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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34659 | |||||||||||||||
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タイトル | CryoEM Structure of Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Urease / UreA / UreB / UreC / UreF / UreD / Klebsiella pneumoniae / HYDROLASE | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nim YS / Fong IYH / Deme J / Tsang KL / Caesar J / Johnson S / Wong KB / Lea SM | |||||||||||||||
資金援助 | 香港, 米国, 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Delivering a toxic metal to the active site of urease. 著者: Yap Shing Nim / Ivan Yu Hang Fong / Justin Deme / Ka Lung Tsang / Joseph Caesar / Steven Johnson / Longson Tsz Hin Pang / Nicholas Man Hon Yuen / Tin Long Chris Ng / Tung Choi / Yakie Yat Hei ...著者: Yap Shing Nim / Ivan Yu Hang Fong / Justin Deme / Ka Lung Tsang / Joseph Caesar / Steven Johnson / Longson Tsz Hin Pang / Nicholas Man Hon Yuen / Tin Long Chris Ng / Tung Choi / Yakie Yat Hei Wong / Susan M Lea / Kam-Bo Wong / 要旨: Urease is a nickel (Ni) enzyme that is essential for the colonization of in the human stomach. To solve the problem of delivering the toxic Ni ion to the active site without diffusing into the ...Urease is a nickel (Ni) enzyme that is essential for the colonization of in the human stomach. To solve the problem of delivering the toxic Ni ion to the active site without diffusing into the cytoplasm, cells have evolved metal carrier proteins, or metallochaperones, to deliver the toxic ions to specific protein complexes. Ni delivery requires urease to form an activation complex with the urease accessory proteins UreFD and UreG. Here, we determined the cryo-electron microscopy structures of UreFD/urease and UreD/urease complexes at 2.3- and 2.7-angstrom resolutions, respectively. Combining structural, mutagenesis, and biochemical studies, we show that the formation of the activation complex opens a 100-angstrom-long tunnel, where the Ni ion is delivered through UreFD to the active site of urease. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34659.map.gz | 80.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34659-v30.xml emd-34659.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34659_fsc.xml | 10.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34659.png | 176.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34659.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_34659_half_map_1.map.gz emd_34659_half_map_2.map.gz | 81 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34659 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34659 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.822 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34659_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34659_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex
全体 | 名称: Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex
超分子 | 名称: Klebsiella pneumoniae UreD/urease complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 360 KDa |
-分子 #1: Urease subunit gamma
分子 | 名称: Urease subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 11.100928 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MELTPREKDK LLLFTAALVA ERRLARGLKL NYPESVALIS AFIMEGARDG KSVASLMEEG RHVLTREQVM EGVPEMIPDI QVEATFPDG SKLVTVHNPI I UniProtKB: Urease subunit gamma |
-分子 #2: Urease subunit beta
分子 | 名称: Urease subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 11.712239 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIPGEYHVKP GQIALNTGRA TCRVVVENHG DRPIQVGSHY HFAEVNPALK FDRQQAAGYR LNIPAGTAVR FEPGQKREVE LVAFAGHRA VFGFRGEVMG PLEVNDE UniProtKB: Urease subunit beta |
-分子 #3: Urease subunit alpha
分子 | 名称: Urease subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: urease |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 60.352328 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSNISRQAYA DMFGPTVGDK VRLADTELWI EVEDDLTTYG EEVKFGGGKV IRDGMGQGQM LAADCVDLVL TNALIVDHWG IVKADIGVK DGRIFAIGKA GNPDIQPNVT IPIGAATEVI AAEGKIVTAG GIDTHIHWIC PQQAEEALVS GVTTMVGGGT G PAAGTHAT ...文字列: MSNISRQAYA DMFGPTVGDK VRLADTELWI EVEDDLTTYG EEVKFGGGKV IRDGMGQGQM LAADCVDLVL TNALIVDHWG IVKADIGVK DGRIFAIGKA GNPDIQPNVT IPIGAATEVI AAEGKIVTAG GIDTHIHWIC PQQAEEALVS GVTTMVGGGT G PAAGTHAT TCTPGPWYIS RMLQAADSLP VNIGLLGKGN VSQPDALREQ VAAGVIGLKI HEDWGATPAA IDCALTVADE MD VQVALHS DTLNESGFVE DTLAAIGGRT IHTFHTEGAG GGHAPDIITA CAHPNILPSS TNPTLPYTLN TIDEHLDMLM VCH HLDPDI AEDVAFAESR IRRETIAAED VLHDLGAFSL TSSDSQAMGR VGEVILRTWQ VAHRMKVQRG ALAEETGDND NFRV KRYIA KYTINPALTH GIAHEVGSIE VGKLADLVVW SPAFFGVKPA TVIKGGMIAI APMGDINASI PTPQPVHYRP MFGAL GSAR HHCRLTFLSQ AAAANGVAER LNLRSAIAVV KGCRTVQKAD MVHNSLQPNI TVDAQTYEVR VDGELITSEP ADVLPM AQR YFLF UniProtKB: Urease subunit alpha |
-分子 #4: Urease accessory protein UreD
分子 | 名称: Urease accessory protein UreD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) |
分子量 | 理論値: 31.275982 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MWSHPQFEKH GTVLPPLKKG WQATLDLRFH QAGGKTVLAS AQHVGPLTVQ RPFYPEEETC HLYLLHPPGG IVGGDELTIS AQLAPGCHT LITMPGASKF YRSSGAQALV RQQLTLAPQA TLEWLPQDAI FFPGANARLF TTFHLCASSR LLAWDLLCLG R PVIGETFS ...文字列: MWSHPQFEKH GTVLPPLKKG WQATLDLRFH QAGGKTVLAS AQHVGPLTVQ RPFYPEEETC HLYLLHPPGG IVGGDELTIS AQLAPGCHT LITMPGASKF YRSSGAQALV RQQLTLAPQA TLEWLPQDAI FFPGANARLF TTFHLCASSR LLAWDLLCLG R PVIGETFS HGTLSNRLEV WVDDEPLLVE RLQLQEGELS SVAERPWVGT LLCYPATDAL LDGVRDALAP LGLYAGASLT DR LLTVRFL SDDNLICQRV MRDVWQFLRP HLTGKSPVLP RIWLT UniProtKB: UNIPROTKB: A0A5D6SRX8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |