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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34438 | |||||||||
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タイトル | Near-atomic structure of five-fold averaged PBCV-1 capsid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | giant virus / nucleocytoplasmic large DNA viruses (NCLDVs) / viral assembly / Paramecium bursaria chlorella virus 1 (PBCV-1) / chlorovirus / major capsid protein / minor capsid protein / VIRUS / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Paramecium bursaria Chlorella virus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Shao Q / Agarkova IV / Noel EA / Dunigan DD / Liu Y / Wang A / Guo M / Xie L / Zhao X / Rossmann MG ...Shao Q / Agarkova IV / Noel EA / Dunigan DD / Liu Y / Wang A / Guo M / Xie L / Zhao X / Rossmann MG / Van Etten JL / Klose T / Fang Q | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Near-atomic, non-icosahedrally averaged structure of giant virus Paramecium bursaria chlorella virus 1. 著者: Qianqian Shao / Irina V Agarkova / Eric A Noel / David D Dunigan / Yunshu Liu / Aohan Wang / Mingcheng Guo / Linlin Xie / Xinyue Zhao / Michael G Rossmann / James L Van Etten / Thomas Klose / Qianglin Fang / 要旨: Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play ...Giant viruses are a large group of viruses that infect many eukaryotes. Although components that do not obey the overall icosahedral symmetry of their capsids have been observed and found to play critical roles in the viral life cycles, identities and high-resolution structures of these components remain unknown. Here, by determining a near-atomic-resolution, five-fold averaged structure of Paramecium bursaria chlorella virus 1, we unexpectedly found the viral capsid possesses up to five major capsid protein variants and a penton protein variant. These variants create varied capsid microenvironments for the associations of fibers, a vesicle, and previously unresolved minor capsid proteins. Our structure reveals the identities and atomic models of the capsid components that do not obey the overall icosahedral symmetry and leads to a model for how these components are assembled and initiate capsid assembly, and this model might be applicable to many other giant viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34438.map.gz | 6.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34438-v30.xml emd-34438.xml | 47 KB 47 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34438.png | 203.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34438 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34438_validation.pdf.gz | 662.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34438_full_validation.pdf.gz | 662 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34438_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34438_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h2iMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.62 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Paramecium bursaria Chlorella virus 1
+超分子 #1: Paramecium bursaria Chlorella virus 1
+分子 #1: Major capsid protein (MCP)
+分子 #2: MCPv1
+分子 #3: MCPv2
+分子 #4: MCPv3
+分子 #5: MCPv4
+分子 #6: P1v1
+分子 #7: P2
+分子 #8: P3
+分子 #9: P4
+分子 #10: P5
+分子 #11: P6
+分子 #12: P8
+分子 #13: P9
+分子 #14: P11
+分子 #15: P12
+分子 #16: P13
+分子 #17: P15
+分子 #18: P16
+分子 #19: P17
+分子 #20: P18
+分子 #21: P19
+分子 #22: P20
+分子 #23: P21
+分子 #24: MCPv5
+分子 #25: P22
+分子 #26: P23
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 24.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 56500 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr |