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- EMDB-34091: TLR7 in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34091
タイトルTLR7 in complex with an inhibitor
マップデータ
試料
  • 複合体: TLR7 in complex with an inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2R,6R)-4-(8-cyanoquinolin-5-yl)-N-[(3S,4R)-4-fluoranylpyrrolidin-3-yl]-6-methyl-morpholine-2-carboxamide
キーワードTLR7 / antagonist / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production ...toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of protein phosphorylation / cellular response to virus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / double-stranded RNA binding / defense response to virus / lysosome / single-stranded RNA binding / receptor complex / endosome / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype ...TIR domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Toll-like receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Zhang Z / Ohto U / Shimizu T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TLR7 in complex with an inhibitor
著者: Zhang Z / Shimizu T
履歴
登録2022年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34091.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34091.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 160 pix.
= 199.2 Å		1.25 Å/pix.
x 160 pix.
= 199.2 Å		1.25 Å/pix.
x 160 pix.
= 199.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.269882 - 0.40243375
平均 (標準偏差)0.00010288662 (±0.016879184)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 199.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_34091_additional_1.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34091_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34091_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TLR7 in complex with an inhibitor

全体名称: TLR7 in complex with an inhibitor
要素
  • 複合体: TLR7 in complex with an inhibitor
    • タンパク質・ペプチド: Toll-like receptor 7
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (2R,6R)-4-(8-cyanoquinolin-5-yl)-N-[(3S,4R)-4-fluoranylpyrrolidin-3-yl]-6-methyl-morpholine-2-carboxamide

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超分子 #1: TLR7 in complex with an inhibitor

超分子名称: TLR7 in complex with an inhibitor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Toll-like receptor 7

分子名称: Toll-like receptor 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 111.561273 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MKLCILLAVV AFVGLSLGRS PWARWFPKTL PCDVTLDVSK NHVIVDCTDK HLTEIPGGIP TNTTNLTLTI NHIPDISPAS FHRLVHLVE IDFRCNCVPI RLGSKSNMCP RRLQIKPRSF SGLTYLKSLY LDGNQLLEIP QGLPPSLQLL SLEANNIFSI R KEQLTELA ...文字列:
MKLCILLAVV AFVGLSLGRS PWARWFPKTL PCDVTLDVSK NHVIVDCTDK HLTEIPGGIP TNTTNLTLTI NHIPDISPAS FHRLVHLVE IDFRCNCVPI RLGSKSNMCP RRLQIKPRSF SGLTYLKSLY LDGNQLLEIP QGLPPSLQLL SLEANNIFSI R KEQLTELA NIEILYLGQN CYYRNPCYVS YSIEKDAFLN LTKLKVLSLK DNNVTTVPTV LPSTLTELYL YNNMIAEIQE DD FNNLNQL QILDLSGNCP RCYNAPFPCT PCKNNSPLQI PVNAFDALTE LKVLRLHSNS LQHVPPRWFK NINNLQELDL SQN FLAKEI GDAKFLHFLP NLIQLDLSFN FELQVYRASM NLSQAFSSLK SLKILRIRGY VFKELKSFQL SPLHNLQNLE VLDL GTNFI KIANLSMFKQ FKRLKVIDLS VNKISPSGDS LVPRGSSNAR TSVESYEPQV LEQLYYFRYD KYARSCRFKN KEASF TSVQ ESCYKYGQTL DLSKNSIFFI KSSDFQHLSF LKCLNLSGNL ISQTLNGSEF QPLAELRYLD FSNNRLDLLH STAFEE LRK LEVLDISSNS HYFQSEGITH MLNFTKNLKV LQKLMMNDND ISSSTSRTME SESLRTLEFR GNHLDVLWRD GDNRYLQ LF KNLLKLEELD ISKNSLSFLP SGVFDGMPPN LKNLSLAKNG LKSFIWEKLR YLKNLETLDL SHNQLTTVPE RLSNCSRS L KNLILKNNQI RSLTKYFLQD AFQLRYLDLS SNKIQMIQKT SFPENVLNNL KMLLLHHNRF LCTCDAVWFV WWVQHTEVT IPYLATDVTC VGPGAHKGQS VISLDLYTCE LDLTNEFLVP RGSAAQHDEA VDNKFNKEQQ NAFYEILHLP NLNEEQRNAF IQSLKDDPS QSANLLAEAK KLNDAQAPKV DNKFNKEQQN AFYEILHLPN LNEEQRNAFI QSLKDDPSQS ANLLAEAKKL N DAQAPKVD ANSSSVP

UniProtKB: Toll-like receptor 7

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: (2R,6R)-4-(8-cyanoquinolin-5-yl)-N-[(3S,4R)-4-fluoranylpyrrolidin...

分子名称: (2R,6R)-4-(8-cyanoquinolin-5-yl)-N-[(3S,4R)-4-fluoranylpyrrolidin-3-yl]-6-methyl-morpholine-2-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: JRI
分子量理論値: 383.419 Da
Chemical component information

ChemComp-JRI:
(2R,6R)-4-(8-cyanoquinolin-5-yl)-N-[(3S,4R)-4-fluoranylpyrrolidin-3-yl]-6-methyl-morpholine-2-carboxamide

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 4.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 61.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 91789
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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