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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | F1 domain of FoF1-ATPase from Bacillus PS3,step waiting,highATP | |||||||||||||||
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![]() | ATP synthase F1 ATPase FoF1 / MOTOR PROTEIN / TRANSLOCASE-MOTOR PROTEIN complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
![]() | Nakano A / Kishikawa J / Mitsuoka K / Yokoyama K | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rotation mechanism of ATP synthases driven by ATP hydrolysis 著者: Nakano A / Yokoyama K / Kishikawa J / Nakanishi A / Mitsuoka K | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 141 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 97.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 178 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 164.4 MB 141.4 MB 141.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hh6MC ![]() 8hh1C ![]() 8hh2C ![]() 8hh3C ![]() 8hh4C ![]() 8hh5C ![]() 8hh7C ![]() 8hh8C ![]() 8hh9C ![]() 8hhaC ![]() 8hhbC ![]() 8hhcC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_34753_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34753_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34753_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : FoF1 from Bacillus PS3
全体 | 名称: FoF1 from Bacillus PS3 |
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要素 |
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-超分子 #1: FoF1 from Bacillus PS3
超分子 | 名称: FoF1 from Bacillus PS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 530 KDa |
-分子 #1: ATP synthase subunit alpha
分子 | 名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 54.717398 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SIRAEEISAL IKQQIENYES QIQVSDVGTV IQVGDGIARA HGLDNVMSGE LVEFANGVMG MALNLEENNV GIVILGPYTG IKEGDEVRR TGRIMEVPVG EALIGRVVNP LGQPVDGLGP VETTETRPIE SPAPGVMDRR SVHEPLQTGI KAIDALVPIG R GQRELIIG ...文字列: SIRAEEISAL IKQQIENYES QIQVSDVGTV IQVGDGIARA HGLDNVMSGE LVEFANGVMG MALNLEENNV GIVILGPYTG IKEGDEVRR TGRIMEVPVG EALIGRVVNP LGQPVDGLGP VETTETRPIE SPAPGVMDRR SVHEPLQTGI KAIDALVPIG R GQRELIIG DRQTGKTSVA IDTIINQKDQ NMISIYVAIG QKESTVRTVV ETLRKHGALD YTIVVTASAS QPAPLLFLAP YA GVAMGEY FMYKGKHVLV VYDDLSKQAA AYRELSLLLR RPPGREAYPG DIFYLHSRLL ERAAKLSDAK GGGSLTALPF VET QAGDIS AYIPTNVISI TDGQIFLQSD LFFSGVRPAI NAGLSVSRVG GAAQIKAMKK VAGTLRLDLA AYRELEAFAQ FGSD LDKAT QAKLARGART VEVLKQDLHQ PIPVEKQVLI IYALTRGFLD DIPVEDVRRF EKEFYLFLDQ NGQHLLEHIR TTKDL PNED DLNKAIEAFK KTFVVSQ UniProtKB: ATP synthase subunit alpha |
-分子 #2: ATP synthase subunit beta
分子 | 名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 53.424625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HMTRGRVIQV MGPVVDVKFE NGHLPAIYNA LKIQHKARNE NEVDIDLTLE VALHLGDDTV RTIAMASTDG LIRGMEVID TGAPISVPVG EVTLGRVFNV LGEPIDLEGD IPADARRDPI HRPAPKFEEL ATEVEILETG IKVVDLLAPY I KGGKIGLF ...文字列: MHHHHHHHHH HMTRGRVIQV MGPVVDVKFE NGHLPAIYNA LKIQHKARNE NEVDIDLTLE VALHLGDDTV RTIAMASTDG LIRGMEVID TGAPISVPVG EVTLGRVFNV LGEPIDLEGD IPADARRDPI HRPAPKFEEL ATEVEILETG IKVVDLLAPY I KGGKIGLF GGAGVGKTVL IQELIHNIAQ EHGGISVFAG VGERTREGND LYHEMKDSGV ISKTAMVFGQ MNEPPGARMR VA LTGLTMA EYFRDEQGQD VLLFIDNIFR FTQAGSEVSA LLGRMPSAVG YQPTLATEMG QLQERITSTA KGSITSIQAI YVP ADDYTD PAPATTFSHL DATTNLERKL AEMGIYPAVD PLASTSRALA PEIVGEEHYQ VARKVQQTLQ RYKELQDIIA ILGM DELSD EDKLVVHRAR RIQFFLSQNF HVAEQFTGQP GSYVPVKETV RGFKEILEGK YDHLPEDAFR LVGRIEEVVE KAKAM GVEV UniProtKB: ATP synthase subunit beta |
-分子 #3: ATP synthase gamma chain
分子 | 名称: ATP synthase gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 31.728328 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: ASLRDIKTRI NATKKTSQIT KAMEMVSTSK LNRAEQNAKS FVPYMEKIQE VVANVALGAG GASHPMLVSR PVKKTGYLVI TSDRGLAGA YNSNVLRLVY QTIQKRHASP DEYAIIVIGR VGLSFFRKRN MPVILDITRL PDQPSFADIK EIARKTVGLF A DGTFDELY ...文字列: ASLRDIKTRI NATKKTSQIT KAMEMVSTSK LNRAEQNAKS FVPYMEKIQE VVANVALGAG GASHPMLVSR PVKKTGYLVI TSDRGLAGA YNSNVLRLVY QTIQKRHASP DEYAIIVIGR VGLSFFRKRN MPVILDITRL PDQPSFADIK EIARKTVGLF A DGTFDELY MYYNHYVSAI QQEVTERKLL PLTDLAENKQ RTVYEFEPSQ EEILDVLLPQ YAESLIYGAL LDAKASEHAA RM TAMKNAT DNANELIRTL TLSYNRARQA AITQEITEIV AGANALQ UniProtKB: ATP synthase gamma chain |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ATP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #7: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PO4: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5922 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.03843 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |