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万見
- EMDB-34853: ion channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34853
タイトルion channel
マップデータcomposite map
試料
  • 複合体: ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily T member 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
キーワードion channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular sodium-activated potassium channel activity / outward rectifier potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium-activated potassium channel BK, alpha subunit / : / Calcium-activated BK potassium channel alpha subunit / Calcium-activated potassium channel slowpoke-like RCK domain / RCK N-terminal domain profile. / Potassium channel domain / Ion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel subfamily T member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Jiang DH / Zhang JT
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271272 中国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Structural basis of human Slo2.2 channel gating and modulation.
著者: Jiangtao Zhang / Shiqi Liu / Junping Fan / Rui Yan / Bo Huang / Feng Zhou / Tian Yuan / Jianke Gong / Zhuo Huang / Daohua Jiang /
要旨: The sodium-activated Slo2.2 channel is abundantly expressed in the brain, playing a critical role in regulating neuronal excitability. The Na-binding site and the underlying mechanisms of Na- ...The sodium-activated Slo2.2 channel is abundantly expressed in the brain, playing a critical role in regulating neuronal excitability. The Na-binding site and the underlying mechanisms of Na-dependent activation remain unclear. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of human Slo2.2 in closed, open, and inhibitor-bound form at resolutions of 2.6-3.2 Å, revealing gating mechanisms of Slo2.2 regulation by cations and a potent inhibitor. The cytoplasmic gating ring domain of the closed Slo2.2 harbors multiple K and Zn sites, which stabilize the channel in the closed conformation. The open Slo2.2 structure reveals at least two Na-sensitive sites where Na binding induces expansion and rotation of the gating ring that opens the inner gate. Furthermore, a potent inhibitor wedges into a pocket formed by pore helix and S6 helix and blocks the pore. Together, our results provide a comprehensive structural framework for the investigation of Slo2.2 channel gating, Na sensation, and inhibition.
履歴
登録2022年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34853.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34853.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈composite map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.641
最小 - 最大-0.39998397 - 5.730438
平均 (標準偏差)0.044026326 (±0.15625991)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: gating ring map

ファイルemd_34853_additional_1.map
注釈gating ring map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: TMD half map A

ファイルemd_34853_additional_2.map
注釈TMD half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: TMD half map B

ファイルemd_34853_additional_3.map
注釈TMD half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: TMD map

ファイルemd_34853_additional_4.map
注釈TMD map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: gating ring half map A

ファイルemd_34853_half_map_1.map
注釈gating ring half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: gating ring half map B

ファイルemd_34853_half_map_2.map
注釈gating ring half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ion channel

全体名称: ion channel
要素
  • 複合体: ion channel
    • タンパク質・ペプチド: Potassium channel subfamily T member 1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: ion channel

超分子名称: ion channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Potassium channel subfamily T member 1

分子名称: Potassium channel subfamily T member 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 139.865234 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPLPDGARTP GGVCREARGG GYTNRTFEFD DGQCAPRRPC AGDGALLDTA GFKMSDLDSE VLPLPPRYRF RDLLLGDPSF QNDDRVQVE FYVNENTFKE RLKLFFIKNQ RSSLRIRLFN FSLKLLTCLL YIVRVLLDDP ALGIGCWGCP KQNYSFNDSS S EINWAPIL ...文字列:
MPLPDGARTP GGVCREARGG GYTNRTFEFD DGQCAPRRPC AGDGALLDTA GFKMSDLDSE VLPLPPRYRF RDLLLGDPSF QNDDRVQVE FYVNENTFKE RLKLFFIKNQ RSSLRIRLFN FSLKLLTCLL YIVRVLLDDP ALGIGCWGCP KQNYSFNDSS S EINWAPIL WVERKMTLWA IQVIVAIISF LETMLLIYLS YKGNIWEQIF RVSFVLEMIN TLPFIITIFW PPLRNLFIPV FL NCWLAKH ALENMINDFH RAILRTQSAM FNQVLILFCT LLCLVFTGTC GIQHLERAGE NLSLLTSFYF CIVTFSTVGY GDV TPKIWP SQLLVVIMIC VALVVLPLQF EELVYLWMER QKSGGNYSRH RAQTEKHVVL CVSSLKIDLL MDFLNEFYAH PRLQ DYYVV ILCPTEMDVQ VRRVLQIPLW SQRVIYLQGS ALKDQDLMRA KMDNGEACFI LSSRNEVDRT AADHQTILRA WAVKD FAPN CPLYVQILKP ENKFHVKFAD HVVCEEECKY AMLALNCICP ATSTLITLLV HTSRGQEGQE SPEQWQRMYG RCSGNE VYH IRMGDSKFFR EYEGKSFTYA AFHAHKKYGV CLIGLKREDN KSILLNPGPR HILAASDTCF YINITKEENS AFIFKQE EK RKKRAFSGQG LHEGPARLPV HSIIASMGTV AMDLQGTEHR PTQSGGGGGG SKLALPTENG SGSRRPSIAP VLELADSS A LLPCDLLSDQ SEDEVTPSDD EGLSVVEYVK GYPPNSPYIG SSPTLCHLLP VKAPFCCLRL DKGCKHNSYE DAKAYGFKN KLIIVSAETA GNGLYNFIVP LRAYYRSRKE LNPIVLLLDN KPDHHFLEAI CCFPMVYYME GSVDNLDSLL QCGIIYADNL VVVDKESTM SAEEDYMADA KTIVNVQTMF RLFPSLSITT ELTHPSNMRF MQFRAKDSYS LALSKLEKRE RENGSNLAFM F RLPFAAGR VFSISMLDTL LYQSFVKDYM ITITRLLLGL DTTPGSGYLC AMKITEGDLW IRTYGRLFQK LCSSSAEIPI GI YRTESHV FSTSEPHDLR AQSQISVNVE DCEDTREVKG PWGSRAGTGG SSQGRHTGGG DPAEHPLLRR KSLQWARRLS RKA PKQAGR AAAAEWISQQ RLSLYRRSER QELSELVKNR MKHLGLPTTG YDEMNDHQNT LSYVLINPPP DTRLEPSDIV YLIR SDPLA HVASSSQSRK SSCSHKLSSC NPETRDETQL

UniProtKB: Potassium channel subfamily T member 1

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分子 #2: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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分子 #4: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 18 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47885
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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