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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3406 | |||||||||
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タイトル | Eilat virus/Chikungunya virus chimeric vaccine candidate | |||||||||
マップデータ | Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera | |||||||||
試料 |
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キーワード | alphavirus / virion / Togaviridae / vaccine | |||||||||
生物種 | Eilat virus/Chikungunya virus chimera | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Kaelber JT / Erasmus JH / Kim DY / Frolov I / Nasar F / Weaver SC / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Med / 年: 2017 タイトル: A chikungunya fever vaccine utilizing an insect-specific virus platform. 著者: Jesse H Erasmus / Albert J Auguste / Jason T Kaelber / Huanle Luo / Shannan L Rossi / Karla Fenton / Grace Leal / Dal Y Kim / Wah Chiu / Tian Wang / Ilya Frolov / Farooq Nasar / Scott C Weaver / 要旨: Traditionally, vaccine development involves tradeoffs between immunogenicity and safety. Live-attenuated vaccines typically offer rapid and durable immunity but have reduced safety when compared to ...Traditionally, vaccine development involves tradeoffs between immunogenicity and safety. Live-attenuated vaccines typically offer rapid and durable immunity but have reduced safety when compared to inactivated vaccines. In contrast, the inability of inactivated vaccines to replicate enhances safety at the expense of immunogenicity, often necessitating multiple doses and boosters. To overcome these tradeoffs, we developed the insect-specific alphavirus, Eilat virus (EILV), as a vaccine platform. To address the chikungunya fever (CHIKF) pandemic, we used an EILV cDNA clone to design a chimeric virus containing the chikungunya virus (CHIKV) structural proteins. The recombinant EILV/CHIKV was structurally identical at 10 Å to wild-type CHIKV, as determined by single-particle cryo-electron microscopy, and it mimicked the early stages of CHIKV replication in vertebrate cells from attachment and entry to viral RNA delivery. Yet the recombinant virus remained completely defective for productive replication, providing a high degree of safety. A single dose of EILV/CHIKV produced in mosquito cells elicited rapid (within 4 d) and long-lasting (>290 d) neutralizing antibodies that provided complete protection in two different mouse models. In nonhuman primates, EILV/CHIKV elicited rapid and robust immunity that protected against viremia and telemetrically monitored fever. Our EILV platform represents the first structurally native application of an insect-specific virus in preclinical vaccine development and highlights the potential application of such viruses in vaccinology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3406.map.gz | 196.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3406-v30.xml emd-3406.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_3406_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_3406.png | 452.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3406 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3406_validation.pdf.gz | 337.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3406_full_validation.pdf.gz | 336.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3406_validation.xml.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3406 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3406 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 210.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
全体 | 名称: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera |
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要素 |
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-超分子 #1000: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera
超分子 | 名称: Icosahedral reconstruction of virion of EILV/CHIKV chimera タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Eilat virus/Chikungunya virus chimera
超分子 | 名称: Eilat virus/Chikungunya virus chimera / タイプ: virus / ID: 1 詳細: Contains structural proteins from Chikungunya strain 99659 isolated from the British Virgin Islands. 生物種: Eilat virus/Chikungunya virus chimera / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10mM Tris-HCl 1mM EDTA 100mM NaCl |
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グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
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温度 | 平均: 94.9 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 25.0 eV |
日付 | 2014年10月17日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 実像数: 348 / 平均電子線量: 60 e/Å2 詳細: 2s exposure at 16 frames per second. Movie corrected for motion and specimen damage with DE_process_frames.py written by Ben Bammes of Direct Electron, L.P. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 32487 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER |