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- EMDB-34307: Structure of the intact photosynthetic light-harvesting antenna-r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34307
タイトルStructure of the intact photosynthetic light-harvesting antenna-reaction center complex from a green sulfur bacterium
マップデータ
試料
  • 複合体: GsbRC-2FMO complex
    • タンパク質・ペプチド: x 7種
  • リガンド: x 10種
機能・相同性
機能・相同性情報


チラコイド / bacteriochlorophyll binding / iron-sulfur cluster binding / 光合成 / electron transfer activity / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Proteolipid membrane potential modulator / Proteolipid membrane potential modulator / Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB ...Proteolipid membrane potential modulator / Proteolipid membrane potential modulator / Photosystem P840 reaction-centre, cytochrome c-551 / Photosystem P840 reaction-centre cytochrome c-551 / Photosystem I P840 reaction centre protein PscD / Photosystem P840 reaction centre protein PscD / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / 4Fe-4S dicluster domain / Cytochrome c-like domain superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
シトクロムc / Bacteriochlorophyll a protein / Photosystem P840 reaction center, large subunit / Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein / P840 reaction center 17 kDa protein / Ric1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Chen JH / Zhang X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2023
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the intact photosynthetic light-harvesting antenna-reaction center complex from a green sulfur bacterium.
著者: Jing-Hua Chen / Weiwei Wang / Chen Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Xing Zhang /
要旨: The photosynthetic reaction center complex (RCC) of green sulfur bacteria (GSB) consists of the membrane-imbedded RC core and the peripheric energy transmitting proteins called Fenna-Matthews-Olson ...The photosynthetic reaction center complex (RCC) of green sulfur bacteria (GSB) consists of the membrane-imbedded RC core and the peripheric energy transmitting proteins called Fenna-Matthews-Olson (FMO). Functionally, FMO transfers the absorbed energy from a huge peripheral light-harvesting antenna named chlorosome to the RC core where charge separation occurs. In vivo, one RC was found to bind two FMOs, however, the intact structure of RCC as well as the energy transfer mechanism within RCC remain to be clarified. Here we report a structure of intact RCC which contains a RC core and two FMO trimers from a thermophilic green sulfur bacterium Chlorobaculum tepidum at 2.9 Å resolution by cryo-electron microscopy. The second FMO trimer is attached at the cytoplasmic side asymmetrically relative to the first FMO trimer reported previously. We also observed two new subunits (PscE and PscF) and the N-terminal transmembrane domain of a cytochrome-containing subunit (PscC) in the structure. These two novel subunits possibly function to facilitate the binding of FMOs to RC core and to stabilize the whole complex. A new bacteriochlorophyll (numbered as 816) was identified at the interspace between PscF and PscA-1, causing an asymmetrical energy transfer from the two FMO trimers to RC core. Based on the structure, we propose an energy transfer network within this photosynthetic apparatus.
履歴
登録2022年9月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月23日-
マップ公開2022年11月23日-
更新2023年2月15日-
現状2023年2月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34307.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34307.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.5571167 - 1.2976869
平均 (標準偏差)-7.271411e-05 (±0.039397474)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 312.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34307_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34307_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GsbRC-2FMO complex

全体名称: GsbRC-2FMO complex
要素
  • 複合体: GsbRC-2FMO complex
    • タンパク質・ペプチド: Bacteriochlorophyll a proteinバクテリオクロロフィル
    • タンパク質・ペプチド: P840 reaction center 17 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem P840 reaction center, large subunit
    • タンパク質・ペプチド: unkown protein
    • タンパク質・ペプチド: Ric1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome cシトクロムc
  • リガンド: BACTERIOCHLOROPHYLL Aバクテリオクロロフィル
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
  • リガンド: Bacteriochlorophyll A isomer
  • リガンド: Chlorophyll A ester
  • リガンド: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene

+
超分子 #1: GsbRC-2FMO complex

超分子名称: GsbRC-2FMO complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)

+
分子 #1: Bacteriochlorophyll a protein

分子名称: Bacteriochlorophyll a protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 40.34343 KDa
配列文字列: MALFGSNDVT TAHSDYEIVL EGGSSSWGKV KARAKVNAPP ASPLLPADCD VKLNVKPLDP AKGFVRISAV FESIVDSTKN KLTIEADIA NETKERRISV GEGMVSVGDF SHTFSFEGSV VNLFYYRSDA VRRNVPNPIY MQGRQFHDIL MKVPLDNNDL I DTWEGTVK ...文字列:
MALFGSNDVT TAHSDYEIVL EGGSSSWGKV KARAKVNAPP ASPLLPADCD VKLNVKPLDP AKGFVRISAV FESIVDSTKN KLTIEADIA NETKERRISV GEGMVSVGDF SHTFSFEGSV VNLFYYRSDA VRRNVPNPIY MQGRQFHDIL MKVPLDNNDL I DTWEGTVK AIGSTGAFND WIRDFWFIGP AFTALNEGGQ RISRIEVNGL NTESGPKGPV GVSRWRFSHG GSGMVDSISR WA ELFPSDK LNRPAQVEAG FRSDSQGIEV KVDGEFPGVS VDAGGGLRRI LNHPLIPLVH HGMVGKFNNF NVDAQLKVVL PKG YKIRYA APQYRSQNLE EYRWSGGAYA RWVEHVCKGG VGQFEILYAQ

+
分子 #2: P840 reaction center 17 kDa protein

分子名称: P840 reaction center 17 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 16.633195 KDa
配列文字列:
MQPQLSRPQT ASNQVRKAVS GPWSGNAVHK AEKYFITSAK RDRDGKLQIE LVPASGRRKL SPTPEMIRRL IDGEIEIYIL TTQPDIAID MNKEIIDMEN RYVIDFDKRG VKWTMREIPV FYHEGKGLCV ELHNKIYTLD QFFK

+
分子 #3: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein

分子名称: Photosystem P840 reaction center iron-sulfur protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 23.383096 KDa
配列文字列: MAEPVENKNQ APAPGAKVPP KGAPAAPKAG APAAPKGPVA PKAGAPAAKT GASAAKQAGK PRLASLGVTL GRSGVRQESA LPYVKPKAV PPPKPAAPAA KGAPAPKGAP AAPAAKAAPG APVAKAAPKA KKHYFIIENL CVGCGLCLDK CPPKVNAIGY K FYGDVQEG ...文字列:
MAEPVENKNQ APAPGAKVPP KGAPAAPKAG APAAPKGPVA PKAGAPAAKT GASAAKQAGK PRLASLGVTL GRSGVRQESA LPYVKPKAV PPPKPAAPAA KGAPAPKGAP AAPAAKAAPG APVAKAAPKA KKHYFIIENL CVGCGLCLDK CPPKVNAIGY K FYGDVQEG GFRCYIDQAA CISCSACFSG DECPSGALIE VLPDGEVLDF SYTPPERLDF DLRFLHRFHR EA

+
分子 #4: Photosystem P840 reaction center, large subunit

分子名称: Photosystem P840 reaction center, large subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
分子量理論値: 81.784641 KDa
配列文字列: MAEQVKPAGV KPKGTVPPPK GNAPAPKANG APGGASVIKE QDAAKMRRFL FQRTETRSTK WYQIFDTEKL DDEQVVGGHL ALLGVLGFI MGIYYISGIQ VFPWGAPGFH DNWFYLTIKP RMVSLGIDTY STKTADLEAA GARLLGWAAF HFLVGSVLIF G GWRHWTHN ...文字列:
MAEQVKPAGV KPKGTVPPPK GNAPAPKANG APGGASVIKE QDAAKMRRFL FQRTETRSTK WYQIFDTEKL DDEQVVGGHL ALLGVLGFI MGIYYISGIQ VFPWGAPGFH DNWFYLTIKP RMVSLGIDTY STKTADLEAA GARLLGWAAF HFLVGSVLIF G GWRHWTHN LTNPFTGRCG NFRDFRFLGK FGDVVFNGTS AKSYKEALGP HAVYMSLLFL GWGIVMWAIL GFAPIPDFQT IN SETFMSF VFAVIFFALG IYWWNNPPNA AIHLNDDMKA AFSVHLTAIG YINIALGCIA FVAFQQPSFA PYYKELDKLV FYL YGEPFN RVSFNFVEQG GKVISGAKEF ADFPAYAILP KSGEAFGMAR VVTNLIVFNH IICGVLYVFA GVYHGGQYLL KIQL NGMYN QIKSIWITKG RDQEVQVKIL GTVMALCFAT MLSVYAVIVW NTICELNIFG TNITMSFYWL KPLPIFQWMF ADPSI NDWV MAHVITAGSL FSLIALVRIA FFAHTSPLWD DLGLKKNSYS FPCLGPVYGG TCGVSIQDQL WFAMLWGIKG LSAVCW YID GAWIASMMYG VPAADAKAWD SIAHLHHHYT SGIFYYFWTE TVTIFSSSHL STILMIGHLV WFISFAVWFE DRGSRLE GA DIQTRTIRWL GKKFLNRDVN FRFPVLTISD SKLAGTFLYF GGTFMLVFLF LANGFYQTNS PLPPPVSHAA VSGQQMLA Q LVDTLMKMIA

