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- EMDB-34664: Cryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis cytochrome bc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34664
タイトルCryo-EM structure of the Mycobacterium tuberculosis cytochrome bcc:aa3 supercomplex and a novel inhibitor targeting subunit cytochrome cI
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome bcc:aa3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 4種
キーワードCytochrome bcc:aa3 oxidase / Mycobacterium tuberculosis / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / aerobic respiration / respiratory electron transport chain ...aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : ...Protein of unknown function DUF5130 / Domain of unknown function (DUF5130) / Cytochrome bc1 complex, cytochrome c subunit / Cytochrome c oxidase subunit IV, actinobacteria / QcrA subunit, N-terminal / Cytochrome c oxidase subunit IV / QcrA subunit N-terminal region / Cytochrome b(N-terminal)/b6/petB / Cytochrome c oxidase, subunit I bacterial type / : / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Cytochrome c / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / DUF5130 domain-containing protein / Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / Probable cytochrome c oxidase subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Mathiyazakan V / Gruber G
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore)NRF-CRP18-2017-01 シンガポール
引用ジャーナル: Antimicrob Agents Chemother / 年: 2023
タイトル: Cryo-Electron Microscopy Structure of the s Cytochrome : Supercomplex and a Novel Inhibitor Targeting Subunit Cytochrome I.
著者: Vikneswaran Mathiyazakan / Chui-Fann Wong / Amaravadhi Harikishore / Kevin Pethe / Gerhard Grüber /
要旨: The mycobacterial cytochrome complex deserves the name "supercomplex" since it combines three cytochrome oxidases-cytochrome , cytochrome , and cytochrome -into one supramolecular machine and ...The mycobacterial cytochrome complex deserves the name "supercomplex" since it combines three cytochrome oxidases-cytochrome , cytochrome , and cytochrome -into one supramolecular machine and performs electron transfer for the reduction of oxygen to water and proton transport to generate the proton motive force for ATP synthesis. Thus, the complex represents a valid drug target for Mycobacterium tuberculosis infections. The production and purification of an entire M. tuberculosis cytochrome are fundamental for biochemical and structural characterization of this supercomplex, paving the way for new inhibitor targets and molecules. Here, we produced and purified the entire and active M. tuberculosis cyt- oxidase, as demonstrated by the different heme spectra and an oxygen consumption assay. The resolved M. tuberculosis cyt- cryo-electron microscopy structure reveals a dimer with its functional domains involved in electron, proton, oxygen transfer, and oxygen reduction. The structure shows the two cytochrome III head domains of the dimer, the counterpart of the soluble mitochondrial cytochrome , in a so-called "closed state," in which electrons are translocated from the to the domain. The structural and mechanistic insights provided the basis for a virtual screening campaign that identified a potent M. tuberculosis cyt- inhibitor, cyt1. cyt1 targets the mycobacterium-specific α3-helix of cytochrome I and interferes with oxygen consumption by interrupting electron translocation via the III head. The successful identification of a new cyt- inhibitor demonstrates the potential of a structure-mechanism-based approach for novel compound development.
履歴
登録2022年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月3日-
マップ公開2023年5月3日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34664.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34664.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å		1.06 Å/pix.
x 500 pix.
= 530. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.6385015 - 1.9265063
平均 (標準偏差)0.0024210492 (±0.034254897)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 530.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome bcc:aa3 supercomplex

全体名称: Cytochrome bcc:aa3 supercomplex
要素
  • 複合体: Cytochrome bcc:aa3 supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaC
    • タンパク質・ペプチド: Probable cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Probable cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide 4
    • タンパク質・ペプチド: CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaJ
    • タンパク質・ペプチド: DUF5130 domain-containing protein
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: HEME-A

+
超分子 #1: Cytochrome bcc:aa3 supercomplex

超分子名称: Cytochrome bcc:aa3 supercomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)

+
分子 #1: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 46.976465 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列: MSRADDDAVG VPPTCGGRSD EEERRIVPGP NPQDGAKDGA KATAVPREPD EAALAAMSNQ ELLALGGKLD GVRIAYKEPR WPVEGTKAE KRAERSVAVW LLLGGVFGLA LLLIFLFWPW EFKAADGESD FIYSLTTPLY GLTFGLSILS IAIGAVLYQK R FIPEEISI ...文字列:
MSRADDDAVG VPPTCGGRSD EEERRIVPGP NPQDGAKDGA KATAVPREPD EAALAAMSNQ ELLALGGKLD GVRIAYKEPR WPVEGTKAE KRAERSVAVW LLLGGVFGLA LLLIFLFWPW EFKAADGESD FIYSLTTPLY GLTFGLSILS IAIGAVLYQK R FIPEEISI QERHDGASRE IDRKTVVANL TDAFEGSTIR RRKLIGLSFG VGMGAFGLGT LVAFAGGLIK NPWKPVVPTA EG KKAVLWT SGWTPRYQGE TIYLARATGT EDGPPFIKMR PEDMDAGGME TVFPWRESDG DGTTVESHHK LQEIAMGIRN PVM LIRIKP SDLGRVVKRK GQESFNFGEF FAFTKVCSHL GCPSSLYEQQ SYRILCPCHQ SQFDALHFAK PIFGPAARAL AQLP ITIDT DGYLVANGDF VEPVGPAFWE RTTT

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex Rieske iron-sulfur subunit

+
分子 #2: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 63.925984 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列: MSPKLSPPNI GEVLARQAED IDTRYHPSAA LRRQLNKVFP THWSFLLGEI ALYSFVVLLI TGVYLTLFFD PSMVDVTYNG VYQPLRGVE MSRAYQSALD ISFEVRGGLF VRQIHHWAAL MFAAAIMVHL ARIFFTGAFR RPRETNWVIG SLLLILAMFE G YFGYSLPD ...文字列:
MSPKLSPPNI GEVLARQAED IDTRYHPSAA LRRQLNKVFP THWSFLLGEI ALYSFVVLLI TGVYLTLFFD PSMVDVTYNG VYQPLRGVE MSRAYQSALD ISFEVRGGLF VRQIHHWAAL MFAAAIMVHL ARIFFTGAFR RPRETNWVIG SLLLILAMFE G YFGYSLPD DLLSGLGLRA ALSSITLGMP VIGTWLHWAL FGGDFPGTIL IPRLYALHIL LLPGIILALI GLHLALVWFQ KH TQFPGPG RTEHNVVGVR VMPVFAFKSG AFFAAIVGVL GLMGGLLQIN PIWNLGPYKP SQVSAGSQPD FYMMWTEGLA RIW PPWEFY FWHHTIPAPV WVAVIMGLVF VLLPAYPFLE KRFTGDYAHH NLLQRPRDVP VRTAIGAMAI AFYMVLTLAA MNDI IALKF HISLNATTWI GRIGMVILPP FVYFITYRWC IGLQRSDRSV LEHGVETGII KRLPHGAYIE LHQPLGPVDE HGHPI PLQY QGAPLPKRMN KLGSAGSPGS GSFLFADSAA EDAALREAGH AAEQRALAAL REHQDSIMGS PDGEHGGGGE NLYFQD YKD DDDKHHHHHH

UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome b subunit

+
分子 #3: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

分子名称: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 29.170404 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列: MTKLGFTRSG GSKSGRTRRR LRRRLSGGVL LLIALTIAGG LAAVLTPTPQ VAVADESSSA LLRTGKQLFD TSCVSCHGAN LQGVPDHGP SLIGVGEAAV YFQVSTGRMP AMRGEAQAPR KDPIFDEAQI DAIGAYVQAN GGGPTVVRNP DGSIATQSLR G NDLGRGGD ...文字列:
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UniProtKB: Cytochrome bc1 complex cytochrome c subunit

+
分子 #4: CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaC

分子名称: CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 40.535582 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列: MTPRGPGRLQ RLSQCRPQRG SGGPARGLRQ LALAAMLGAL AVTVSGCSWS EALGIGWPEG ITPEAHLNRE LWIGAVIASL AVGVIVWGL IFWSAVFHRK KNTDTELPRQ FGYNMPLELV LTVIPFLIIS VLFYFTVVVQ EKMLQIAKDP EVVIDITSFQ W NWKFGYQR ...文字列:
MTPRGPGRLQ RLSQCRPQRG SGGPARGLRQ LALAAMLGAL AVTVSGCSWS EALGIGWPEG ITPEAHLNRE LWIGAVIASL AVGVIVWGL IFWSAVFHRK KNTDTELPRQ FGYNMPLELV LTVIPFLIIS VLFYFTVVVQ EKMLQIAKDP EVVIDITSFQ W NWKFGYQR VNFKDGTLTY DGADPERKRA MVSKPEGKDK YGEELVGPVR GLNTEDRTYL NFDKVETLGT STEIPVLVLP SG KRIEFQM ASADVIHAFW VPEFLFKRDV MPNPVANNSV NVFQIEEIIK TGAFVGHCAE MCGTYHSMMN FEVRVVTPND FKA YLQQRI DGKTNAEALR AINQPPLAVT THPFDTRRGE LAPQPVG

