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- EMDB-34131: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH272 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34131
タイトルOmicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH272 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab
    • 複合体: TH027 Fab
      • タンパク質・ペプチド: TH272 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: TH272 Fab light chain
    • 複合体: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
キーワードCOVID-19 / spike glycoprotein / virus / VIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Guo Y / Zhang G / Liang J / Liu F / Rao Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870733 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery and characterization of potent pan-variant SARS-CoV-2 neutralizing antibodies from individuals with Omicron breakthrough infection.
著者: Yu Guo / Guangshun Zhang / Qi Yang / Xiaowei Xie / Yang Lu / Xuelian Cheng / Hui Wang / Jingxi Liang / Jielin Tang / Yuxin Gao / Hang Shang / Jun Dai / Yongxia Shi / Jiaxi Zhou / Jun Zhou / ...著者: Yu Guo / Guangshun Zhang / Qi Yang / Xiaowei Xie / Yang Lu / Xuelian Cheng / Hui Wang / Jingxi Liang / Jielin Tang / Yuxin Gao / Hang Shang / Jun Dai / Yongxia Shi / Jiaxi Zhou / Jun Zhou / Hangtian Guo / Haitao Yang / Jianwei Qi / Lijun Liu / Shihui Ma / Biao Zhang / Qianyu Huo / Yi Xie / Junping Wu / Fang Dong / Song Zhang / Zhiyong Lou / Yan Gao / Zidan Song / Wenming Wang / Zixian Sun / Xiaoming Yang / Dongsheng Xiong / Fengjiang Liu / Xinwen Chen / Ping Zhu / Ximo Wang / Tao Cheng / Zihe Rao /
要旨: The SARS-CoV-2 Omicron variant evades most currently approved neutralizing antibodies (nAbs) and caused drastic decrease of plasma neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, ...The SARS-CoV-2 Omicron variant evades most currently approved neutralizing antibodies (nAbs) and caused drastic decrease of plasma neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, urging the need for the development of pan-variant antivirals. Breakthrough infection induces a hybrid immunological response with potentially broad, potent and durable protection against variants, therefore, convalescent plasma from breakthrough infection may provide a broadened repertoire for identifying elite nAbs. We performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and BCR sequencing (scBCR-seq) of B cells from BA.1 breakthrough-infected patients who received 2 or 3 previous doses of inactivated vaccine. Elite nAbs, mainly derived from the IGHV2-5 and IGHV3-66/53 germlines, showed potent neutralizing activity across Wuhan-Hu-1, Delta, Omicron sublineages BA.1 and BA.2 at picomolar NT values. Cryo-EM analysis revealed diverse modes of spike recognition and guides the design of cocktail therapy. A single injection of paired antibodies cocktail provided potent protection in the K18-hACE2 transgenic female mouse model of SARS-CoV-2 infection.
履歴
登録2022年8月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34131.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å		0.82 Å/pix.
x 512 pix.
= 419.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-1.2102119 - 3.7498732
平均 (標準偏差)-0.00067496457 (±0.027790138)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 419.84 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34131_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34131_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34131_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab

全体名称: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab
要素
  • 複合体: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab
    • 複合体: TH027 Fab
      • タンパク質・ペプチド: TH272 Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: TH272 Fab light chain
    • 複合体: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein

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超分子 #1: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab

超分子名称: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: TH027 Fab

超分子名称: TH027 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S

超分子名称: Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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分子 #1: TH272 Fab heavy chain

分子名称: TH272 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.160948 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QITLKESGPT LVKPTQTLTL TCTFSGFSLS TGGVSVGWIR QPPGKALEWL ALIYWDDDKR YSPSLESRLT ITKDTSKNLV VLTLTNMDP VDTATYYCAH KTIPTIFDYW GQGTLVTVSS

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分子 #2: TH272 Fab light chain

分子名称: TH272 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.466591 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSALTQPASV SGSPGQSITI SCTATSSDVG AYQYVSWYQQ YPGKAPKLMI YEVSKRPSGV SNRFSGSKSG NTASLTISGL QAEDDAYYY CNSYTTSSVV FGGGTKLTVL

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分子 #3: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Omicron BA.5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 142.592938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列:
MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLDVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLGRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFDEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNFAPFFA FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGN EVSQIAPGQT GNIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNKLDSKV GGNYNYRYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GNKPC NGVA GVNCYFPLQS YGFRPTYGVG HQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ GVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEYVNSSYEC DIPIGAGICA SYQTQTKSHG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLKRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKYFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNHNAQAL N TLVKQLSS KFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVFLST FLSGLEVLFQ GPGGWSHPQF EKGGGSGGGS GGSAWSHPQF EKGGS HHHH HHHH

UniProtKB: Spike glycoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 221230
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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