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- EMDB-3453: Cryo-EM structure of human p53 bound to a molecular support struc... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3453
タイトルCryo-EM structure of human p53 bound to a molecular support structure made of DNA origami.
マップデータNone
試料
  • 複合体: Tetramer of truncated human p53 (residues 1-360) bound to dsDNA
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Martin TG / Bharat TAM / Joerger AC / Bai X / Praetorius F / Fersht AR / Dietz H / Scheres SHW
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2016
タイトル: Design of a molecular support for cryo-EM structure determination.
著者: Thomas G Martin / Tanmay A M Bharat / Andreas C Joerger / Xiao-Chen Bai / Florian Praetorius / Alan R Fersht / Hendrik Dietz / Sjors H W Scheres /
要旨: Despite the recent rapid progress in cryo-electron microscopy (cryo-EM), there still exist ample opportunities for improvement in sample preparation. Macromolecular complexes may disassociate or ...Despite the recent rapid progress in cryo-electron microscopy (cryo-EM), there still exist ample opportunities for improvement in sample preparation. Macromolecular complexes may disassociate or adopt nonrandom orientations against the extended air-water interface that exists for a short time before the sample is frozen. We designed a hollow support structure using 3D DNA origami to protect complexes from the detrimental effects of cryo-EM sample preparation. For a first proof-of-principle, we concentrated on the transcription factor p53, which binds to specific DNA sequences on double-stranded DNA. The support structures spontaneously form monolayers of preoriented particles in a thin film of water, and offer advantages in particle picking and sorting. By controlling the position of the binding sequence on a single helix that spans the hollow support structure, we also sought to control the orientation of individual p53 complexes. Although the latter did not yet yield the desired results, the support structures did provide partial information about the relative orientations of individual p53 complexes. We used this information to calculate a tomographic 3D reconstruction, and refined this structure to a final resolution of ∼15 Å. This structure settles an ongoing debate about the symmetry of the p53 tetramer bound to DNA.
履歴
登録2016年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月16日-
マップ公開2016年11月16日-
更新2017年8月30日-
現状2017年8月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3453.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3453.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.76 Å/pix.
x 90 pix.
= 158.4 Å		1.76 Å/pix.
x 90 pix.
= 158.4 Å		1.76 Å/pix.
x 90 pix.
= 158.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.023299422 - 0.029008184
平均 (標準偏差)-0.00009371434 (±0.0035132633)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 158.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.761.761.76
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z158.400158.400158.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.0230.029-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of truncated human p53 (residues 1-360) bound to dsDNA

全体名称: Tetramer of truncated human p53 (residues 1-360) bound to dsDNA
要素
  • 複合体: Tetramer of truncated human p53 (residues 1-360) bound to dsDNA

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超分子 #1: Tetramer of truncated human p53 (residues 1-360) bound to dsDNA

超分子名称: Tetramer of truncated human p53 (residues 1-360) bound to dsDNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: The dsDNA to which p53 was bound is part of a large DNA origami support structure that was used in the structure determination process.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: Modified pET24a expression vecto
分子量理論値: 160 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE
詳細P53 tetramers were bound to large DNA origami support structures.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
エネルギーフィルター - エネルギー下限: -20 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: +20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 7 / 実像数: 2562 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 272914
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Tomographic reconstruction from angles experimentally determined by DNA origami support alignment.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / ソフトウェア - 詳細: Beta
詳細: FSC=0.143 indicates a resolution around 10A.However, visual inspection of the map indicates this may be a bit too high. As some developmental image processing procedures were used to take ...詳細: FSC=0.143 indicates a resolution around 10A.However, visual inspection of the map indicates this may be a bit too high. As some developmental image processing procedures were used to take into account the experimental information provided by the DNA origami support structures, we chose to stick to a more conservative 15A resolution estimate.
使用した粒子像数: 9271
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
詳細: Tomographic angles experimentally determined by DNA origami support alignment.
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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