EMDB-34778: FoF1-ATPase from Bacillus PS3,post-hyd,state1,lowATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-34778

タイトル

FoF1-ATPase from Bacillus PS3,post-hyd,state1,lowATP

マップデータ

試料

複合体: FoF1 from Bacillus PS3

キーワード

ATP synthase F1 ATPase FoF1 / MOTOR PROTEIN

生物種

Bacillus sp. PS3 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Nakano A / Kishikawa J / Mitsuoka K / Yokoyama K

資金援助

日本, 4件

Organization	Grant number	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20H03231	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20K06514	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP17am0101001	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	20J00162	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Single-particle cryo-EM reveals the chemical-mechanical cycle of fof1 driven by ATP hydrolysis.
著者: Nakano A / Yokoyama K / Kishikawa J / Nakanishi A / Mitsuoka K

履歴

登録	2022年11月16日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年7月26日	-
マップ公開	2023年7月26日	-
更新	2023年7月26日	-
現状	2023年7月26日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_34778.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_34778.map.gz	140.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-34778-v30.xml emd-34778.xml	16.1 KB 16.1 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_34778_fsc.xml	12.8 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_34778.png	99.5 KB
マスクデータ	emd_34778_msk_1.map	178 MB		マスクマップ
その他	emd_34778_additional_1.map.gz emd_34778_half_map_1.map.gz emd_34778_half_map_2.map.gz	166.5 MB 140.7 MB 140.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34778	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_34778_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_34778_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	emd_34778_validation.xml.gz	19.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_34778_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34778 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34778	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	34759C 34761C 34762C 34763C 34764C 34765C 34766C 34767C 34768C 34770C 34771C 34772C 34773C 34774C 34775C 34776C 34777C 34779C 34780C 34781C 34782C 34783C 34784C 34785C 34786C 34787C 34788C 34789C 34790C 35373C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_34778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.88 Å/pix. x 360 pix. = 316.8 Å	0.88 Å/pix. x 360 pix. = 316.8 Å	0.88 Å/pix. x 360 pix. = 316.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.88 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.00572
最小 - 最大	-0.009672513 - 0.03403835
平均 (標準偏差)	0.00009450522 (±0.0013393961)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_34778_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_34778_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_34778_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_34778_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : FoF1 from Bacillus PS3

全体	名称: FoF1 from Bacillus PS3
要素	複合体: FoF1 from Bacillus PS3

-
超分子 #1: FoF1 from Bacillus PS3

超分子	名称: FoF1 from Bacillus PS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)	生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア)
分子量	理論値: 530 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	10 mg/mL
緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7653 / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.3 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ	ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 2654860
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 42326
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 6n2y
精密化	空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
追加マップ: #1

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : FoF1 from Bacillus PS3

-
超分子 #1: FoF1 from Bacillus PS3

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

-
原子モデル構築 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-マスク #1

-追加マップ: #1

-ハーフマップ: #1

-ハーフマップ: #2

-試料の構成要素

-全体 : FoF1 from Bacillus PS3

-超分子 #1: FoF1 from Bacillus PS3

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

+画像解析

-原子モデル構築 1

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
追加マップ: #1

-
ハーフマップ: #1

-
ハーフマップ: #2

-
試料の構成要素

-
全体 : FoF1 from Bacillus PS3

-
超分子 #1: FoF1 from Bacillus PS3

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

+
画像解析

-
原子モデル構築 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)