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万見
- EMDB-3405: Mammalian 80S Ribosomes Associate with a Novel Vesicular Organelle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3405
タイトルMammalian 80S Ribosomes Associate with a Novel Vesicular Organelle
マップデータReconstruction of Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
試料
  • 試料: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
  • 複合体: Membrane-bound 80S ribosome
キーワードRibosome / secretion / vesicle
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y ...Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y / Koller A / Melero R / Mitchell WG / Yi E / Aguilar JI / Levy ES / Greenberg NL / Li W / Courel M / Mahata SK / Freyberg R / Javitch JA / Di Paolo G / Chen EI / Chan RB / Carazo JM / Area-Gomez E / Jensen GJ / Frank J / Freyberg Z
引用ジャーナル: NAT.COMMUN.
タイトル: Mammalian 80S Ribosomes Associate with a Novel Vesicular Organelle
著者: Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y / Koller A / Melero R / Mitchell WG / Yi E / Aguilar JI / Levy ES / ...著者: Carter SD / Hampton CM / Langlois R / Grassucci RA / Farino ZJ / Morgenstern TM / Rice WJ / Velasco KR / Wigge C / Xu Y / Koller A / Melero R / Mitchell WG / Yi E / Aguilar JI / Levy ES / Greenberg NL / Li W / Courel M / Mahata SK / Freyberg R / Javitch JA / Di Paolo G / Chen EI / Chan RB / Carazo JM / Area-Gomez E / Jensen GJ / Frank J / Freyberg Z
履歴
登録2016年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月4日-
マップ公開2017年8月2日-
更新2017年8月2日-
現状2017年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3406.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3405.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 220 pix.
= 576.4 Å		2.62 Å/pix.
x 220 pix.
= 576.4 Å		2.62 Å/pix.
x 220 pix.
= 576.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.0 / ムービー #1: 12
最小 - 最大0.0 - 122.880767820000003
平均 (標準偏差)3.25539947 (±11.725924490000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 576.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.622.622.62
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z576.400576.400576.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-0.000122.8813.255

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome

全体名称: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
要素
  • 試料: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
  • 複合体: Membrane-bound 80S ribosome

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超分子 #1000: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome

超分子名称: Ribosome Associated Vesicle membrane-bound 80S ribosome
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Membrane-bound 80S ribosome

超分子名称: Membrane-bound 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 80S ribosome / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 別称: Rat / 細胞: INS-1E insulinoma cells / Organelle: Ribosome Associated Vesicles / 細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 3 MDa / 理論値: 3 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

グリッド詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 150 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 8 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
温度最低: 80 K / 最高: 93 K / 平均: 80 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
詳細Weak beam illumination
日付2014年3月30日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 18977 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 15500
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The subtomograms were manually selected using the EMAN2 software package.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: ETOMO/Serial, EM
詳細: Final maps were calculated from five averaged datasets
使用したサブトモグラム数: 1230
最終 角度割当詳細: SPIDER: theta +/- 60 degrees

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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