EMDB-34376: Cryo-EM structure of human Pannexin-2 in pre-open state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-34376

タイトル

Cryo-EM structure of human Pannexin-2 in pre-open state

マップデータ

試料

複合体: Pannexin-2
- タンパク質・ペプチド: Pannexin-2
リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

キーワード

Pannexin / ATP / Inner channel lipids / Cell-cell communication / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Electric Transmission Across Gap Junctions / wide pore channel activity / positive regulation of interleukin-1 production / monoatomic cation transport / response to ischemia / cell-cell signaling / monoatomic ion transmembrane transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Cong Y / Jin X / Kong F / Yan C

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Inner channel lipids regulated gating mechanism of human pannexins.
著者: Cong Y / Jin X / Kong F / Yan C

履歴

登録	2022年9月23日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年4月17日	-
マップ公開	2024年4月17日	-
更新	2024年4月17日	-
現状	2024年4月17日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_34376.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_34376.map.gz	59.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-34376-v30.xml emd-34376.xml	14.8 KB 14.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_34376.png	133.9 KB
マスクデータ	emd_34376_msk_1.map	64 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-34376.cif.gz	5.6 KB
その他	emd_34376_half_map_1.map.gz emd_34376_half_map_2.map.gz	59.4 MB 59.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34376 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34376	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_34376_validation.pdf.gz	888.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_34376_full_validation.pdf.gz	888.3 KB	表示
XML形式データ	emd_34376_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	emd_34376_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34376 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34376	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gyqMC 34374C 34375C 34377C 8gyoC 8gypC 8gytC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_34376.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 273.92 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 273.92 Å	1.07 Å/pix. x 256 pix. = 273.92 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.07 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.29
最小 - 最大	-2.1639738 - 3.8989239
平均 (標準偏差)	0.0064459452 (±0.08755336)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_34376_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_34376_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_34376_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Pannexin-2

全体	名称: Pannexin-2
要素	複合体: Pannexin-2 タンパク質・ペプチド: Pannexin-2 リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: Pannexin-2

超分子	名称: Pannexin-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 500 KDa

-
分子 #1: Pannexin-2

分子	名称: Pannexin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 74.54193 KDa
組換発現	生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列	文字列: MHHLLEQSAD MATALLAGEK LRELILPGAQ DDKAGALAAL LLQLKLELPF DRVVTIGTVL VPILLVTLVF TKNFAEEPIY CYTPHNFTR DQALYARGYC WTELRDALPG VDASLWPSLF EHKFLPYALL AFAAIMYVPA LGWEFLASTR LTSELNFLLQ E IDNCYHRA ...文字列: MHHLLEQSAD MATALLAGEK LRELILPGAQ DDKAGALAAL LLQLKLELPF DRVVTIGTVL VPILLVTLVF TKNFAEEPIY CYTPHNFTR DQALYARGYC WTELRDALPG VDASLWPSLF EHKFLPYALL AFAAIMYVPA LGWEFLASTR LTSELNFLLQ E IDNCYHRA AEGRAPKIEK QIQSKGPGIT EREKREIIEN AEKEKSPEQN LFEKYLERRG RSNFLAKLYL ARHVLILLLS AV PISYLCT YYATQKQNEF TCALGASPDG AAGAGPAVRV SCKLPSVQLQ RIIAGVDIVL LCVMNLIILV NLIHLFIFRK SNF IFDKLH KVGIKTRRQW RRSQFCDINI LAMFCNENRD HIKSLNRLDF ITNESDLMYD NVVRQLLAAL AQSNHDATPT VRDS GVQTV DPSANPAEPD GAAEPPVVKR PRKKMKWIPT SNPLPQPFKE PLAIMRVENS KAEKPKPARR KTATDTLIAP LLDRS AHHY KGGGGDPGPG PAPAPAPPPA PDKKHARHFS LDVHPYILGT KKAKAEAVPA ALPASRSQEG GFLSQAEDCG LGLAPA PIK DAPLPEKEIP YPTEPARAGL PSGGPFHVRS PPAAPAVAPL TPASLGKAEP LTILSRNATH PLLHINTLYE AREEEDG GP RLPQDVGDLI AIPAPQQILI ATFDEPRTVV STVEF UniProtKB: Pannexin-2

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子	名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: NAG
分子量	理論値: 221.208 Da
Chemical component information	ChemComp-NAG: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度	1.8 mg/mL
緩衝液	pH: 8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 131444
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
ハーフマップ: #2

-
ハーフマップ: #1

-
試料の構成要素

-
全体 : Pannexin-2

-
超分子 #1: Pannexin-2

-
分子 #1: Pannexin-2

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-EMDBアーカイブ

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-マップ

画像のコントロールX

-添付データ

-マスク #1

-ハーフマップ: #2

-ハーフマップ: #1

-試料の構成要素

-全体 : Pannexin-2

-超分子 #1: Pannexin-2

-分子 #1: Pannexin-2

-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-実験情報

-構造解析

-試料調製

-電子顕微鏡法

-画像解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
EMDBアーカイブ

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
マップ

画像のコントロール

-
添付データ

-
マスク #1

-
ハーフマップ: #2

-
ハーフマップ: #1

-
試料の構成要素

-
全体 : Pannexin-2

-
超分子 #1: Pannexin-2

-
分子 #1: Pannexin-2

-
分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
実験情報

-
構造解析

-
試料調製

-
電子顕微鏡法

-
画像解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)