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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM model of the marine siphophage vB_DshS-R4C baseplate-tail complex | |||||||||
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![]() | Marine bacteriophage / ![]() ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Protein of unknown function DUF2793 / Protein of unknown function (DUF2793) / Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Bacteriophage phiJL001, Gp84, N-terminal / GTA TIM-barrel-like domain / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / Uncharacterized conserved protein (DUF2163) / GTA TIM-barrel-like domain / Protein of unknown function DUF2460 ...Protein of unknown function DUF2793 / Protein of unknown function (DUF2793) / Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Bacteriophage phiJL001, Gp84, N-terminal / GTA TIM-barrel-like domain / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / Uncharacterized conserved protein (DUF2163) / GTA TIM-barrel-like domain / Protein of unknown function DUF2460 / Conserved hypothetical protein 2217 (DUF2460) / Tip attachment protein J / Putative phage tail protein / Glycoside hydrolase superfamily 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Huang Y / Sun H / Wei S / Zheng Q / Li S / Zhang R / Xia N | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure and proposed DNA delivery mechanism of a marine roseophage. 著者: Yang Huang / Hui Sun / Shuzhen Wei / Lanlan Cai / Liqin Liu / Yanan Jiang / Jiabao Xin / Zhenqin Chen / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Tingting Li / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Qingbing Zheng ...著者: Yang Huang / Hui Sun / Shuzhen Wei / Lanlan Cai / Liqin Liu / Yanan Jiang / Jiabao Xin / Zhenqin Chen / Yuqiong Que / Zhibo Kong / Tingting Li / Hai Yu / Jun Zhang / Ying Gu / Qingbing Zheng / Shaowei Li / Rui Zhang / Ningshao Xia / ![]() 要旨: Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene ...Tailed bacteriophages (order, Caudovirales) account for the majority of all phages. However, the long flexible tail of siphophages hinders comprehensive investigation of the mechanism of viral gene delivery. Here, we report the atomic capsid and in-situ structures of the tail machine of the marine siphophage, vB_DshS-R4C (R4C), which infects Roseobacter. The R4C virion, comprising 12 distinct structural protein components, has a unique five-fold vertex of the icosahedral capsid that allows genome delivery. The specific position and interaction pattern of the tail tube proteins determine the atypical long rigid tail of R4C, and further provide negative charge distribution within the tail tube. A ratchet mechanism assists in DNA transmission, which is initiated by an absorption device that structurally resembles the phage-like particle, RcGTA. Overall, these results provide in-depth knowledge into the intact structure and underlining DNA delivery mechanism for the ecologically important siphophages. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 229.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 39.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 226.2 MB 226.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34249_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34249_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C
超分子 | 名称: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2590919 / 生物種: Dinoroseobacter phage vB_DshS-R4C / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Major tail protein
分子 | 名称: Major tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.574816 KDa |
配列 | 文字列: MLKGKDGVVK NASTGDSIGH LQSWALDTQR DEVSGWGMGD DAERAFTTVG RASGNFEVYL DPADPSDDLE PGDLVDLELY PGGESTGSG YRSVAGALIL STAESASKDG IPMLTVNWRT SGALPQKATV S UniProtKB: Major tail protein |
-分子 #2: Distal tail protein
分子 | 名称: Distal tail protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.378309 KDa |
配列 | 文字列: MQFIDVEFPR DIAAGCQAVL TRRDEVVTLA SGREEVNSRW ADTRRSWDAG LGVRDEADLA QVVALFEEVR GRLYAFRFRD WLDWRTAAT RAPITATDQP LGLGDGSRTA FQVVKVYGAV NPYTRPLSLP HPGTVRVALD GVTQPSGWTL TAPGGVITFD T PPALGVTV ...文字列: MQFIDVEFPR DIAAGCQAVL TRRDEVVTLA SGREEVNSRW ADTRRSWDAG LGVRDEADLA QVVALFEEVR GRLYAFRFRD WLDWRTAAT RAPITATDQP LGLGDGSRTA FQVVKVYGAV NPYTRPLSLP HPGTVRVALD GVTQPSGWTL TAPGGVITFD T PPALGVTV TAGCSFDVPV RFSDPELAVQ WAYFREGQAG LAQAPSIPLI EVRLDP UniProtKB: ![]() |
-分子 #3: Megatron protein
分子 | 名称: Megatron protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 154.569125 KDa |
配列 | 文字列: MATVLLAAAG GAIGTSLGGA LFGISAAVIG QAVGGLIGQT IDARLSGGGT IKQTGPRLDS LEVMVSQEGT PLADISGRVA VAGTVIWAT KLEEIARTTS TRVGSGKSSQ KVKSTNFDYA ASFAVSLGEG PLNGIGRIFL DGQVRDLSEM ISENRVRFYP G TEDQEPDP ...文字列: MATVLLAAAG GAIGTSLGGA LFGISAAVIG QAVGGLIGQT IDARLSGGGT IKQTGPRLDS LEVMVSQEGT PLADISGRVA VAGTVIWAT KLEEIARTTS TRVGSGKSSQ KVKSTNFDYA ASFAVSLGEG PLNGIGRIFL DGQVRDLSEM ISENRVRFYP G TEDQEPDP LIEAIEGAAP AFRGTAYLVF ERLFLSDFGN RVPQVRVEVF GQSGEMEKGV TGVCVIPGST EFGYMPAPVR QQ SLDGADV VWEGPENCNR YSRISDWSLS MDHLKNTLPA VQTVSLVVAW FGTDLRAGLC RFEPRIELRA KRTSIEWIAA GLN RGSATE VSRDENDRPA FGSSPADVSV VRAIMDLKAR GFRVVLYPFV MMDVTADQAL PSPAGTGAQG AYPWRGRIMP DVTG GRVSD QIAALMGTAQ PDDFTAAVTR NKSGEISQVN LTCPGAPGDA GLRRFILHLA KLADIAGGVD AFLVGTEFRG LSQAW EPQT YADAYEFLNS SEGWFAQNAA RTHEPGSLLV SATARDPRLI SPPLSIDGAA ARWIEIEFDR TSAPVWEGNV YYMTED HGF AGAFRKVISD AEAPADGTRA RMLLDMHDLT LGGDDWRTST ITRLRFDFSS ESDAVFRIHA IRLGGGRRYP FVDALRD LA QDVDTILPTA KISYAADWSE YHSHQDAGDL TFHLDPLWAD PAIDFVGIDN YLPLSDWRQG ADHLDYDATS GRTTPYDL D YLKSNIEGGE YWDWFYASQE DRDTQTRTPI SDGSYGEPWV FRQKAIRDWH ANAHHNRTAG VRATTSTGWV PGSKPVWFT EYGCPAVDLG ANRPNVFAAA SSSESALPWY SSGLRDDFMQ RQYLRAMAEW WTANGAPAVD LANCQAWAWD ARPFPEFPLR PATWSDGPD WRLGHWLNGR AGAAPAAEAI TRRAITRHGL ISADIDTSRA YGQADGYAAP APLGLGDYAQ PFEVALGLQT T ETGGALVI EAKPAAPLAA DVIEADLVDT PAIYTLTRGA LEDTPAAAIV RFRDGLSDYE ITAARARIGA GKEGGSATAD LA LVLDGDR GNAAAEMVLR AALTSRESLS VTLPRSATTL RPGSLVEVTL GTEARRLFLV DRVVDGQARE VTLRGFDRAA YAP SGGVFK AARAGRLQGS TSSLTRFLDL PLLPGVDAPE WEGFIAAHAE PWPGAMLHSR GSTPEGSFTL AAEADARATI GRTT AALPP APAHVWTPGP LVVTLFSGAL VGRPDLDVLD GANALAIQHP DGWEVVQFRE ATLTADRTWR LEGLLRGQRG TDGIV GPAP LPAGAAVVAI DTALVAAGLS ADDPGRALWW RSGPDAASLA AAPLRPHTFT AAGLRAFPPA HLRAVVTGGG DTSLSW VPR SRLVGTTWPD NGAPIPSGEG LERYQVTIGP TAAPVRVILA DTPAATYTAA ERAADGIAAP FRVAVSQISE TTGPGPW IE TIVTE UniProtKB: ![]() |
-分子 #4: Hub protein
分子 | 名称: Hub protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 31.055357 KDa |
配列 | 文字列: MTDYTDHLAT GCTTLARCYI LTRRDGVVMG FTDHDRDIDL DGTRCAAGAA LDASTAARSL GITPDDMDAG GALSADAITE ADLRAGRYD GAQVEVWEVN WTDPAVRGRL GVYTIGQVER GPLAFRAELR TRPALWNRPE GRIHTALCDV DRLGDHRCKL A LGPWQSAA ...文字列: MTDYTDHLAT GCTTLARCYI LTRRDGVVMG FTDHDRDIDL DGTRCAAGAA LDASTAARSL GITPDDMDAG GALSADAITE ADLRAGRYD GAQVEVWEVN WTDPAVRGRL GVYTIGQVER GPLAFRAELR TRPALWNRPE GRIHTALCDV DRLGDHRCKL A LGPWQSAA TVIEADGADL IVSGLDETAS NIFDRGVLDW TGGANAGTGS DIRVARPVAG GVRVSLWSAP PFPITAGDTA NA TVGCDRT ADTCRNRFDN LANFRGFPLM PGESFISEYA RPGDPDQSGG SRYD UniProtKB: ![]() |
-分子 #5: Ribonuclease III
分子 | 名称: Ribonuclease III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.783799 KDa |
配列 | 文字列: MPTPFLALPL IAEGQAGQHV THNEALDMID ALAPRVVLSD SLATPPPAPP DRSAWIVPPG GSGFGGAGPG QIALRLGGVW HAITPAQGA RWRVLDRGAA VIWSGTSWRP ADVSGALGST LGLATIEATV TATGPSVTAP ALIPPRAIVL GVTSWTVQAV T GATSYRVG ...文字列: MPTPFLALPL IAEGQAGQHV THNEALDMID ALAPRVVLSD SLATPPPAPP DRSAWIVPPG GSGFGGAGPG QIALRLGGVW HAITPAQGA RWRVLDRGAA VIWSGTSWRP ADVSGALGST LGLATIEATV TATGPSVTAP ALIPPRAIVL GVTSWTVQAV T GATSYRVG VPGEPDKFGA SLGAAPGSSN IGVVGPFATY APTDVVVTAE GADFTGGTIG LAASVILPGA PV UniProtKB: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: trRosetta server |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称![]() |