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万見
- EMDB-34066: F1-ATPase of Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34066
タイトルF1-ATPase of Acinetobacter baumannii
マップデータComposite map of consensus maps 1 and 2
試料
  • 複合体: F1-ATPase of Acinetobacter baumannii
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase gamma chain
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードF1-ATPase / Acinetobacter baumannii / Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : ...ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / : / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / C-terminal domain of V and A type ATP synthase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit alpha / ATP synthase gamma chain / ATP synthase subunit beta / ATP synthase epsilon chain
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア) / Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Saw W-G / Grueber G
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: FASEB J / 年: 2023
タイトル: Atomic insights of an up and down conformation of the Acinetobacter baumannii F -ATPase subunit ε and deciphering the residues critical for ATP hydrolysis inhibition and ATP synthesis.
著者: Wuan-Geok Saw / Khoa Cong Minh Le / Joon Shin / Jes Hui Min Kwek / Chui Fann Wong / Priya Ragunathan / Tuck Choy Fong / Volker Müller / Gerhard Grüber /
要旨: The Acinetobacter baumannii F F -ATP synthase (α :β :γ:δ:ε:a:b :c ), which is essential for this strictly respiratory opportunistic human pathogen, is incapable of ATP-driven proton ...The Acinetobacter baumannii F F -ATP synthase (α :β :γ:δ:ε:a:b :c ), which is essential for this strictly respiratory opportunistic human pathogen, is incapable of ATP-driven proton translocation due to its latent ATPase activity. Here, we generated and purified the first recombinant A. baumannii F -ATPase (AbF -ATPase) composed of subunits α :β :γ:ε, showing latent ATP hydrolysis. A 3.0 Å cryo-electron microscopy structure visualizes the architecture and regulatory element of this enzyme, in which the C-terminal domain of subunit ε (Abε) is present in an extended position. An ε-free AbF -ɑβγ complex generated showed a 21.5-fold ATP hydrolysis increase, demonstrating that Abε is the major regulator of AbF -ATPase's latent ATP hydrolysis. The recombinant system enabled mutational studies of single amino acid substitutions within Abε or its interacting subunits β and γ, respectively, as well as C-terminal truncated mutants of Abε, providing a detailed picture of Abε's main element for the self-inhibition mechanism of ATP hydrolysis. Using a heterologous expression system, the importance of Abε's C-terminus in ATP synthesis of inverted membrane vesicles, including AbF F -ATP synthases, has been explored. In addition, we are presenting the first NMR solution structure of the compact form of Abε, revealing interaction of its N-terminal β-barrel and C-terminal ɑ-hairpin domain. A double mutant of Abε highlights critical residues for Abε's domain-domain formation which is important also for AbF -ATPase's stability. Abε does not bind MgATP, which is described to regulate the up and down movements in other bacterial counterparts. The data are compared to regulatory elements of F -ATPases in bacteria, chloroplasts, and mitochondria to prevent wasting of ATP.
履歴
登録2022年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月21日-
マップ公開2023年6月21日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of consensus maps 1 and 2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 348 pix.
= 298.723 Å		0.86 Å/pix.
x 348 pix.
= 298.723 Å		0.86 Å/pix.
x 348 pix.
= 298.723 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8584 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0065
最小 - 最大-0.013486429 - 0.037063792
平均 (標準偏差)0.00008525959 (±0.0010256354)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 298.7232 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34066_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_34066_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus map 1

ファイルemd_34066_additional_1.map
注釈Consensus map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus map 2

ファイルemd_34066_additional_2.map
注釈Consensus map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus map 2 half map 1

ファイルemd_34066_additional_3.map
注釈Consensus map 2 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Consensus map 2 half map 2

ファイルemd_34066_additional_4.map
注釈Consensus map 2 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Consensus map 1 half map 2

ファイルemd_34066_half_map_1.map
注釈Consensus map 1 half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Consensus map 1 half map 1

ファイルemd_34066_half_map_2.map
注釈Consensus map 1 half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : F1-ATPase of Acinetobacter baumannii

全体名称: F1-ATPase of Acinetobacter baumannii
要素
  • 複合体: F1-ATPase of Acinetobacter baumannii
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase epsilon chain
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase gamma chain
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: F1-ATPase of Acinetobacter baumannii

超分子名称: F1-ATPase of Acinetobacter baumannii / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) / 株: AB5075
分子量理論値: 363.5 KDa

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分子 #1: ATP synthase subunit alpha