+
分子 #5: Probable cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Probable cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 63.722289 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列: MTAEAPPLGE LEAIRPYPAR TGPKGSLVYK LITTTDHKMI GIMYCVACIS FFFIGGLLAL LMRTELAAPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTI MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNAFSFWLF VFGATIGAAG FITPGGAADF GWTAYTPLTD A IHSPGAGG ...文字列:
MTAEAPPLGE LEAIRPYPAR TGPKGSLVYK LITTTDHKMI GIMYCVACIS FFFIGGLLAL LMRTELAAPG LQFLSNEQFN QLFTMHGTI MLLFYATPIV FGFANLVLPL QIGAPDVAFP RLNAFSFWLF VFGATIGAAG FITPGGAADF GWTAYTPLTD A IHSPGAGG DLWIMGLIVA GLGTILGAVN MITTVVCMRA PGMTMFRMPI FTWNIMVTSI LILIAFPLLT AALFGLAADR HL GAHIYDA ANGGVLLWQH LFWFFGHPEV YIIALPFFGI VSEIFPVFSR KPIFGYTTLV YATLSIAALS VAVWAHHMFA TGA VLLPFF SFMTYLIAVP TGIKFFNWIG TMWKGQLTFE TPMLFSVGFM VTFLLGGLTG VLLASPPLDF HVTDSYFVVA HFHY VLFGT IVFATFAGIY FWFPKMTGRL LDERLGKLHF WLTFIGFHTT FLVQHWLGDE GMPRRYADYL PTDGFQGLNV VSTIG AFIL GASMFPFVWN VFKSWRYGEV VTVDDPWGYG NSLEWATSCP PPRHNFTELP RIRSERPAFE LHYPHMVERL RAEAHV GRH HDEPAMVTSS

UniProtKB: Probable cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #6: Probable cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Probable cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 22.435021 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列: MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAFYFSA RAQAGGNWPP PPTELNLYQA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDIFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQAY EYRNLMSHGT SIPSSAYGSV FYLATGFHGL HVTGGLIAFI F LLVRTGMS ...文字列:
MTSAVGTSGT AITSRVHSLN RPNMVSVGTI VWLSSELMFF AGLFAFYFSA RAQAGGNWPP PPTELNLYQA VPVTLVLIAS SFTCQMGVF AAERGDIFGL RRWYVITFLM GLFFVLGQAY EYRNLMSHGT SIPSSAYGSV FYLATGFHGL HVTGGLIAFI F LLVRTGMS KFTPAQATAS IVVSYYWHFV DIVWIALFTV IYFIR

UniProtKB: Probable cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #7: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 14.874137 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列:
MHIEARLFEF VAAFFVVTAV LYGVLTSMFA TGGVEWAGTT ALALTGGMAL IVATFFRFVA RRLDSRPEDY EGAEISDGAG ELGFFSPHS WWPIMVALSG SVAAVGIALW LPWLIAAGVA FILASAAGLV FEYYVGPEKH

UniProtKB: Cytochrome c oxidase polypeptide 4

+
分子 #8: CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaJ

分子名称: CYTOCHROME AA3 SUBUNIT CtaJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 8.408646 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列:
MSAMEIHLFF VGIPLLLVVV LSVLIWSRKG PHPATYKLSE PWTHPPILWA ATDVVGSAHG GHGHDASEFT VGGGASGTW

+
分子 #9: DUF5130 domain-containing protein

分子名称: DUF5130 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
分子量理論値: 15.982042 KDa
組換発現生物種: Mycobacterium tuberculosis variant bovis BCG (結核菌)
配列文字列:
MARGDVATIE HAELPPGWVL TTSGRISGVT EPGELSVHYP FPIADLVALD DALTYSSRAC QVRFAIYLGD LGRDTAARAR EILGKVPTP DNAVLLAVSP NQCAIEVVYG SQVRGRGAES AAPLGVAAAS SAFEQGELVD GLISAIRVLS AGIAPG

UniProtKB: DUF5130 domain-containing protein

+
分子 #10: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #11: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #12: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #13: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 使用した粒子像数: 100
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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