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タイトルStructural insight into the intraflagellar transport complex IFT-A and its assembly in the anterograde IFT train.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1506, Year 2023
掲載日2023年3月17日
著者Yuanyuan Ma / Jun He / Shaobai Li / Deqiang Yao / Chenhui Huang / Jian Wu / Ming Lei /
PubMed 要旨Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and ...Intraflagellar transport (IFT) trains, the polymers composed of two multi-subunit complexes, IFT-A and IFT-B, carry out bidirectional intracellular transport in cilia, vital for cilia biogenesis and signaling. IFT-A plays crucial roles in the ciliary import of membrane proteins and the retrograde cargo trafficking. However, the molecular architecture of IFT-A and the assembly mechanism of the IFT-A into the IFT trains in vivo remains elusive. Here, we report the cryo-electron microscopic structures of the IFT-A complex from protozoa Tetrahymena thermophila. We find that IFT-A complexes present two distinct, elongated and folded states. Remarkably, comparison with the in situ cryo-electron tomography structure of the anterograde IFT train unveils a series of adjustments of the flexible arms in apo IFT-A when incorporated into the anterograde train. Our results provide an atomic-resolution model for the IFT-A complex and valuable insights into the assembly mechanism of anterograde IFT trains.
リンクNat Commun / PubMed:36932088 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 8.8 Å
構造データ

EMDB-34893: elongated state of Tetrahymena IFT-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.5 Å

EMDB-34894: folded state of Tetrahymena IFT-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.8 Å

34895

8hmc

EMDB-34895, PDB-8hmc:
base module state 1 of Tetrahymena IFT-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

34896

8hmd

EMDB-34896, PDB-8hmd:
base module state 2 of Tetrahymena IFT-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

34897

8hme

EMDB-34897, PDB-8hme:
head module state 1 of Tetrahymena IFT-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

34898

8hmf

EMDB-34898, PDB-8hmf:
head module state 2 of Tetrahymena IFT-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-34899: head module state 3 of Tetrahymena IFT-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • tetrahymena thermophila (真核生物)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / intraflagellar transport complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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