分子名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) / 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377
分子量理論値: 55.452906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MQQLNPSEIS ALIKQRIGDL DTSATAKNEG TIVMVSDGIV RIHGLADAMY GEMIEFDGGL FGMALNLEQD SVGAVVLGNY LSLQEGQKA RCTGRVLEVP VGPELLGRVV DALGNPIDGK GPIDAKLTDA VEKVAPGVIW RQSVDQPVQT GYKSVDTMIP V GRGQRELI ...文字列:
MQQLNPSEIS ALIKQRIGDL DTSATAKNEG TIVMVSDGIV RIHGLADAMY GEMIEFDGGL FGMALNLEQD SVGAVVLGNY LSLQEGQKA RCTGRVLEVP VGPELLGRVV DALGNPIDGK GPIDAKLTDA VEKVAPGVIW RQSVDQPVQT GYKSVDTMIP V GRGQRELI IGDRQTGKTA MAIDAIIAQK NSGIKCVYVA IGQKQSTIAN VVRKLEETGA MAYTTVVAAA AADPAAMQYL AP YSGCTMG EYFRDRGEDA LIIYDDLSKQ AVAYRQISLL LRRPPGREAY PGDVFYLHSR LLERASRVSA EYVEKFTNGA VTG KTGSLT ALPIIETQAG DVSAFVPTNV ISITDGQIFL ETSLFNAGIR PAVNAGISVS RVGGSAQTKI IKKLSGGIRT ALAQ YRELA AFAQFASDLD EATRKQLEHG QRVTELMKQK QYAPYSIADQ AVSVYASNEG YMADVEVKKI VDFDAALIAY FRSEY APLM KQIDETGDYN KDIEAAIKAG IESFKATQTY

UniProtKB: ATP synthase subunit alpha

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分子 #2: ATP synthase subunit beta

分子名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア)
分子量理論値: 51.156055 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSSG RIIQIIGAVI DVEFERTSVP KIYDALQVDG TETTLEVQQQ LGDGVVRTIA MGSTEGLKRG LTVTSTNAPI SVPVGTATL GRIMDVLGRP IDEAGPVATE ERLPIHRQAP SYAEQAASTD LLETGIKVID LLCPFAKGGK VGLFGGAGVG K TVNMMELI ...文字列:
MHHHHHHSSG RIIQIIGAVI DVEFERTSVP KIYDALQVDG TETTLEVQQQ LGDGVVRTIA MGSTEGLKRG LTVTSTNAPI SVPVGTATL GRIMDVLGRP IDEAGPVATE ERLPIHRQAP SYAEQAASTD LLETGIKVID LLCPFAKGGK VGLFGGAGVG K TVNMMELI NNIAKAHSGL SVFAGVGERT REGNDFYHEM KDSNVLDKVA MVYGQMNEPP GNRLRVALTG LTMAEYFRDE KD ENGKGRD VLLFVDNIYR YTLAGTEVSA LLGRMPSAVG YQPTLAEEMG VLQERITSTK SGSITSIQAV YVPADDLTDP SPA TTFAHL DATVVLSRDI ASSGIYPAID PLDSTSRQLD PLVVGQEHYE IARAVQNVLQ RYKELKDIIA ILGMDELAEE DKLV VYRAR KIQRFFSQPF HVAEVFTGAP GKLVPLKETI RGFKGLLAGE YDHIPEQAFY MVGGIDEVIA KAEKL

UniProtKB: ATP synthase subunit beta

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分子 #3: ATP synthase epsilon chain

分子名称: ATP synthase epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) / 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377
分子量理論値: 14.551682 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MATMQCDVVS VKESIYSGAV TMLIAKGAGG ELGILPGHAP LVTLLQPGPI RVLLENGTEE IVYVSGGVLE VQPHVVTVLA DTAIRADNL DEAAILEARK NAEQLLANQK SDLDSAAALA ALAETAAQLE TIRKIKNRAQ

UniProtKB: ATP synthase epsilon chain

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分子 #4: ATP synthase gamma chain

分子名称: ATP synthase gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Acinetobacter baumannii AB5075 (バクテリア) / 株: ATCC 17978 / CIP 53.77 / LMG 1025 / NCDC KC755 / 5377
分子量理論値: 32.135037 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MANLKEIRAK VASIKSTQKI TRAMQMVAAS KMRRAQERMA QGRPYADNMR RVIAHLVQAN PEYKHRYMVD RPVKRVGYII VSSDRGLAG GLNINLFKKV VQHVKAQQEQ SIEVQFALIG QKAVSFFKNY GGKVLGATTQ IGDAPSLEQL TGSVQVMLDA F DKGELDRI ...文字列:
MANLKEIRAK VASIKSTQKI TRAMQMVAAS KMRRAQERMA QGRPYADNMR RVIAHLVQAN PEYKHRYMVD RPVKRVGYII VSSDRGLAG GLNINLFKKV VQHVKAQQEQ SIEVQFALIG QKAVSFFKNY GGKVLGATTQ IGDAPSLEQL TGSVQVMLDA F DKGELDRI YLVSNGFVNA MTQKPKVEQL VPLAPAEEGD DLNRTYGWDY IYEPEAEELL NGLLVRYIES MVYQGVIENV AC EQSARMV AMKAATDNAG QLIKDLQLIY NKLRQAAITQ EISEIVGGAA AV

UniProtKB: ATP synthase gamma chain

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris-HClTris hydrochloride
150.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5455 / 平均電子線量: 64.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1729782
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 139535
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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