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万見
- PDB-8gna: Structure of the SbCas7-11-crRNA-NTR complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gna
タイトルStructure of the SbCas7-11-crRNA-NTR complex
要素
  • RAMP superfamily protein
  • RNA (32-MER)
  • RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Complex / RNA-binding
機能・相同性: / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA / RNA (> 10) / RAMP superfamily protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Yu, G. / Wang, X. / Deng, Z. / Zhang, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071218 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Target RNA-guided protease activity in type III-E CRISPR-Cas system.
著者: Xiaoshen Wang / Guimei Yu / Yanan Wen / Qiyin An / Xuzichao Li / Fumeng Liao / Chengwei Lian / Kai Zhang / Hang Yin / Yong Wei / Zengqin Deng / Heng Zhang /
要旨: The type III-E CRISPR-Cas systems are newly identified adaptive immune systems in prokaryotes that use a single Cas7-11 protein to specifically cleave target RNA. Cas7-11 could associate with Csx29, ...The type III-E CRISPR-Cas systems are newly identified adaptive immune systems in prokaryotes that use a single Cas7-11 protein to specifically cleave target RNA. Cas7-11 could associate with Csx29, a putative caspase-like protein encoded by the gene frequently found in the type III-E loci, suggesting a functional linkage between the RNase and protease activities in type III-E systems. Here, we demonstrated that target RNA recognition would stimulate the proteolytic activity of Csx29, and protein Csx30 is the endogenous substrate. More interestingly, while the cognate target RNA recognition would activate Csx29, non-cognate target RNA with the complementary 3' anti-tag sequence inhibits the enzymatic activity. Csx30 could bind to the sigma factor RpoE, which may initiate the stress response after proteolytic cleavage. Combined with biochemical and structural studies, we have elucidated the mechanisms underlying the target RNA-guided proteolytic activity of Csx29. Our work will guide further developments leveraging this simple RNA targeting system for RNA and protein-related applications.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月25日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAMP superfamily protein
C: RNA (32-MER)
J: RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,4107
ポリマ－222,1483
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RAMP superfamily protein


分子量: 197173.125 Da / 分子数: 1 / 変異: T456A, D698A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
遺伝子: SCABRO_02597 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0EGF3
#2: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 10058.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*UP*UP*GP*GP*GP*U)-3')


分子量: 14915.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ternary complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Candidatus Scalindua brodae (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: No further treatment.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 2016303
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 442994 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00210568
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.49614516
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.8581845
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041624
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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