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- EMDB-34368: Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Alcohol Dehydrogenase from Gl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34368
タイトルCryo-EM Structure of Membrane-Bound Alcohol Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
マップデータ
試料
  • 複合体: Alcohol dehydrogenase from Gluconobacter oxydansアルコールデヒドロゲナーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase (quinone), dehydrogenase subunitアルコールデヒドロゲナーゼ (キノン)
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunitアルコールデヒドロゲナーゼ (キノン)
    • タンパク質・ペプチド: Small subunit of alcohol dehydrogenase
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: PYRROLOQUINOLINE QUINONEピロロキノリンキノン
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: UBIQUINONE-10ユビキノン
キーワードComplex / Oxidereductase / Membrane-bound protein (生体膜) / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


アルコールデヒドロゲナーゼ (キノン) / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / respirasome / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / calcium ion binding / heme binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / PQQ enzyme repeat / Cytochrome c, class IC / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat ...Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 1. / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / PQQ enzyme repeat / Cytochrome c, class IC / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / シトクロムc / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol dehydrogenase (quinone), dehydrogenase subunit / Alcohol dehydrogenase, 15 kDa subunit / Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア) / Gluconobacter oxydans 621H (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Adachi T / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H01961 日本
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Experimental and Theoretical Insights into Bienzymatic Cascade for Mediatorless Bioelectrochemical Ethanol Oxidation with Alcohol and Aldehyde Dehydrogenases
著者: Adachi T / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Kano K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O
履歴
登録2022年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34368.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.16
最小 - 最大-0.24867207 - 0.62730235
平均 (標準偏差)0.00080129766 (±0.0165849)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 278.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34368_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34368_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34368_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Alcohol dehydrogenase from Gluconobacter oxydans

全体名称: Alcohol dehydrogenase from Gluconobacter oxydansアルコールデヒドロゲナーゼ
要素
  • 複合体: Alcohol dehydrogenase from Gluconobacter oxydansアルコールデヒドロゲナーゼ
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase (quinone), dehydrogenase subunitアルコールデヒドロゲナーゼ (キノン)
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunitアルコールデヒドロゲナーゼ (キノン)
    • タンパク質・ペプチド: Small subunit of alcohol dehydrogenase
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: PYRROLOQUINOLINE QUINONEピロロキノリンキノン
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: UBIQUINONE-10ユビキノン

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超分子 #1: Alcohol dehydrogenase from Gluconobacter oxydans

超分子名称: Alcohol dehydrogenase from Gluconobacter oxydans / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Alcohol dehydrogenase (quinone), dehydrogenase subunit

分子名称: Alcohol dehydrogenase (quinone), dehydrogenase subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: アルコールデヒドロゲナーゼ (キノン)
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans 621H (バクテリア) / 株: 621H
分子量理論値: 82.938906 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列: MTSGLLTPIK VTKKRLLSCA AALAFSAAVP VAFAQEDTGT AITSSDNGGH PGDWLSYGRS YSEQRYSPLD QINTENVGKL KLAWHYDLD TNRGQEGTPL IVNGVMYATT NWSKMKALDA ATGKLLWSYD PKVPGNIADR GCCDTVSRGA AYWNGKVYFG T FDGRLIAL ...文字列:
MTSGLLTPIK VTKKRLLSCA AALAFSAAVP VAFAQEDTGT AITSSDNGGH PGDWLSYGRS YSEQRYSPLD QINTENVGKL KLAWHYDLD TNRGQEGTPL IVNGVMYATT NWSKMKALDA ATGKLLWSYD PKVPGNIADR GCCDTVSRGA AYWNGKVYFG T FDGRLIAL DAKTGKLVWS VYTIPKEAQL GHQRSYTVDG APRIAKGKVL IGNGGAEFGA RGFVSAFDAE TGKLDWRFFT VP NPENKPD GAASDDILMS KAYPTWGKNG AWKQQGGGGT VWDSLVYDPV TDLVYLGVGN GSPWNYKFRS EGKGDNLFLG SIV AINPDT GKYVWHFQET PMDEWDYTSV QQIMTLDMPV NGEMRHVIVH APKNGFFYII DAKTGKFITG KPYTYENWAN GLDP VTGRP NYVPDALWTL TGKPWLGIPG ELGGHNFAAM AYSPKTKLVY IPAQQIPLLY DGQKGGFKAY HDAWNLGLDM NKIGL FDDN DPEHVAAKKD FLKVLKGWTV AWDPEKMAPA FTINHKGPWN GGLLATAGNV IFQGLANGEF HAYDATNGND LYSFPA QSA IIAPPVTYTA NGKQYVAVEV GWGGIYPFLY GGVARTSGWT VNHSRVIAFS LDGKDSLPPK NELGFTPVKP VPTYDEA RQ KDGYFMYQTF CSACHGDNAI SGGVLPDLRW SGAPRGRESF YKLVGRGALT AYGMDRFDTS MTPEQIEDIR NFIVKRAN E SYDDEVKARE NSTGVPNDQF LNVPQSTADV PTADHP

