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万見
- EMDB-34549: Lodoxamide-bound GPR35 in complex with G13 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34549
タイトルLodoxamide-bound GPR35 in complex with G13
マップデータ
試料
  • 複合体: Lodoxamide-GPR35-G13 complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 35
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 2,2'-[(2-chloro-5-cyano-1,3-phenylene)bis(azanediyl)]bis(oxoacetic acid)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL
キーワードGPR35 / G13 / Lodoxamide / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuronal action potential / D5 dopamine receptor binding / regulation of fibroblast migration / C-X-C chemokine receptor activity / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / chemokine-mediated signaling pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK ...negative regulation of neuronal action potential / D5 dopamine receptor binding / regulation of fibroblast migration / C-X-C chemokine receptor activity / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / chemokine-mediated signaling pathway / regulation of small GTPase mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of Rho protein signal transduction / branching involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Rho protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / cytoskeleton organization / RAC1 GTPase cycle / guanyl-nucleotide exchange factor activity / G protein-coupled receptor activity / brush border membrane / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / platelet activation / G protein activity / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / regulation of blood pressure / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / melanosome / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / regulation of cell shape / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / in utero embryonic development / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / cell differentiation / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / focal adhesion / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G protein-coupled receptor 35, 7TM / G-protein alpha subunit, group 12/13 / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain ...G protein-coupled receptor 35, 7TM / G-protein alpha subunit, group 12/13 / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 / G-protein coupled receptor 35
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yuan Q / Duan J / Liu Q / Xu HE / Jiang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2022
タイトル: Insights into divalent cation regulation and G-coupling of orphan receptor GPR35.
著者: Jia Duan / Qiufeng Liu / Qingning Yuan / Yujie Ji / Shengnan Zhu / Yangxia Tan / Xinheng He / Youwei Xu / Jingjing Shi / Xi Cheng / Hualiang Jiang / H Eric Xu / Yi Jiang /
要旨: Endogenous ions play important roles in the function and pharmacology of G protein-coupled receptors (GPCRs) with limited atomic evidence. In addition, compared with G protein subtypes G, G, and G, ...Endogenous ions play important roles in the function and pharmacology of G protein-coupled receptors (GPCRs) with limited atomic evidence. In addition, compared with G protein subtypes G, G, and G, insufficient structural evidence is accessible to understand the coupling mechanism of G protein by GPCRs. Orphan receptor GPR35, which is predominantly expressed in the gastrointestinal tract and is closely related to inflammatory bowel diseases (IBDs), stands out as a prototypical receptor for investigating ionic modulation and G coupling. Here we report a cryo-electron microscopy structure of G-coupled GPR35 bound to an anti-allergic drug, lodoxamide. This structure reveals a novel divalent cation coordination site and a unique ionic regulatory mode of GPR35 and also presents a highly positively charged binding pocket and the complementary electrostatic ligand recognition mode, which explain the promiscuity of acidic ligand binding by GPR35. Structural comparison of the GPR35-G complex with other G protein subtypes-coupled GPCRs reveals a notable movement of the C-terminus of α5 helix of the Gα subunit towards the receptor core and the least outward displacement of the cytoplasmic end of GPR35 TM6. A featured 'methionine pocket' contributes to the G coupling by GPR35. Together, our findings provide a structural basis for divalent cation modulation, ligand recognition, and subsequent G protein coupling of GPR35 and offer a new opportunity for designing GPR35-targeted drugs for the treatment of IBDs.
履歴
登録2022年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34549.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å		1.04 Å/pix.
x 256 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.023889825 - 1.8967957
平均 (標準偏差)0.0014199842 (±0.024882765)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34549_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34549_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Lodoxamide-GPR35-G13 complex

全体名称: Lodoxamide-GPR35-G13 complex
要素
  • 複合体: Lodoxamide-GPR35-G13 complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: G-protein coupled receptor 35
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 2,2'-[(2-chloro-5-cyano-1,3-phenylene)bis(azanediyl)]bis(oxoacetic acid)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CHOLESTEROL

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超分子 #1: Lodoxamide-GPR35-G13 complex

超分子名称: Lodoxamide-GPR35-G13 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 42.423633 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID KCLSREKTYV KRLVKILLLG AGESGKSTFL KQMRIIHGQD FDQRAREEFR PTIYSNVIKG MRVLVDARE KLHIPWGDNS NQQHGDKMMS FDTRAPMAAQ GMVETRVFLQ YLPAIRALWA DSGIQNAYDR RREFQLGESV K YFLDNLDK ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID KCLSREKTYV KRLVKILLLG AGESGKSTFL KQMRIIHGQD FDQRAREEFR PTIYSNVIKG MRVLVDARE KLHIPWGDNS NQQHGDKMMS FDTRAPMAAQ GMVETRVFLQ YLPAIRALWA DSGIQNAYDR RREFQLGESV K YFLDNLDK LGEPDYIPSQ QDILLARRPT KGIHEYDFEI KNVPFKMVDV GGQRSERKRW FECFDSVTSI LFLVSSSEFD QV LMEDRLT NRLTESLNIF ETIVNNRVFS NVSIILFLNK TDLLEEKVQI VSIKDYFLEF EGDPHCLRDV QKFLVECFRN KRR DQQQKP LYHHFTTAIN TENIRLVFRD VKDTILHDNL KQLMLQ

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.226992 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWNG SSGGGGSGGG GSSGVSGWRL FKKIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: G-protein coupled receptor 35

分子名称: G-protein coupled receptor 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.972047 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: NGTYNTCGSS DLTWPPAIKL GFYAYLGVLL VLGLLLNSLA LWVFCCRMQQ WTETRIYMTN LAVADLCLLC TLPFVLHSLR DTSDTPLCQ LSQGIYLTNR YMSISLVTAI AVDRYVAVRH PLRARGLRSP RQAAAVCAVL WVLVIGSLVA RWLLGIQEGG F CFRSTRHN ...文字列:
NGTYNTCGSS DLTWPPAIKL GFYAYLGVLL VLGLLLNSLA LWVFCCRMQQ WTETRIYMTN LAVADLCLLC TLPFVLHSLR DTSDTPLCQ LSQGIYLTNR YMSISLVTAI AVDRYVAVRH PLRARGLRSP RQAAAVCAVL WVLVIGSLVA RWLLGIQEGG F CFRSTRHN FNSMAFPLLG FYLPLAVVVF CSLKVVTALA QRPPTDVGQA EATRKAARMV WANLLVFVVC FLPLHVGLTV RL AVGWNAC ALLETIRRAL YITSKLSDAN CCLDAICYYY MAKEFQEASA LAVAPSAKAH KSQDSLCVTL A

UniProtKB: G-protein coupled receptor 35

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.277299 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
VQLVESGGGL VQPGGSRKLS CSASGFAFSS FGMHWVRQAP EKGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSED TAMYYCVRSI YYYGSSPFDF WGQGTTLTVS AGGGGSGGGG SGGGGSADIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL

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分子 #6: 2,2'-[(2-chloro-5-cyano-1,3-phenylene)bis(azanediyl)]bis(oxoaceti...

分子名称: 2,2'-[(2-chloro-5-cyano-1,3-phenylene)bis(azanediyl)]bis(oxoacetic acid)
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: WYB
分子量理論値: 311.635 Da
Chemical component information

ChemComp-WYB:
2,2'-[(2-chloro-5-cyano-1,3-phenylene)bis(azanediyl)]bis(oxoacetic acid) / ロドキサミド

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #8: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.04
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 591246
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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