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- EMDB-34641: Structure of Crm1-RanGTP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34641
タイトルStructure of Crm1-RanGTP complex
マップデータCrm1-RanGTP complex half A map
試料
  • 複合体: Crm1-RanGTP complex
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear export factor
キーワードNuclear export factor / NUCLEAR PROTEIN
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.61 Å
データ登録者Li ZQ / Chen SJ / Sui SF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Nuclear export of pre-60S particles through the nuclear pore complex.
著者: Zongqiang Li / Shuaijiabin Chen / Liang Zhao / Guoqiang Huang / Huiqin Xu / Xiaoyun Yang / Peiyi Wang / Ning Gao / Sen-Fang Sui /
要旨: The nuclear pore complex (NPC) is the bidirectional gate that mediates the exchange of macromolecules or their assemblies between nucleus and cytoplasm. The assembly intermediates of the ribosomal ...The nuclear pore complex (NPC) is the bidirectional gate that mediates the exchange of macromolecules or their assemblies between nucleus and cytoplasm. The assembly intermediates of the ribosomal subunits, pre-60S and pre-40S particles, are among the largest cargoes of the NPC and the export of these gigantic ribonucleoproteins requires numerous export factors. Here we report the cryo-electron microscopy structure of native pre-60S particles trapped in the channel of yeast NPCs. In addition to known assembly factors, multiple factors with export functions are also included in the structure. These factors in general bind to either the flexible regions or subunit interface of the pre-60S particle, and virtually form many anchor sites for NPC binding. Through interactions with phenylalanine-glycine (FG) repeats from various nucleoporins of NPC, these factors collectively facilitate the passage of the pre-60S particle through the central FG repeat network of the NPC. Moreover, in silico analysis of the axial and radial distribution of pre-60S particles within the NPC shows that a single NPC can take up to four pre-60S particles simultaneously, and pre-60S particles are enriched in the inner ring regions close to the wall of the NPC with the solvent-exposed surface facing the centre of the nuclear pore. Our data suggest a translocation model for the export of pre-60S particles through the NPC.
履歴
登録2022年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年6月28日-
現状2023年6月28日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34641.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Crm1-RanGTP complex half A map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.668 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.5
最小 - 最大-0.8762228 - 2.2869954
平均 (標準偏差)0.014123883 (±0.07200416)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 213.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Crm1-RanGTP complex

ファイルemd_34641_half_map_1.map
注釈Crm1-RanGTP complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Crm1-RanGTP complex half B map

ファイルemd_34641_half_map_2.map
注釈Crm1-RanGTP complex half B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Crm1-RanGTP complex

全体名称: Crm1-RanGTP complex
要素
  • 複合体: Crm1-RanGTP complex
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear export factor

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超分子 #1: Crm1-RanGTP complex

超分子名称: Crm1-RanGTP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

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分子 #1: Nuclear export factor

分子名称: Nuclear export factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Author stated this map is a local refinement map from the peripheric region of the larger pre-60S particle (EMD-34725) with a high resolution. It is likely that the unmasked-calculated curve ...詳細: Author stated this map is a local refinement map from the peripheric region of the larger pre-60S particle (EMD-34725) with a high resolution. It is likely that the unmasked-calculated curve has a higher resolution due to the influence of pre-60S particle.
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MEGILDFSND LDIALLDQVV STFYQGSGVQ QKQAQEILTK FQDNPDAWQK ADQILQFSTN PQSKFIALS ILDKLITRKW KLLPNDHRIG IRNFVVGMII SMCQDDEVFK TQKNLINKSD L TLVQILKQ EWPQNWPEFI PELIGSSSSS VNVCENNMIV LKLLSEEVFD ...文字列:
MEGILDFSND LDIALLDQVV STFYQGSGVQ QKQAQEILTK FQDNPDAWQK ADQILQFSTN PQSKFIALS ILDKLITRKW KLLPNDHRIG IRNFVVGMII SMCQDDEVFK TQKNLINKSD L TLVQILKQ EWPQNWPEFI PELIGSSSSS VNVCENNMIV LKLLSEEVFD FSAEQMTQAK AL HLKNSMS KEFEQIFKLC FQVLEQGSSS SLIVATLESL LRYLHWIPYR YIYETNILEL LST KFMTSP DTRAITLKCL TEVSNLKIPQ DNDLIKRQTV LFFQNTLQQI ATSVMPVTAD LKAT YANAN GNDQSFLQDL AMFLTTYLAR NRALLESDES LRELLLNAHQ YLIQLSKIEE RELFK TTLD YWHNLVADLF YEVQRLPATE MSPLIQLSVG SQAISTGSGA LNPEYMKRFP LKKHIY EEI CSQLRLVIIE NMVRPEEVLV VENDEGEIVR EFVKESDTIQ LYKSEREVLV YLTHLNV ID TEEIMISKLA RQIDGSEWSW HNINTLSWAI GSISGTMSED TEKRFVVTVI KDLLDLTV K KRGKDNKAVV ASDIMYVVGQ YPRFLKAHWN FLRTVILKLF EFMHETHEGV QDMACDTFI KIVQKCKYHF VIQQPRESEP FIQTIIRDIQ KTTADLQPQQ VHTFYKACGI IISEERSVAE RNRLLSDLM QLPNMAWDTI VEQSTANPTL LLDSETVKII ANIIKTNVAV CTSMGADFYP Q LGHIYYNM LQLYRAVSSM ISAQVAAEGL IATKTPKVRG LRTIKKEILK LVETYISKAR NL DDVVKVL VEPLLNAVLE DYMNNVPDAR DAEVLNCMTT VVEKVGHMIP QGVILILQSV FEC TLDMIN KDFTEYPEHR VEFYKLLKVI NEKSFAAFLE LPPAAFKLFV DAICWAFKHN NRDV EVNGL QIALDLVKNI ERMGNVPFAN EFHKNYFFIF VSETFFVLTD SDHKSGFSKQ ALLLM KLIS LVYDNKISVP LYQEAEVPQG TSNQVYLSQY LANMLSNAFP HLTSEQIASF LSALTK QYK DLVVFKGTLR DFLVQIKEVG GDPTDYLFAE DKENALMEQN RLEREKAAKI GGLLKPS EL DD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0220

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 86343
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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