+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34076 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | GluK1-1a in nanodisc captured in SYM2081 bound desensitized state | |||||||||
マップデータ | GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Kainate receptor / GluK1-1a splice variant / nanodisc / SYM2081 bound / desensitized state / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 kainate selective glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / synaptic transmission, glutamatergic / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / postsynaptic density membrane / modulation of chemical synaptic transmission / presynaptic membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Dhingra S / Kumar J | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2023 タイトル: Functional Implications of the Exon 9 Splice Insert in GluK1 Kainate Receptors 著者: Dhingra S / Chopade PM / Vinnakota R / Kumar J | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34076.map.gz | 57.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-34076-v30.xml emd-34076.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34076.png | 67.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34076.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_34076_half_map_1.map.gz emd_34076_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34076 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34076_validation.pdf.gz | 902.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_34076_full_validation.pdf.gz | 902.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34076_validation.xml.gz | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34076_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34076 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.41 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state halfmap A
ファイル | emd_34076_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state_halfmap_A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state halfmap B
ファイル | emd_34076_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | GluK1-1a nanodisc captured in desensitized state_halfmap_B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081
全体 | 名称: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081
超分子 | 名称: Complex of GluK1-1a in lipid nanodisc with SYM2081 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: EGFP is covalently conjugated to the C-terminus of GluK1-1a. MSP1E3D1 soybean polar lipid nanodisc used. |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
-分子 #1: Glutamate receptor
分子 | 名称: Glutamate receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: L838-S843 correspond to Thrombin recognition site, A844-A847 correspond to Ala linker, V848-S1090 correspond to enhanced green fluorescent protein (EGFP), H1091-H1098 correspond to Octa-His affinity tag. コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 124.527125 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVLRIGGIFE TVENEPVNVE ELAFKFAVTS INRNRTLMPN TTLTYDIQRI NLFDSFEASR RACDQLALGV AALFGPSHSS SVSAVQSIC NALEVPHIQT RWKHPSVDSR DLFYINLYPD YAAISRAVLD LVLYYNWKTV TVVYEDSTGL IRLQELIKAP S RYNIKIKI ...文字列: QVLRIGGIFE TVENEPVNVE ELAFKFAVTS INRNRTLMPN TTLTYDIQRI NLFDSFEASR RACDQLALGV AALFGPSHSS SVSAVQSIC NALEVPHIQT RWKHPSVDSR DLFYINLYPD YAAISRAVLD LVLYYNWKTV TVVYEDSTGL IRLQELIKAP S RYNIKIKI RQLPPANKDA KPLLKEMKKS KEFYVIFDCS HETAAEILKQ ILFMGMMTEY YHYFFTTLDL FALDLELYRY SG VNMTGFR LLNIDNPHVS SIIEKWSMER LQAPPRPETG LLDGMMTTEA ALMYDAVYMV AIASHRASQL TVSSLQCHRH KPW RLGPRF MNLIKEARWD GLTGRITFNK TDGLRKDFDL DIISLKEEGT EKASGEVSKH LYKVWKKIGI WNSNSGLNMT DGNR DRSNN ITDSLANRTL IVTTILEEPY VMYRKSDKPL YGNDRFEGYC LDLLKELSNI LGFLYDVKLV PDGKYGAQND KGEWN GMVK ELIDHRADLA VAPLTITYVR EKVIDFSKPF MTLGISILYR KPNGTNPGVF SFLNPLSPDI WMYVLLAYLG VSVVLF VIA RFTPYEWYNP HPCNPDSDVV ENNFTLLNSF WFGVGALMQQ GSELMPKALS TRIVGGIWWF FTLIIISSYT ANLAAFL TV ERMESPIDSA DDLAKQTKIE YGAVRDGSTM TFFKKSKIST YEKMWAFMSS RQQSALVKNS DEGIQRVLTT DYALLMES T SIEYVTQRNC NLTQIGGLID SKGYGVGTPI GSPYRDKITI AILQLQEEGK LHMMKEKWWR GNGCPEEDSK EASALGVEN IGGIFIVLAA GLVLSVFVAI GEFLYKSRKN NDVEQHYLVP RGSAAAAVSK GEELFTGVVP ILVELDGDVN GHKFSVSGEG EGDATYGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKQHD FFKSAMPEGY VQERTIFFKD DGNYKTRAEV K FEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI KVNFKIRHNI EDGSVQLADH YQQNTPIGDG PV LLPDNHY LSTQSKLSKD PNEKRDHMVL LEFVTAAGIT LGMDELYKSG LRSHHHHHHH H UniProtKB: Glutamate receptor |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.87 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 40.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: Unpublished coordinates for the amino-terminal domain model 3C32 used for ligand binding domain model 5KUF used for the trans-membrane domain model |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24531 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |