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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3472 | |||||||||
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タイトル | The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=11, twist=6 | |||||||||
![]() | The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=11, twist=6 | |||||||||
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![]() | retrovirus / HIV-1 / capsid / lattice curvature / Viral protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding via host ESCRT complex / viral process / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / host cell nucleus / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å | |||||||||
![]() | Mattei S / Glass B | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structure and flexibility of conical HIV-1 capsids determined within intact virions. 著者: Simone Mattei / Bärbel Glass / Wim J H Hagen / Hans-Georg Kräusslich / John A G Briggs / ![]() 要旨: HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA ...HIV-1 contains a cone-shaped capsid encasing the viral genome. This capsid is thought to follow fullerene geometry-a curved hexameric lattice of the capsid protein, CA, closed by incorporating 12 CA pentamers. Current models for core structure are based on crystallography of hexameric and cross-linked pentameric CA, electron microscopy of tubular CA arrays, and simulations. Here, we report subnanometer-resolution cryo-electron tomography structures of hexameric and pentameric CA within intact HIV-1 particles. Whereas the hexamer structure is compatible with crystallography studies, the pentamer forms using different interfaces. Determining multiple structures revealed how CA flexes to form the variably curved core shell. We show that HIV-1 CA assembles both aberrant and perfect fullerene cones, supporting models in which conical cores assemble de novo after maturation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 258.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5md4MC ![]() 3464C ![]() 3465C ![]() 3466C ![]() 3467C ![]() 3468C ![]() 3469C ![]() 3470C ![]() 3471C ![]() 3473C ![]() 3474C ![]() 3475C ![]() 3477C ![]() 3478C ![]() 3479C ![]() 3480C ![]() 3481C ![]() 3482C ![]() 3483C ![]() 3484C ![]() 3485C ![]() 5mcxC ![]() 5mcyC ![]() 5mczC ![]() 5md0C ![]() 5md1C ![]() 5md2C ![]() 5md3C ![]() 5md5C ![]() 5md6C ![]() 5md7C ![]() 5md8C ![]() 5md9C ![]() 5mdaC ![]() 5mdbC ![]() 5mdcC ![]() 5mddC ![]() 5mdeC ![]() 5mdfC ![]() 5mdgC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | The structure of the mature HIV-1 CA hexameric lattice with curvature parameters: tilt=11, twist=6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Human immunodeficiency virus 1
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Human immunodeficiency virus 1
超分子 | 名称: Human immunodeficiency virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: HIV-1 particles were produced by infection of MT-4 cells with HIV-1 strain NL43 by coculture. NCBI-ID: 11676 / 生物種: Human immunodeficiency virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Capsid protein p24
分子 | 名称: Capsid protein p24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: NL43 |
分子量 | 理論値: 8.370568 KDa |
配列 | 文字列: TSILDIRQGP KEPFRDYVDR FYKTLRAEQA SQEVKNWMTE TLLVQNANPD CKTILKALGP GATLEEMMTA CQGV UniProtKB: Gag protein |
-分子 #2: Capsid protein p24
分子 | 名称: Capsid protein p24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: NL43 |
分子量 | 理論値: 16.301689 KDa |
配列 | 文字列: PIVQNLQGQM VHQAISPRTL NAWVKVVEEK AFSPEVIPMF SALSEGATPQ DLNTMLNTVG GHQAAMQMLK ETINEEAAEW DRLHPVHAG PIAPGQMREP RGSDIAGTTS TLQEQIGWMT HNPPIPVGEI YKRWIILGLN KIVRMYSP UniProtKB: Gag protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 / 構成要素 - 名称: PBS |
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グリッド | モデル: C-flat / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II 詳細: 10nm colloidal gold was added to the sample prior to plunge freezing. |
詳細 | Viral particles were purified from cell culture supernatant by iodixanol gradient centrifugation. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
詳細 | Nanoprobe |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 2.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Frames were aligned using MotionCorr. Tilts in a tilt series were exposure filtered for cumulative electron dose. Tomograms were reconstructed using IMOD. |
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最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM Toolbox) 詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has ...詳細: The final reconstruction is obtained by averaging, without further alignment, subtomograms that were selected based on the local curvature of the hexameric lattice. This reconstruction has hexamer-hexamer curvature parameters: tilt=11, twist=6. 使用したサブトモグラム数: 15789 |
抽出 | トモグラム数: 103 / 使用した粒子像数: 652618 / 参照モデル: reference free 詳細: Subtomograms were extracted along the manually rendered core surface of each viral particle. |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM Toolbox) / 詳細: Cross-correlation based template matching. |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | ![]() PDB-5md4: |