[日本語] English
万見
- EMDB-34252: Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C stopper-termin... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34252
タイトルCryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C stopper-terminator complex
マップデータ
試料
  • ウイルス: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Head-to-tail joining protein
    • タンパク質・ペプチド: Major tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Terminator protein
キーワードMarine bacteriophage / Cryo-EM / Siphophage / Stopper protein / Terminator protein / Head-to-tail interface / VIRUS
機能・相同性Bacteriophage tail attachment protein FII / : / Phage Head-Tail Attachment protein / virion assembly / Head-to-tail joining protein / Minor tail protein / Major tail protein
機能・相同性情報
生物種Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Huang Y / Sun H / Wei S / Zheng Q / Li S / Zhang R / Xia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and proposed DNA delivery mechanism of a marine roseophage.
著者: Yang Huang / Hui Sun / Shuzhen Wei / Lanlan Cai / Liqin Liu / Yanan Jiang / Jiabao Xin / Zhenqin Chen / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Tingting Li / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Qingbing Zheng ...著者: Yang Huang / Hui Sun / Shuzhen Wei / Lanlan Cai / Liqin Liu / Yanan Jiang / Jiabao Xin / Zhenqin Chen / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Tingting Li / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Rui Zhang / Ningshao Xia /
要旨: Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene ...Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene delivery. Here, we report the atomic capsid and in-situ structures of the tail machine of the marine siphophage, vB_DshS-R4C (R4C), which infects Roseobacter. The R4C virion, comprising 12 distinct structural protein components, has a unique five-fold vertex of the icosahedral capsid that allows genome delivery. The specific position and interaction pattern of the tail tube proteins determine the atypical long rigid tail of R4C, and further provide negative charge distribution within the tail tube. A ratchet mechanism assists in DNA transmission, which is initiated by an absorption device that structurally resembles the phage-like particle, RcGTA. Overall, these results provide in-depth knowledge into the intact structure and underlining DNA delivery mechanism for the ecologically important siphophages.
履歴
登録2022年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_34252.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34252.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 240 pix.
= 270.72 Å		1.13 Å/pix.
x 240 pix.
= 270.72 Å		1.13 Å/pix.
x 240 pix.
= 270.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0192
最小 - 最大-0.046572454 - 0.07828137
平均 (標準偏差)-0.00043931926 (±0.0078806495)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 270.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_34252_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34252_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C

全体名称: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ)
要素
  • ウイルス: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Head-to-tail joining protein
    • タンパク質・ペプチド: Major tail protein
    • タンパク質・ペプチド: Terminator protein

-
超分子 #1: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C

超分子名称: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2590919 / 生物種: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)

-
分子 #1: Head-to-tail joining protein

分子名称: Head-to-tail joining protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ)
分子量理論値: 10.946397 KDa
配列文字列:
MIESLADWSI FTDPDVFGEP VTWTTPPLPD PVPAIFTDAS EDRPATLGPG VLTIAPTLTL GAAQLPFSPA RNHRCTVRGI TYRVAEVQP DGSGGLRLLL ERV

UniProtKB: Head-to-tail joining protein

-
分子 #2: Major tail protein

分子名称: Major tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ)
分子量理論値: 13.574816 KDa
配列文字列:
MLKGKDGVVK NASTGDSIGH LQSWALDTQR DEVSGWGMGD DAERAFTTVG RASGNFEVYL DPADPSDDLE PGDLVDLELY PGGESTGSG YRSVAGALIL STAESASKDG IPMLTVNWRT SGALPQKATV S

UniProtKB: Major tail protein

-
分子 #3: Terminator protein

分子名称: Terminator protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C (ファージ)
分子量理論値: 14.866825 KDa
配列文字列:
MSEAIIAAAR GRLISPPFSD ATGDVYRTPE AALPAIIVEL DYTDAERISM GGGFIASAEL RVEILAKRDD WSLLTPTPAN TAEGMARLA ALVRTAILAP PSDLSGLAWS IAPAGYEFET ERGETPLARA TQSFALQILQ P

UniProtKB: Minor tail protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: trRosetta server
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5844
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る