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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34557 | |||||||||
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タイトル | Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein | |||||||||
マップデータ | Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein | |||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / SARS-CoV-1 / antibody / Homo sapiens / RBD / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhu JY / Zhou BN | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2023 タイトル: Dissecting the intricacies of human antibody responses to SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 infection. 著者: Ruoke Wang / Yang Han / Rui Zhang / Jiayi Zhu / Xuanyu Nan / Yaping Liu / Ziqing Yang / Bini Zhou / Jinfang Yu / Zichun Lin / Jinqian Li / Peng Chen / Yangjunqi Wang / Yujie Li / Dongsheng ...著者: Ruoke Wang / Yang Han / Rui Zhang / Jiayi Zhu / Xuanyu Nan / Yaping Liu / Ziqing Yang / Bini Zhou / Jinfang Yu / Zichun Lin / Jinqian Li / Peng Chen / Yangjunqi Wang / Yujie Li / Dongsheng Liu / Xuanling Shi / Xinquan Wang / Qi Zhang / Yuhe R Yang / Taisheng Li / Linqi Zhang / 要旨: The 2003 severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) causes more severe disease than SARS-CoV-2, which is responsible for COVID-19. However, our understanding of antibody response to ...The 2003 severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-1) causes more severe disease than SARS-CoV-2, which is responsible for COVID-19. However, our understanding of antibody response to SARS-CoV-1 infection remains incomplete. Herein, we studied the antibody responses in 25 SARS-CoV-1 convalescent patients. Plasma neutralization was higher and lasted longer in SARS-CoV-1 patients than in severe SARS-CoV-2 patients. Among 77 monoclonal antibodies (mAbs) isolated, 60 targeted the receptor-binding domain (RBD) and formed 7 groups (RBD-1 to RBD-7) based on their distinct binding and structural profiles. Notably, RBD-7 antibodies bound to a unique RBD region interfaced with the N-terminal domain of the neighboring protomer (NTD proximal) and were more prevalent in SARS-CoV-1 patients. Broadly neutralizing antibodies for SARS-CoV-1, SARS-CoV-2, and bat and pangolin coronaviruses were also identified. These results provide further insights into the antibody response to SARS-CoV-1 and inform the design of more effective strategies against diverse human and animal coronaviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34557.map.gz | 20.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34557-v30.xml emd-34557.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34557.png | 29 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34557.cif.gz | 4 KB | ||
その他 | emd_34557_half_map_1.map.gz emd_34557_half_map_2.map.gz | 20.7 MB 20.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34557 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34557_validation.pdf.gz | 646.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34557_full_validation.pdf.gz | 646.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34557_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34557_validation.cif.gz | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34557 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34557 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34557.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.21 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD...
ファイル | emd_34557_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD...
ファイル | emd_34557_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Immune complex of W322-3E12 IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2P spike protein | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-1 2P in complex with W322-3E12 IgG
全体 | 名称: SARS-CoV-1 2P in complex with W322-3E12 IgG |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-1 2P in complex with W322-3E12 IgG
超分子 | 名称: SARS-CoV-1 2P in complex with W322-3E12 IgG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Immune complex of IgG binding the RBD of SARS-CoV-1 2p spike protein |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1-2P
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 1-2P / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: SARS-CoV-1 2P |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
-超分子 #3: W322-3E12 IgG
超分子 | 名称: W322-3E12 IgG / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: W322-3E12 IgG |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.015 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Acetate |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2384 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |