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万見
- EMDB-3410: cryo-EM of nanoscale DNA assemblies -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3410
タイトルcryo-EM of nanoscale DNA assemblies
マップデータReconstruction of a DNA octahedron object
試料
  • 試料: DNA octahedron, 52-bp edge length
  • DNA: M13mp18 phage genome segment
  • DNA: Synthetic DNA oligonucleotides
キーワードScaffolded DNA origami
生物種Enterobacteria phage M13 (ファージ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Zhang K / Chiu W / Veneziano R / Ratanalert S / Zhang F / Yan H / Bathe M
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: Designer nanoscale DNA assemblies programmed from the top down.
著者: Rémi Veneziano / Sakul Ratanalert / Kaiming Zhang / Fei Zhang / Hao Yan / Wah Chiu / Mark Bathe /
要旨: Scaffolded DNA origami is a versatile means of synthesizing complex molecular architectures. However, the approach is limited by the need to forward-design specific Watson-Crick base pairing manually ...Scaffolded DNA origami is a versatile means of synthesizing complex molecular architectures. However, the approach is limited by the need to forward-design specific Watson-Crick base pairing manually for any given target structure. Here, we report a general, top-down strategy to design nearly arbitrary DNA architectures autonomously based only on target shape. Objects are represented as closed surfaces rendered as polyhedral networks of parallel DNA duplexes, which enables complete DNA scaffold routing with a spanning tree algorithm. The asymmetric polymerase chain reaction is applied to produce stable, monodisperse assemblies with custom scaffold length and sequence that are verified structurally in three dimensions to be high fidelity by single-particle cryo-electron microscopy. Their long-term stability in serum and low-salt buffer confirms their utility for biological as well as nonbiological applications.
履歴
登録2016年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月4日-
マップ公開2016年6月15日-
更新2016年7月13日-
現状2016年7月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3410.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3410.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a DNA octahedron object
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 642.56 Å		2.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 642.56 Å		2.51 Å/pix.
x 256 pix.
= 642.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.51 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-0.76278681 - 3.5113132
平均 (標準偏差)0.02427775 (±0.20358118)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-128-128-128
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 642.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.512.512.51
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z642.560642.560642.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-128-128-128
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.7633.5110.024

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA octahedron, 52-bp edge length

全体名称: DNA octahedron, 52-bp edge length
要素
  • 試料: DNA octahedron, 52-bp edge length
  • DNA: M13mp18 phage genome segment
  • DNA: Synthetic DNA oligonucleotides

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超分子 #1000: DNA octahedron, 52-bp edge length

超分子名称: DNA octahedron, 52-bp edge length / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: Monodisperse and pure sample were prepared by overnight folding reaction and purified using centrifugal filter (MWCO 100KDa)
集合状態: monomer / Number unique components: 2
分子量実験値: 940 KDa / 理論値: 940 KDa / 手法: Calculation

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分子 #1: M13mp18 phage genome segment

分子名称: M13mp18 phage genome segment / タイプ: dna / ID: 1 / Name.synonym: Scaffold strand / 詳細: amplified using assymetric PCR / 分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage M13 (ファージ) / 株: M13mp18 / 別称: M13 phage
分子量実験値: 520 KDa / 理論値: 520 KDa
配列文字列: GCGACGATTT ACAGAAGCAA GGTTATTCAC TCACATATAT TGATTTATGT ACTGTTTCCA TTAAAAAAGG TAATTCAAAT GAAATTGTTA AATGTAATTA ATTTTGTTTT CTTGATGTTT GTTTCATCAT CTTCTTTTGC TCAGGTAATT GAAATGAATA ATTCGCCTCT ...文字列:
GCGACGATTT ACAGAAGCAA GGTTATTCAC TCACATATAT TGATTTATGT ACTGTTTCCA TTAAAAAAGG TAATTCAAAT GAAATTGTTA AATGTAATTA ATTTTGTTTT CTTGATGTTT GTTTCATCAT CTTCTTTTGC TCAGGTAATT GAAATGAATA ATTCGCCTCT GCGCGATTTT GTAACTTGGT ATTCAAAGCA ATCAGGCGAA TCCGTTATTG TTTCTCCCGA TGTAAAAGGT ACTGTTACTG TATATTCATC TGACGTTAAA CCTGAAAATC TACGCAATTT CTTTATTTCT GTTTTACGTG CTAATAATTT TGATATGGTT GGTTCAATTC CTTCCATAAT TCAGAAGTAT AATCCAAACA ATCAGGATTA TATTGATGAA TTGCCATCAT CTGATAATCA GGAATATGAT GATAATTCCG CTCCTTCTGG TGGTTTCTTT GTTCCGCAAA ATGATAATGT TACTCAAACT TTTAAAATTA ATAACGTTCG GGCAAAGGAT TTAATACGAG TTGTCGAATT GTTTGTAAAG TCTAATACTT CTAAATCCTC AAATGTATTA TCTATTGACG GCTCTAATCT ATTAGTTGTT AGTGCACCTA AAGATATTTT AGATAACCTT CCTCAATTCC TTTCTACTGT TGATTTGCCA ACTGACCAGA TATTGATTGA GGGTTTGATA TTTGAGGTTC AGCAAGGTGA TGCTTTAGAT TTTTCATTTG CTGCTGGCTC TCAGCGTGGC ACTGTTGCAG GCGGTGTTAA TACTGACCGC CTCACCTCTG TTTTATCTTC TGCTGGTGGT TCGTTCGGTA TTTTTAATGG CGATGTTTTA GGGCTATCAG TTCGCGCATT AAAGACTAAT AGCCATTCAA AAATATTGTC TGTGCCACGT ATTCTTACGC TTTCAGGTCA GAAGGGTTCT ATCTCTGTTG GCCAGAATGT CCCTTTTATT ACTGGTCGTG TGACTGGTGA ATCTGCCAAT GTAAATAATC CATTTCAGAC GATTGAGCGT CAAAATGTAG GTATTTCCAT GAGCGTTTTT CCTGTTGCAA TGGCTGGCGG TAATATTGTT CTGGATATTA CCAGCAAGGC CGATAGTTTG AGTTCTTCTA CTCAGGCAAG TGATGTTATT ACTAATCAAA GAAGTATTGC TACAACGGTT AATTTGCGTG ATGGACAGAC TCTTTTACTC GGTGGCCTCA CTGATTATAA AAACACTTCT CAAGATTCTG GCGTACCGTT CCTGTCTAAA ATCCCTTTAA TCGGCCTCCT GTTTAGCTCC CGCTCTGATT CCAACGAGGA AAGCACGTTA TACGTGCTCG TCAAAGCAAC CATAGTACGC GCCCTGTAGC GGCGCATTAA GCGCGGCGGG TGTGGTGGTT ACGCGCAGCG TGACCGCTAC ACTTGCCAGC GCCCTAGCGC CCGCTCCTTT CGCTTTCTTC CCTTCCTTTC TCGCCACGTT CGCCGGCTTT CCCCGTCAAG CTCTAAATCG GGGGCTCCCT TTAGGGTTCC GATTTAGTGC TTTACGGCAC CTCGACCCCA AAAAACTTGA TTTGGGTGAT GGTTCACGTA GTGGGCCATC GCCCTGATAG ACGGTTTTTC GCCCTT

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分子 #2: Synthetic DNA oligonucleotides

分子名称: Synthetic DNA oligonucleotides / タイプ: dna / ID: 2 / Name.synonym: Staple strand
詳細: TAGAGCCGTCATTTTTATAGATAATACTGGCCAACAGTTTTTAGATAGAACC CCAGTAATAATTTAGAAGTATTAGACTTTACCAGTCACACGA AAGGGACATTCATTTGAGGA TTAATGGAAACTTTTTAGTACATAAAAATAACGGATTTTTTTCGCCTGATTG ...詳細: TAGAGCCGTCATTTTTATAGATAATACTGGCCAACAGTTTTTAGATAGAACC CCAGTAATAATTTAGAAGTATTAGACTTTACCAGTCACACGA AAGGGACATTCATTTGAGGA TTAATGGAAACTTTTTAGTACATAAAAATAACGGATTTTTTTCGCCTGATTG CCTTTTACATTGAGTGAATAACCAAAGGGATCAGTAACAGTA CGGGAGAAACTCAATATATG TTTAGACAGGATTTTTACGGTACGCCTATTTACATTGTTTTTGCAGATTCAC AAGTGTTTTTGCTCAATCGTCTGAAATGGATAGAATCTTGAG ATAATCAGTGACATTTTGAC AAACAATTCGATTTTTCAACTCGTATGTTTAACGTCATTTTTGATGAATATA CCCGAACGTTAGAAATTGCGTAGATTTTCAGTAAATCCTTTG ATTAATTTTAACAGAAATAA CACAGACAATATTTTTTTTTTGAATGATTGAGGAAGGTTTTTTTATCTAAAA CAAATCAACATTTAATGCGCGAACTGATAGCTGGTCAGTTGG GTAGAAAGGAGCTATTAGTC AGGCGAATTATTTTTTTCATTTCAATTCAAGAAAACATTTTTAAATTAATTA AACAAACATACCTGAGCAAAAGAAACAGTGC CACGCTGATTAACACCGCCTGCAGATGATGA CCTAAAACATCTTTTTGCCATTAAAAACAGAGGTGAGTTTTTGCGGTCAGTA CAAACTATATCACTTGCCTGAGTACCAGCAG AAGATAAAATACCGAACGAACCAGAAGAACT GAGCCAGCAGCTTTTTAAATGAAAAAATCAAACCCTCTTTTTAATCAATATC AATATAATATTATCAGATGATGGCTGCTGAA CCTCAAATTCTAAAGCATCACCTAATTCATC CGGCCTTGCTGTTTTTGTAATATCCAAAAACGCTCATTTTTTGGAAATACCT CAACAGGAGAACAATATTACCGCCCGTAAGA ATACGTGGCTTCTGACCTGAAAGAGCCATTG AAAGTTTGAGTTTTTTAACATTATCAGGAATTATCATTTTTTCATATTCCTG GAAGGAGCTTTTGCGGAACAAAGATAACAAC TAATAGATTATCTTTAGGTGCACAACCACCA AGGCCACCGAGTTTTTTAAAAGAGTCACTTCTTTGATTTTTTTAGTAATAAC GTAGCAATTGTCCATCACGCAAATTTTGAAT TACCTTTTCATTTAACAATTTCATAACCGTT CCTGATTGTTTTTTTTGGATTATACTTCAAAATTATTTTTTTAGCACGTAAA CAACCATATCTGAATTATGGAAGGTACAAAA TCGCGCAGCTTTGAATACCAAGTAATTGAAC
分類: DNA / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: Yes
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量実験値: 420 KDa / 理論値: 420 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 40 mM Tris-HCl, 20 mM acetic acid, 2 mM EDTA
グリッド詳細: glow-discharged 200-mesh R1.2/1.3 Quantifoil grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 1.5 second before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: JEOL
詳細5k * 4k
日付2015年9月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
実像数: 100 / 平均電子線量: 63 e/Å2
詳細: Every image is the average of 60 frames recorded by the direct electron detecto
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 25000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected manually using EMAN2
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 2678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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