+
分子 #5: unkown protein

分子名称: unkown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア)
分子量理論値: 4.954098 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #6: Ric1 protein

分子名称: Ric1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 6.227533 KDa
配列文字列:
MDIRRLILAF ILPPAAVMNK EAGTIMLTGI LTLWGWIPGV VAALIMISKE QSGKTAEA

+
分子 #7: Cytochrome c

分子名称: Cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlorobaculum tepidum TLS (バクテリア) / 株: ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS
分子量理論値: 22.741779 KDa
配列文字列: MDKNSNGKLI ALAVGGAVLM GALFFSVSFL TGYIPAPNHS AILTPLRSFM GWFLLIFCAS IIIMGLGKMS SAISDKWFLS FPLSIFVIV MVMFLSLRVY WEKGRTTTVD GKYIRTTAEL KEFLNKPAAT SDVPPAPAGF DFDAAKKLVD VRCNKCHTLD S VADLFRTK ...文字列:
MDKNSNGKLI ALAVGGAVLM GALFFSVSFL TGYIPAPNHS AILTPLRSFM GWFLLIFCAS IIIMGLGKMS SAISDKWFLS FPLSIFVIV MVMFLSLRVY WEKGRTTTVD GKYIRTTAEL KEFLNKPAAT SDVPPAPAGF DFDAAKKLVD VRCNKCHTLD S VADLFRTK YKKTGQVNLI VKRMQGFPGS GISDDDAKTI GIWLHEKF

+
分子 #8: BACTERIOCHLOROPHYLL A

分子名称: BACTERIOCHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 73 / 式: BCL
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A / バクテリオクロロフィル

+
分子 #9: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM / Cardiolipin

+
分子 #10: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

+
分子 #11: Bacteriochlorophyll A isomer

分子名称: Bacteriochlorophyll A isomer / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 2 / 式: GS0
分子量理論値: 911.504 Da
Chemical component information

ChemComp-GS0:
Bacteriochlorophyll A isomer

+
分子 #12: Chlorophyll A ester

分子名称: Chlorophyll A ester / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: G2O
分子量理論値: 891.473 Da
Chemical component information

ChemComp-G2O:
Chlorophyll A ester

+
分子 #13: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-...

分子名称: [(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 4 / 式: F39
分子量理論値: 895.299 Da
Chemical component information

ChemComp-F39:
[(2R,3S,4S,5R,6R)-6-[(10E,12E,14E)-2,6,10,14,19,23-hexamethyl-25-(2,3,6-trimethylphenyl)pentacosa-6,8,10,12,14,16,18,20,22,24-decaen-2-yl]oxy-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl dodecanoate

+
分子 #14: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 7 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM / Phosphatidylglycerol

+
分子 #15: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 2 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #16: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #17: 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethy...

分子名称: 2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene
タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: F26
分子量理論値: 532.841 Da
Chemical component information

ChemComp-F26:
2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E,19E)-3,7,12,16,20,24-hexamethylpentacosa-1,3,5,7,9,11,13,15,17,19,23-undecaenyl]-1,3,4-trimethyl-benzene / クロロバクテン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 152200 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
特殊光学系球面収差補正装置: 2.7mm / 色収差補正装置: 2.7mm / エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 80.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2297 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1961370
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6m32

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 106600 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 227038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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