UniProtKB: Alcohol dehydrogenase (quinone), dehydrogenase subunit

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分子 #2: Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit

分子名称: Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: アルコールデヒドロゲナーゼ (キノン)
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans 621H (バクテリア) / 株: 621H
分子量理論値: 51.249598 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列: MLNALTRDRL VSEMKQGWKL AAAIGLMAVS FGAAHAQDAD EALIKRGEYV ARLSDCIACH TALHGQPYAG GLEIKSPIGT IYSTNITPD PEHGIGNYTL EDFTKALRKG IRKDGATVYP AMPYPEFARL SDDDIRAMYA FFMHGVKPVA LQNKAPDISW P LSMRWPLG ...文字列:
MLNALTRDRL VSEMKQGWKL AAAIGLMAVS FGAAHAQDAD EALIKRGEYV ARLSDCIACH TALHGQPYAG GLEIKSPIGT IYSTNITPD PEHGIGNYTL EDFTKALRKG IRKDGATVYP AMPYPEFARL SDDDIRAMYA FFMHGVKPVA LQNKAPDISW P LSMRWPLG MWRAMFVPSM TPGVDKSISD PEVARGEYLV NGPGHCGECH TPRGFGMQVK AYGTAGGNAY LAGGAPIDNW IA PSLRSNS DTGLGRWSED DIVTFLKSGR IDHSAVFGGM ADVVAYSTQH WSDDDLRATA KYLKSMPAVP EGKNLGQDDG QTT ALLNKG GQGNAGAEVY LHNCAICHMN DGTGVNRMFP PLAGNPVVIT DDPTSLANVV AFGGILPPTN SAPSAVAMPG FKNH LSDQE MADVVNFMRK GWGNNAPGTV SASDIQKLRT TGAPVSTAGW NVSSKGWMAY MPQPYGEDWT FSPQTHTGVD DAQ

UniProtKB: Alcohol dehydrogenase (quinone), cytochrome c subunit

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分子 #3: Small subunit of alcohol dehydrogenase

分子名称: Small subunit of alcohol dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: アルコールデヒドロゲナーゼ (キノン)
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
分子量理論値: 14.282063 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列:
MFRRIVPVLG LALGLGLASQ AAMAQEQSPP PPPAVQGTPG KDFTGVSPAN LAGIMNYCVE QQYVSYDEGN PVLYGLSEKY KATEQTVGN FDYALGTAGY FDSNGKRFYL VAYTNEDDRR AACHAAVKAA QPML

UniProtKB: Alcohol dehydrogenase, 15 kDa subunit

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分子 #4: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C / Heme C

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分子 #5: PYRROLOQUINOLINE QUINONE

分子名称: PYRROLOQUINOLINE QUINONE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PQQ
分子量理論値: 330.206 Da
Chemical component information

ChemComp-PQQ:
PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン / ピロロキノリンキノン

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #7: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) / ユビキノン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
88.0 mmol / LNaH2PO4Sodium dihydrogen phosphate
12.0 mmol / LNa2HPO4Sodium hydrogen phosphate
0.6 mmol / LC14H22O(C2H4O)n2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanol
1.0 mmol / LC2H6OEthanolエタノール
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 56754 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.01 mrad
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3224 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2551393
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 3D initial model from cryoSPARC 3.3.2
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 300000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 247480
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8gy2:
Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Alcohol Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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