLAREKGMD NEVMSISLQG PNQVKLQSAA YFEEKGFKQK AV ELYKKGG NLIKAYNLAQ EEKLYDEAKQ IARQIEQEED QRNKKRDPND LAGIIDDFIE KGQPERAVPL MIKAKQFERA IET CIRFNI PITQDLVDKI IPTEPAKNAA EENKRKELMK LIADTSIKQG DYRLSSKLYT KLGNQVEAMK CLINLGAIDE VVNY ATMAR MPQLYILAGN FLQTTDWHKN PQLMKHIITF YNKAKAYDNL AGFFDACSSV EIDEYRDYEK AAAALNEALK HAKKS TSES RDFRIEQLET KLNLVQKFVQ ARALFSSDPQ QMKQICEDLL AQPGIDQSVR SGDIYAQIIE YYYQVKNFSQ AFDYIK KMQ QKRIILAPYL DQEMLQQILE SQGVSLNSKN KNNDDEFIEE DVPE UniProtKB: Intraflagellar transporter |
-分子 #3: WD40 repeat protein
分子 | 名称: WD40 repeat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 158.411969 KDa |
配列 | 文字列: MASSKKVFEF KDDLNGSGKV LFSWSQDCSY IAVCGQSKVV YVLDKRGRKL KETVLKSKNK VIGLEWDKDQ EFLAILQENS TCFLLWNVF QNSFEQQDLE EKSKGSFIKW SKTHPVLVIG TEKGILYFYN KKTQKKIPTM GKHSKKITTG DWNDEGLLIT G SEEKVLTV ...文字列: MASSKKVFEF KDDLNGSGKV LFSWSQDCSY IAVCGQSKVV YVLDKRGRKL KETVLKSKNK VIGLEWDKDQ EFLAILQENS TCFLLWNVF QNSFEQQDLE EKSKGSFIKW SKTHPVLVIG TEKGILYFYN KKTQKKIPTM GKHSKKITTG DWNDEGLLIT G SEEKVLTV SSHNSDSKGE SITVQHEPSN LQWARQKTDD RDSSQRTITA ILSNKSILMY DLNTKKQPLE LVYEPKYGKI VD YQLFGDG YIVTGFTEGY VAHVSSHLYE LRDEIQSKRI FQSSLDALCT NDIIYKLAVA GENQIHIYNL GTWEEVKSQR IEL PKAAGN VTKMQWANNG QLLVVATANG HLYGYLTSIP FLTSTYGSIV SVLSSFTEVS IVDTSRINQI QNVSSINLET EPGF LSLGL YHLAAGINNN VWYYLWLDQK RNGIIKGGEM IQKRDYLGSV KDIRLNEFWA AVLTDGKCIL HTIQPNNNVK DQKFP QIET DKAISGIGLT NDFLIMLDSS GKIRYYHLED QQFVVEYKPA DCQLVKIYPN FSGTRVVCFD NKGSAYLFEP AQEQFY PLE HFPQRAEKVL WDQKDPNLFA VLQNDTLITF IINKNNINGT LIQPVKELLA IEDIKNPGPP VQTILDRGVK PLTLSNG LL KCFTPSGSIN GQNLTSHSYL GSYKGRDDTD QGHYRFFLQN LQLHKYNNCL IAAQFLHNAV LYKELGRKAL EFVDLDVA L KSYQLAGSLS MVMTIQSFQH INEKNIIYGN IAMILGQYDL AQELFLKSSQ PILALEMRSD IQDYLTALNL AKSIAPQEE PFICRRLAFQ IENQGNNQEA RKLYERAVLN KDDRPSDRSK IDNHNQLCFA GISRTSIKLG DIQRGVTIAK ELIDNNIVIE IAVVCENMK QYLEAAELYQ KSGMLEKAAS LYIESKDFKK AAPLISMIKS PNLLKQYAKA KESEGAYNEA EQTYEQAESW E DVVRLNLD KLDNLRKAIA VLRTKCDTST VCLMVANVCE KQGNYGELVE FLLKAGKKEE AFQKAQQYNV MDAYSDNMKD FT LEERLRI AQYYENQGIW VKAAKHFEQA KNPTKSLKLY LKAGDQYIDD MIDLVCRNKQ QESLQQTLLD YLLEGEKPKD PIY LLKLYD KLGNIQSLVK IAITIASDEH DQGNYKIAHE RLFETYQKVK EHNVAIPFDL EQKLMIIHSY ILARKYLAYK EEDK EIELA AWLLNRVCKN ISQFPTHAVN ILTSAVIAAM KSKNRPLAYK WSVELVRPEY RSHINEKYKT RIENIARKPL KEEPV ENKT ECPFCKEYVG EFQLVCESCQ NVIPFCIASG THVIADQLCF CPSCRFPANI NYFIKYAESE EGRCPMCSVQ INLNEV KVE NPEQAASILK QLRATRQSSE QKKK UniProtKB: WD40 repeat protein |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 386801 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |