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- EMDB-34158: Structure of the SbCas7-11-crRNA-NTR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34158
タイトルStructure of the SbCas7-11-crRNA-NTR complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: RAMP superfamily protein
    • RNA: RNA (32-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3')
  • リガンド: ZINC ION
キーワードComplex / RNA-binding / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性: / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA binding / RAMP superfamily protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yu G / Wang X / Deng Z / Zhang H
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071218 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Target RNA-guided protease activity in type III-E CRISPR-Cas system.
著者: Xiaoshen Wang / Guimei Yu / Yanan Wen / Qiyin An / Xuzichao Li / Fumeng Liao / Chengwei Lian / Kai Zhang / Hang Yin / Yong Wei / Zengqin Deng / Heng Zhang /
要旨: The type III-E CRISPR-Cas systems are newly identified adaptive immune systems in prokaryotes that use a single Cas7-11 protein to specifically cleave target RNA. Cas7-11 could associate with Csx29, ...The type III-E CRISPR-Cas systems are newly identified adaptive immune systems in prokaryotes that use a single Cas7-11 protein to specifically cleave target RNA. Cas7-11 could associate with Csx29, a putative caspase-like protein encoded by the gene frequently found in the type III-E loci, suggesting a functional linkage between the RNase and protease activities in type III-E systems. Here, we demonstrated that target RNA recognition would stimulate the proteolytic activity of Csx29, and protein Csx30 is the endogenous substrate. More interestingly, while the cognate target RNA recognition would activate Csx29, non-cognate target RNA with the complementary 3' anti-tag sequence inhibits the enzymatic activity. Csx30 could bind to the sigma factor RpoE, which may initiate the stress response after proteolytic cleavage. Combined with biochemical and structural studies, we have elucidated the mechanisms underlying the target RNA-guided proteolytic activity of Csx29. Our work will guide further developments leveraging this simple RNA targeting system for RNA and protein-related applications.
履歴
登録2022年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34158.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34158.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.5
最小 - 最大-37.297935000000003 - 56.937427999999997
平均 (標準偏差)0.000000000003875 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 285.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34158_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34158_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ternary complex

全体名称: ternary complex
要素
  • 複合体: ternary complex
    • タンパク質・ペプチド: RAMP superfamily protein
    • RNA: RNA (32-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3')
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: ternary complex

超分子名称: ternary complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)

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分子 #1: RAMP superfamily protein

分子名称: RAMP superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
分子量理論値: 197.173125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MNITVELTFF EPYRLVEWFD WDARKKSHSA MRGQAFAQWT WKGKGRTAGK SFITGTLVRS AVIKAVEELL SLNNGKWEGV PCCNGSFQT DESKGKKPSF LRKRHTLQWQ ANNKNICDKE EACPFCILLG RFDNAGKVHE RNKDYDIHFS NFDLDHKQEK N DLRLVDIA ...文字列:
MNITVELTFF EPYRLVEWFD WDARKKSHSA MRGQAFAQWT WKGKGRTAGK SFITGTLVRS AVIKAVEELL SLNNGKWEGV PCCNGSFQT DESKGKKPSF LRKRHTLQWQ ANNKNICDKE EACPFCILLG RFDNAGKVHE RNKDYDIHFS NFDLDHKQEK N DLRLVDIA SGRILNRVDF DTGKAKDYFR TWEADYETYG TYTGRITLRN EHAKKLLLAS LGFVDKLCGA LCRIEVIKKS ES PLPSDTK EQSYTKDDTV EVLSEDHNDE LRKQAEVIVE AFKQNDKLEK IRILADAIRT LRLHGEGVIE KDELPDGKEE RDK GHHLWD IKVQGTALRT KLKELWQSNK DIGWRKFTEM LGSNLYLIYK KETGGVSTRF RILGDTEYYS KAHDSEGSDL FIPV TPPEG IETKEWIIVG RLKAATPFYF GVQQPSDSIP GKEKKSEDSL VINEHASFNI LLDKENRYRI PRSALRGALR RDLRT AFGS GCNVSLGGQI LCNCKVCIEM RRITLKDSVS DFSEPPEIRY RIAKNPGTAT VEDGSLFDIE VGPEGLTFPF VLRYRG HKF PEQLSSVIRY WEENDGKNGM AWLGGLDSTG KGRFALKDIK IFEWDLNQKI NEYIKERGMR GKEKELLEMG ESSLPDG LI PYKFFEEREC LFPYKENLKP QWSEVQYTIE VGSPLLTADT ISALTEPGNR AAIAYKKRVY NDGNNAIEPE PRFAVKSE T HRGIFRTAVG RRTGDLGKED HEDCTCDMCI IFGNEHESSK IRFEDLELIN GNEFEKLEKH IDHVAIDRFT GGALDKAKF DTYPLAGSPK KPLKLKGRFW IKKGFSGDHK LLITTALSDI RDGLYPLGSK GGVGYGWVAG ISIDDNVPDD FKEMINKTEM PLPEEVEES NNGPINNDYV HPGHQSPKQD HKNKNIYYPH YFLDSGSKVY REKDIITHEE FTEELLSGKI NCKLETLTPL I IPDTSDEN GLKLQGNKPG HKNYKFFNIN GELMIPGSEL RGMLRTHFEA LTKSCFAIFG EDSTLSWRMN ADEKDYKIDS NS IRKMESQ RNPKYRIPDE LQKELRNSGN GLFNRLYTSE RRFWSDVSNK FENSIDYKRE ILRCAGRPKN YKGGIIRQRK DSL MAEELK VHRLPLYDNF DIPDSAYKAN DHCRKSATCS TSRGCRERFT CGIKVRDKNR VFLNAANNNR QYLNNIKKSN HDLY LQYLK GEKKIRFNSK VITGSERSPI DVIAELNERG RQTGFIKLSG LNNSNKSQGN TGTTFNSGWD RFELNILLDD LETRP SKSD YPRPRLLFTK DQYEYNITKR CERVFEIDKG NKTGYPVDDQ IKKNYEDILD SYDGIKDQEV AERFDTFTRG SKLKVG DLV YFHIDGDNKI DSLIPVRISR KCASKTLGGK LDKALHPCTG LSDGLCPGCH LFGTTDYKGR VKFGFAKYEN GPEWLIT RG NNPERSLTLG VLESPRPAFS IPDDESEIPG RKFYLHHNGW RIIRQKQLEI RETVQPERNV TTEVMDKGNV FSFDVRFE N LREWELGLLL QSLDPGKNIA HKLGKGKPYG FGSVKIKIDS LHTFKINSNN DKIKRVPQSD IREYINKGYQ KLIEWSGNN SIQKGNVLPQ WHVIPHIDKL YKLLWVPFLN DSKLEPDVRY PVLNEESKGY IEGSDYTYKK LGDKDNLPYK TRVKGLTTPW SPWNPFQVI AEHEEQEVNV TGSRPSVTDK IERDGKMV

UniProtKB: RAMP superfamily protein

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分子 #2: RNA (32-MER)

分子名称: RNA (32-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
分子量理論値: 10.058966 KDa
配列文字列:
ACUUAAUGUC ACGGUACCCA AUUUUCUGCC CC

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分子 #3: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3')
タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
分子量理論値: 14.915912 KDa
配列文字列:
CUCUAGUAAC AGCCGUGGAG UCCGGGGCAG AAAAUUGGGU GAUUAA

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細No further treatment.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2016303
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 442994
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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