+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34839 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of carotenoid-depleted RC-LH complex from Roseiflexus castenholzii at 10,000 lux | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | RC-LH core complex / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Roseiflexus castenholzii DSM 13941 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu X / Xin J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Carotenoid assembly regulates quinone diffusion and the reaction center-light harvesting complex architecture. 著者: Jiyu Xin / Yang Shi / Xin Zhang / Xinyi Yuan / Yueyong Xin / Huimin He / Jiejie Shen / Robert E Blankenship / Xiaoling Xu / 要旨: Carotenoid (Car) pigments perform central roles in photosynthesis-related light harvesting (LH), photoprotection, and assembly of functional pigment-protein complexes. However, the relationships ...Carotenoid (Car) pigments perform central roles in photosynthesis-related light harvesting (LH), photoprotection, and assembly of functional pigment-protein complexes. However, the relationships between Car depletion in the LH, assembly of the prokaryotic reaction center (RC)-LH complex, and quinone exchange are not fully understood. Here, we analyzed native RC-LH (nRC-LH) and Car-depleted RC-LH (dRC-LH) complexes in , a chlorosome-less filamentous anoxygenic phototroph that forms the deepest branch of photosynthetic bacteria. Newly identified exterior Cars functioned with the bacteriochlorophyll B800 to block the proposed quinone channel between LHαβ subunits in the nRC-LH, forming a sealed LH ring that was disrupted by transmembrane helices from cytochrome and subunit X to allow quinone shuttling. dRC-LH lacked subunit X, leading to an exposed LH ring with a larger opening, which together accelerated the quinone exchange rate. We also assigned amino acid sequences of subunit X and two hypothetical proteins Y and Z that functioned in forming the quinone channel and stabilizing the RC-LH interactions. This study reveals the structural basis by which Cars assembly regulates the architecture and quinone exchange of bacterial RC-LH complexes. These findings mark an important step forward in understanding the evolution and diversity of prokaryotic photosynthetic apparatus. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34839.map.gz | 65.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-34839-v30.xml emd-34839.xml | 27 KB 27 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34839.png | 175.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34839.cif.gz | 7 KB | ||
その他 | emd_34839_half_map_1.map.gz emd_34839_half_map_2.map.gz | 54.7 MB 54.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34839 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34839 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34839.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.893 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34839_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34839_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : THE CAROTENOID-DEPLETED RC-LH COMPLEX
+超分子 #1: THE CAROTENOID-DEPLETED RC-LH COMPLEX
+分子 #1: Beta subunit of light-harvesting 1
+分子 #2: Alpha subunit of light-harvesting 1
+分子 #3: Reaction center protein L chain
+分子 #4: Reaction center protein M chain
+分子 #5: SUBUNIT Y
+分子 #6: MULTIHEME_CYTC DOMAIN-CONTAINING PROTEIN
+分子 #7: SUBUNIT Z
+分子 #8: BACTERIOCHLOROPHYLL A
+分子 #9: beta,psi-caroten-4-one
+分子 #10: BACTERIOPHEOPHYTIN A
+分子 #11: 2-methyl-3-[(2E,6E,10E,14E,18E,22E,26E,30E,34E,38E)-3,7,11,15,19,...
+分子 #12: FE (III) ION
+分子 #13: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
+分子 #14: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #0 - 平均電子線量: 49.65 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #1 - 平均電子線量: 49.65 e/Å2 / #2 - Image recording ID: 3 #2 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #2 - 平均電子線量: 49.65 e/Å2 / #3 - Image recording ID: 4 #3 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #3 - 平均電子線量: 49.65 e/Å2 / #4 - Image recording ID: 5 #4 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #4 - 平均電子線量: 49.65 e/Å2 / #5 - Image recording ID: 6 #5 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) #5 - 平均電子線量: 49.65 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析 #1
+画像解析 #2
-画像解析 #3
Image processing ID | 3 |
---|---|
Image recording ID | 3 |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84352 |
-画像解析 #4
Image processing ID | 4 |
---|---|
Image recording ID | 4 |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84352 |
-画像解析 #5
Image processing ID | 5 |
---|---|
Image recording ID | 5 |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84352 |
-画像解析 #6
Image processing ID | 6 |
---|---|
Image recording ID | 6 |
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 84352 |