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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34717 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast Erf2/Erf4 complex | |||||||||
マップデータ | the yeast refined map | |||||||||
試料 |
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キーワード | palmitoyltransferase / Saccaromyces cerevisiae / palmitoylation (パルミトイル化反応) / RAS2 / TRANSFERASE (転移酵素) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endoplasmic reticulum palmitoyltransferase complex / protein S-acyltransferase / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / cortical endoplasmic reticulum / palmitoyltransferase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / protein targeting to membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane ...endoplasmic reticulum palmitoyltransferase complex / protein S-acyltransferase / protein palmitoylation / protein-cysteine S-palmitoyltransferase activity / cortical endoplasmic reticulum / palmitoyltransferase activity / perinuclear endoplasmic reticulum / protein targeting to membrane / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 小胞体 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu J / Hu Q / Zhang Y / Yang A / Liu S | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Regulation of RAS palmitoyltransferases by accessory proteins and palmitoylation. 著者: Anlan Yang / Shengjie Liu / Yuqi Zhang / Jia Chen / Yujing Fan / Fengxiang Wang / Yilong Zou / Shan Feng / Jianping Wu / Qi Hu / 要旨: Palmitoylation of cysteine residues at the C-terminal hypervariable regions in human HRAS and NRAS, which is necessary for RAS signaling, is catalyzed by the acyltransferase DHHC9 in complex with its ...Palmitoylation of cysteine residues at the C-terminal hypervariable regions in human HRAS and NRAS, which is necessary for RAS signaling, is catalyzed by the acyltransferase DHHC9 in complex with its accessory protein GCP16. The molecular basis for the acyltransferase activity and the regulation of DHHC9 by GCP16 is not clear. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the human DHHC9-GCP16 complex and its yeast counterpart-the Erf2-Erf4 complex, demonstrating that GCP16 and Erf4 are not directly involved in the catalytic process but stabilize the architecture of DHHC9 and Erf2, respectively. We found that a phospholipid binding to an arginine-rich region of DHHC9 and palmitoylation on three residues (C24, C25 and C288) were essential for the catalytic activity of the DHHC9-GCP16 complex. Moreover, we showed that GCP16 also formed complexes with DHHC14 and DHHC18 to catalyze RAS palmitoylation. These findings provide insights into the regulatory mechanism of RAS palmitoyltransferases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34717.map.gz | 25.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34717-v30.xml emd-34717.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34717.png | 21.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34717.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_34717_half_map_1.map.gz emd_34717_half_map_2.map.gz | 25.1 MB 25.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34717 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34717 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hfcMC 8hf3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34717.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | the yeast refined map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_34717_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_34717_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Erf2/Erf4 complex
全体 | 名称: Erf2/Erf4 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Erf2/Erf4 complex
超分子 | 名称: Erf2/Erf4 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Palmitoyltransferase ERF2
分子 | 名称: Palmitoyltransferase ERF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein S-acyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 43.811672 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHHH HHHHGSDEVD AHMALVSRRS TRSESTSITK EEHTGEGSLT KLFFRWLVTL EGDQDINDGK GYISLPNVSN YIFFLGGRF RTVKGAKPLW LGVLLAIVCP MVLFSIFEAH KLWHTQNGYK VLVIFFYYFW VITLASFIRT ATSDPGVLPR N IHLSQLRN ...文字列: MGHHHHHHHH HHHHGSDEVD AHMALVSRRS TRSESTSITK EEHTGEGSLT KLFFRWLVTL EGDQDINDGK GYISLPNVSN YIFFLGGRF RTVKGAKPLW LGVLLAIVCP MVLFSIFEAH KLWHTQNGYK VLVIFFYYFW VITLASFIRT ATSDPGVLPR N IHLSQLRN NYQIPQEYYN LITLPTHSSI SKDITIKYCP SCRIWRPPRS SHCSTCNVCV MVHDHHCIWV NNCIGKRNYR FF LIFLLGA ILSSVILLTN CAIHIARESG GPRDCPVAIL LLCYAGLTLW YPAILFTYHI FMAGNQQTTR EFLKGIGSKK NPV FHRVVK EENIYNKGSF LKNMGHLMLE PRGPSFVSAR KPHEAGDWRF MDLSPAHSFE KIQKI UniProtKB: Palmitoyltransferase ERF2 |
-分子 #2: Ras modification protein ERF4
分子 | 名称: Ras modification protein ERF4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 29.652705 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDEVDAHMCD SHQKEEDNAN TSERALFFNY HEFSYSFYED LGSEDAKPTE HDEDHKLCIT HFPNVYAAR GSAEFQVTRV VRVPRRFDES RSSLETPQFS TQLPGSEPAA IVGDDGTSFV RCGRYDIGDH VFGCSSVSPL S EYLSAAEL ...文字列: MDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDEVDAHMCD SHQKEEDNAN TSERALFFNY HEFSYSFYED LGSEDAKPTE HDEDHKLCIT HFPNVYAAR GSAEFQVTRV VRVPRRFDES RSSLETPQFS TQLPGSEPAA IVGDDGTSFV RCGRYDIGDH VFGCSSVSPL S EYLSAAEL AEVVHRVNGF LLREEGEVFG WRNLSGLLLD MLTGGLWSWV LGPLLSRPVF QESLALEQYV AQLNSPGGLL HE RGVRLVL PRRSGCLSLD FVVPRPK UniProtKB: Ras modification protein ERF4 |
-分子 #3: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 191610 |