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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34423 | |||||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-1 Spike Protein with Engineered x2 Disulfide (G400C and V969C), Closed Conformation | |||||||||
マップデータ | 9-29 | |||||||||
試料 |
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キーワード | PROTEIN ENGINEERING / SPIKE PROTEIN / SARS-COV-1 / SARS-COV / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell ...Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / Attachment and Entry / endocytosis involved in viral entry into host cell / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang X / Li Z / Liu Y / Wang J / Fu L / Wang P / He J / Xiong X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2023 タイトル: Disulfide stabilization reveals conserved dynamic features between SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2 spikes. 著者: Xixi Zhang / Zimu Li / Yanjun Zhang / Yutong Liu / Jingjing Wang / Banghui Liu / Qiuluan Chen / Qian Wang / Lutang Fu / Peiyi Wang / Xiaolin Zhong / Liang Jin / Qihong Yan / Ling Chen / Jun ...著者: Xixi Zhang / Zimu Li / Yanjun Zhang / Yutong Liu / Jingjing Wang / Banghui Liu / Qiuluan Chen / Qian Wang / Lutang Fu / Peiyi Wang / Xiaolin Zhong / Liang Jin / Qihong Yan / Ling Chen / Jun He / Jincun Zhao / Xiaoli Xiong / 要旨: SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers ...SARS-CoV-2 spike protein (S) is structurally dynamic and has been observed by cryo-EM to adopt a variety of prefusion conformations that can be categorized as locked, closed, and open. S-trimers adopting locked conformations are tightly packed featuring structural elements incompatible with RBD in the "up" position. For SARS-CoV-2 S, it has been shown that the locked conformations are transient under neutral pH. Probably because of their transience, locked conformations remain largely uncharacterized for SARS-CoV-1 S. In this study, we introduced x1, x2, and x3 disulfides into SARS-CoV-1 S. Some of these disulfides have been shown to preserve rare locked conformations when introduced to SARS-CoV-2 S. Introduction of these disulfides allowed us to image a variety of locked and other rare conformations for SARS-CoV-1 S by cryo-EM. We identified bound cofactors and structural features that are associated with SARS-CoV-1 S locked conformations. We compare newly determined structures with other available spike structures of SARS-related CoVs to identify conserved features and discuss their possible functions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34423.map.gz | 32.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34423-v30.xml emd-34423.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34423_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34423.png | 98 KB | ||
マスクデータ | emd_34423_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_34423_half_map_1.map.gz emd_34423_half_map_2.map.gz | 40.9 MB 40.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34423 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34423 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8h13MC 8h0xC 8h0yC 8h0zC 8h10C 8h11C 8h12C 8h14C 8h15C 8h16C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | 9-29 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34423_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 9-29
ファイル | emd_34423_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 9-29 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 9-29
ファイル | emd_34423_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | 9-29 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-1 spike protein
全体 | 名称: SARS-CoV-1 spike protein |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-1 spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-1 spike protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) 株: SARS coronavirus Tor2 |
分子量 | 理論値: 410 KDa |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) |
分子量 | 理論値: 130.916188 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DLDRCTTFDD VQAPNYTQHT SSMRGVYYPD EIFRSDTLYL TQDLFLPFYS NVTGFHTINH TFGNPVIPFK DGIYFAATEK SNVVRGWVF GSTMNNKSQS VIIINNSTNV VIRACNFELC DNPFFAVSKP MGTQTHTMIF DNAFNCTFEY ISDAFSLDVS E KSGNFKHL ...文字列: DLDRCTTFDD VQAPNYTQHT SSMRGVYYPD EIFRSDTLYL TQDLFLPFYS NVTGFHTINH TFGNPVIPFK DGIYFAATEK SNVVRGWVF GSTMNNKSQS VIIINNSTNV VIRACNFELC DNPFFAVSKP MGTQTHTMIF DNAFNCTFEY ISDAFSLDVS E KSGNFKHL REFVFKNKDG FLYVYKGYQP IDVVRDLPSG FNTLKPIFKL PLGINITNFR AILTAFSPAQ DIWGTSAAAY FV GYLKPTT FMLKYDENGT ITDAVDCSQN PLAELKCSVK SFEIDKGIYQ TSNFRVVPSG DVVRFPNITN LCPFGEVFNA TKF PSVYAW ERKKISNCVA DYSVLYNSTF FSTFKCYGVS ATKLNDLCFS NVYADSFVVK GDDVRQIAPC QTGVIADYNY KLPD DFMGC VLAWNTRNID ATSTGNYNYK YRYLRHGKLR PFERDISNVP FSPDGKPCTP PALNCYWPLN DYGFYTTTGI GYQPY RVVV LSFELLNAPA TVCGPKLSTD LIKNQCVNFN FNGLTGTGVL TPSSKRFQPF QQFGRDVSDF TDSVRDPKTS EILDIS PCS FGGVSVITPG TNASSEVAVL YQDVNCTDVS TAIHADQLTP AWRIYSTGNN VFQTQAGCLI GAEHVDTSYE CDIPIGA GI CASYHTVSLL RSTSQKSIVA YTMSLGADSS IAYSNNTIAI PTNFSISITT EVMPVSMAKT SVDCNMYICG DSTECANL L LQYGSFCTQL NRALSGIAAE QDRNTREVFA QVKQMYKTPT LKYFGGFNFS QILPDPLKPT KRSFIEDLLF NKVTLADAG FMKQYGECLG DINARDLICA QKFNGLTVLP PLLTDDMIAA YTAALVSGTA TAGWTFGAGA ALQIPFAMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQK QIANQFNKAI SQIQESLTTT STALGKLQDV VNQNAQALNT LVKQLSSNFG AISSVLNDIL SRLDKCEAEV Q IDRLITGR LQSLQTYVTQ QLIRAAEIRA SANLAATKMS ECVLGQSKRV DFCGKGYHLM SFPQAAPHGV VFLHVTYVPS QE RNFTTAP AICHEGKAYF PREGVFVFNG TSWFITQRNF FSPQIITTDN TFVSGNCDVV IGIINNTVYD PLQPELDSFK EEL DKYFKN HTSPDVDLGD ISGINASVVN IQKEIDRLNE VAKNLNESLI DLQELGKYEQ YIK UniProtKB: Spike glycoprotein |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.2 構成要素:
詳細: Gibco PBS C10010 | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.6 sec. / 平均電子線量: 62.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 45000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |