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万見
- EMDB-3442: Cryo-EM reconstructions of clathrin D6 cages -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3442
タイトルCryo-EM reconstructions of clathrin D6 cages
マップデータCryo-EM reconstructions of clathrin D6 cages
試料
  • 試料: Clathrin D6 Coat
  • タンパク質・ペプチド: Mouse AP180 residues 305-901
  • タンパク質・ペプチド: Bovine Auxilin residues 547-910
  • タンパク質・ペプチド: Rat Clathrin Light Chain A1: residues 1-248
  • タンパク質・ペプチド: Rat Clathrin Heavy Chain 1: residues 1-1675
キーワードClatrhin coats / Hsc70 / auxilin / ATP / disassembly / self-association / entropic pulling
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / extrinsic component of endosome membrane / positive regulation of clathrin coat assembly / presynaptic endocytic zone membrane / regulation of clathrin coat assembly / presynaptic endocytic zone / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / regulation of clathrin-dependent endocytosis / 1-phosphatidylinositol binding ...postsynaptic endocytic zone cytoplasmic component / extrinsic component of endosome membrane / positive regulation of clathrin coat assembly / presynaptic endocytic zone membrane / regulation of clathrin coat assembly / presynaptic endocytic zone / RHOU GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / regulation of clathrin-dependent endocytosis / 1-phosphatidylinositol binding / regulation of terminal button organization / synaptic vesicle budding from presynaptic endocytic zone membrane / clathrin vesicle coat / clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / Myb complex / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / clathrin coat / synaptic vesicle uncoating / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / LDL clearance / Retrograde neurotrophin signalling / clathrin light chain binding / VLDLR internalisation and degradation / clathrin complex / synaptic vesicle recycling / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of synaptic vesicle clustering / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Lysosome Vesicle Biogenesis / amyloid-beta clearance by transcytosis / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / regulation of protein transport / MHC class II antigen presentation / presynaptic endosome / clathrin coat of coated pit / clathrin heavy chain binding / postsynaptic endocytic zone / AP-2 adaptor complex / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / photoreceptor ribbon synapse / clathrin coat disassembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / Recycling pathway of L1 / clathrin-coated endocytic vesicle / membrane coat / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat assembly / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic spindle microtubule / clathrin adaptor activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / neurotransmitter secretion / positive regulation of axonogenesis / retrograde transport, endosome to Golgi / inositol hexakisphosphate binding / clathrin-coated vesicle / ankyrin binding / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / ubiquitin-specific protease binding / parallel fiber to Purkinje cell synapse / Golgi organization / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / mitotic spindle assembly / regulation of synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / neuron development / intracellular transport / phospholipase binding / heat shock protein binding / clathrin-coated pit / presynaptic active zone membrane / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / axon terminus / T-tubule / peptide binding / SH2 domain binding / axonogenesis / protein serine/threonine kinase binding / receptor-mediated endocytosis / protein tyrosine phosphatase activity / regulation of mitotic spindle organization / SNARE binding / transferrin transport / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / sarcolemma / receptor internalization / SH3 domain binding / autophagy / spindle / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytosis
類似検索 - 分子機能
ANTH domain superfamily / Clathrin coat assembly protein AP180-like / Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. ...ANTH domain superfamily / Clathrin coat assembly protein AP180-like / Clathrin light chain / Clathrin light chain signature 1. / Clathrin light chain signature 2. / Clathrin light chain / AP180 N-terminal homology (ANTH) domain / ANTH domain / Epsin N-terminal homology (ENTH) domain / ENTH domain profile. / Tensin phosphatase, C2 domain / Clathrin, heavy chain, linker, core motif / Clathrin heavy chain, N-terminal / Clathrin, heavy chain / Clathrin, heavy chain, propeller repeat / Tensin-type phosphatase domain / : / Region in Clathrin and VPS / Clathrin propeller repeat / Clathrin, heavy-chain linker / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / Clathrin-H-link / Phosphatase tensin-type domain profile. / C2 tensin-type domain profile. / C2 domain of PTEN tumour-suppressor protein / ENTH domain / Clathrin heavy chain repeat homology / Clathrin, heavy chain/VPS, 7-fold repeat / Clathrin heavy-chain (CHCR) repeat profile. / ENTH/VHS / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Protein-tyrosine phosphatase-like / C2 domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Clathrin light chain A / Clathrin heavy chain 1 / Auxilin / Clathrin coat assembly protein AP180
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 28.0 Å
データ登録者Sousa R / Liao H-S / Cuellar J / Valpuesta JM / Jin AJ / Lafer EM
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016
タイトル: Clathrin-coat disassembly illuminates the mechanisms of Hsp70 force generation.
著者: Rui Sousa / Hsien-Shun Liao / Jorge Cuéllar / Suping Jin / José M Valpuesta / Albert J Jin / Eileen M Lafer /
要旨: Hsp70s use ATP hydrolysis to disrupt protein-protein associations and to move macromolecules. One example is the Hsc70- mediated disassembly of the clathrin coats that form on vesicles during ...Hsp70s use ATP hydrolysis to disrupt protein-protein associations and to move macromolecules. One example is the Hsc70- mediated disassembly of the clathrin coats that form on vesicles during endocytosis. Here, we exploited the exceptional features of these coats to test three models-Brownian ratchet, power-stroke and entropic pulling-proposed to explain how Hsp70s transform their substrates. Our data rule out the ratchet and power-stroke models and instead support a collision-pressure mechanism whereby collisions between clathrin-coat walls and Hsc70s drive coats apart. Collision pressure is the complement to the pulling force described in the entropic pulling model. We also found that self-association augments collision pressure, thereby allowing disassembly of clathrin lattices that have been predicted to be resistant to disassembly. These results illuminate how Hsp70s generate the forces that transform their substrates.
履歴
登録2016年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年7月27日-
マップ公開2016年7月27日-
更新2016年8月3日-
現状2016年8月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

3442_imageCl...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM reconstructions of clathrin D6 cages
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 1168. Å		3.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 1168. Å		3.65 Å/pix.
x 320 pix.
= 1168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.65 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-1.43189907 - 13.58245754
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 1168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.653.653.65
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1168.0001168.0001168.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-1.43213.582-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Clathrin D6 Coat

全体名称: Clathrin D6 Coat
要素
  • 試料: Clathrin D6 Coat
  • タンパク質・ペプチド: Mouse AP180 residues 305-901
  • タンパク質・ペプチド: Bovine Auxilin residues 547-910
  • タンパク質・ペプチド: Rat Clathrin Light Chain A1: residues 1-248
  • タンパク質・ペプチド: Rat Clathrin Heavy Chain 1: residues 1-1675

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超分子 #1000: Clathrin D6 Coat

超分子名称: Clathrin D6 Coat / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 36 triskelia / Number unique components: 4
分子量理論値: 31.5 MDa

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分子 #1: Mouse AP180 residues 305-901

分子名称: Mouse AP180 residues 305-901 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: GST tag at N-terminus. / コピー数: 36 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse
分子量実験値: 84.268 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
配列UniProtKB: Clathrin coat assembly protein AP180

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分子 #2: Bovine Auxilin residues 547-910

分子名称: Bovine Auxilin residues 547-910 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 108 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Cow
分子量実験値: 38.935 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
配列UniProtKB: Auxilin

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分子 #3: Rat Clathrin Light Chain A1: residues 1-248

分子名称: Rat Clathrin Light Chain A1: residues 1-248 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / Name.synonym: CLC, CLCA, CLCA1 / コピー数: 108 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat
分子量実験値: 26.979 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
配列UniProtKB: Clathrin light chain A

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分子 #4: Rat Clathrin Heavy Chain 1: residues 1-1675

分子名称: Rat Clathrin Heavy Chain 1: residues 1-1675 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / Name.synonym: CHC, CHC1 / 詳細: His tag at the N-terminus / コピー数: 108 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat
分子量実験値: 196.358 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
配列UniProtKB: Clathrin heavy chain 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
詳細: 20 mM MES, 2 mM MgCl2, 25 mM KCl, 10 mM (NH4)2SO4 and 2 mM DTT
グリッド詳細: Cu/Rh 300 mesh Quantifoil R 1.2/1.3 um grids with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 98 K / 装置: LEICA EM CPC / 手法: Blot for 1 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 90 K / 最高: 98 K / 平均: 94 K
日付2015年6月2日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.6 µm / 実像数: 450 / 平均電子線量: 22 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 41000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Manual picking
CTF補正詳細: cctffind3
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: XMIPP, Relion / 使用した粒子像数: 3468
最終 2次元分類クラス数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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