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- EMDB-33737: Cryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33737
タイトルCryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreococcus tauri
マップデータ
試料
  • 複合体: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: x 22種
  • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 16種
キーワードComplex / Electron transport / Photosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane ...chloroplast photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily ...Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic / Photosystem I reaction centre subunit N superfamily / Photosystem I reaction centre subunit N (PSAN or PSI-N) / Photosystem I PsaO / PsaO transmembrane domain / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N / Photosystem I PsaG/PsaK protein / Unnamed product / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic / Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N / Photosystem I PsaG/PsaK protein / Unnamed product / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-G / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Shan J / Sheng X / Ishii A / Watanabe A / Song C / Murata K / Minagawa J / Liu Z
資金援助 日本, 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H04778 and 21H05040 日本
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 and YSBR-015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The photosystem I supercomplex from a primordial green alga harbors three light-harvesting complex trimers.
著者: Asako Ishii / Jianyu Shan / Xin Sheng / Eunchul Kim / Akimasa Watanabe / Makio Yokono / Chiyo Noda / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Zhenfeng Liu / Jun Minagawa /
要旨: As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in ...As a ubiquitous picophytoplankton in the ocean and an early-branching green alga, is a model prasinophyte species for studying the functional evolution of the light-harvesting systems in photosynthesis. Here, we report the structure and function of the photosystem I (PSI) supercomplex in low light conditions, where it expands its photon-absorbing capacity by assembling with the light-harvesting complexes I (LHCI) and a prasinophyte-specific light-harvesting complex (Lhcp). The architecture of the supercomplex exhibits hybrid features of the plant-type and the green algal-type PSI supercomplexes, consisting of a PSI core, an Lhca1-Lhca4-Lhca2-Lhca3 belt attached on one side and an Lhca5-Lhca6 heterodimer associated on the other side between PsaG and PsaH. Interestingly, nine Lhcp subunits, including one Lhcp1 monomer with a phosphorylated amino-terminal threonine and eight Lhcp2 monomers, oligomerize into three trimers and associate with PSI on the third side between Lhca6 and PsaK. The Lhcp1 phosphorylation and the light-harvesting capacity of PSI were subjected to reversible photoacclimation, suggesting that the formation of PSI-LHCI-Lhcp supercomplex is likely due to a phosphorylation-dependent mechanism induced by changes in light intensity. Notably, this supercomplex did not exhibit far-red peaks in the 77 K fluorescence spectra, which is possibly due to the weak coupling of the chlorophyll 603-609 pair in Lhca1-4.
履歴
登録2022年7月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33737.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33737.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å		1.04 Å/pix.
x 384 pix.
= 399.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025
最小 - 最大-0.07399347 - 0.13541535
平均 (標準偏差)0.00003137092 (±0.005333337)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 399.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33737_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33737_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lh...

全体名称: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex
要素
  • 複合体: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex
    • タンパク質・ペプチド: Lhca1
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Lhca6
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction centre subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: PsaG
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaG/PsaK protein
    • タンパク質・ペプチド: PSI subunit V
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: water

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超分子 #1: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lh...

超分子名称: photosystem I-light-harvesting complex I-prasinophyte-specific Lhc protein (PSI-LHCI-Lhcp) supercomplex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物) / 株: OTH95 / Organelle: chloroplast / 細胞中の位置: thylakoid membrane

+
分子 #1: Lhca1

分子名称: Lhca1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.128406 KDa
配列文字列: MFAATRSFTQ TVAPKTSVKA RARVTARASA RPMWFPGAEA PAHLRGDLPC DYGFDPLNLG EKPDNLARYR EAELMHARWA MMGVAGAVG VEIAGQGDWA SAQPTTWDAT AKYLGNETHA PLFAVIGVNG VLVAFAESQR QAATGEARLY PGGSFDPAGL S KGKDFETL ...文字列:
MFAATRSFTQ TVAPKTSVKA RARVTARASA RPMWFPGAEA PAHLRGDLPC DYGFDPLNLG EKPDNLARYR EAELMHARWA MMGVAGAVG VEIAGQGDWA SAQPTTWDAT AKYLGNETHA PLFAVIGVNG VLVAFAESQR QAATGEARLY PGGSFDPAGL S KGKDFETL KRKELANGRV AMMAFFGIMA QHQADPSGPG PVKQLANHLA DPWHVNVCTN PSAIPWL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 26.40402 KDa
配列文字列: MWVDRGGDIG AHRRLKARAT TTRASRRSVV VSAEAGAERP VWYPGKAPAP HLDGSLPGDF GFDPLSLSAD PEMRKWMVQA ELQHARWAM LGVAGAVAPE LLTKIGVADL PNWVDAGTYQ YWAPAGPLFF IQMAMFNWAE VRRWQDMKNP GSMNTDPLFG Y NSNDTNTD ...文字列:
MWVDRGGDIG AHRRLKARAT TTRASRRSVV VSAEAGAERP VWYPGKAPAP HLDGSLPGDF GFDPLSLSAD PEMRKWMVQA ELQHARWAM LGVAGAVAPE LLTKIGVADL PNWVDAGTYQ YWAPAGPLFF IQMAMFNWAE VRRWQDMKNP GSMNTDPLFG Y NSNDTNTD VGYPGGLFDK LGYAKDPAKA KELKLKEIKN GRLAMVAFLG ICAQYVQTGQ GPVENLFSHI ASPGSVGYFG SQ GL

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 29.432744 KDa
配列文字列: MFATMNAIKI TPFAKRQARR NVSVRAEEAE AAPAPVAKKT RNTEDLAPLY VLGNSEQSLS YLDGSLPGDY GFDPLGLSDP EGAGGFVNP KWLAYSELIH GRWAMLGVAG MVAPEVLGGM GIIPQETGLV WFKAGMIPAQ GTYDYWASPF TIFWINAFLM N IAELRRAQ ...文字列:
MFATMNAIKI TPFAKRQARR NVSVRAEEAE AAPAPVAKKT RNTEDLAPLY VLGNSEQSLS YLDGSLPGDY GFDPLGLSDP EGAGGFVNP KWLAYSELIH GRWAMLGVAG MVAPEVLGGM GIIPQETGLV WFKAGMIPAQ GTYDYWASPF TIFWINAFLM N IAELRRAQ DYWNPGSMGK QDFAGLEKML GGSGDPAYPG GFFNFMKQGE KDMAAMKTKE IKNGRLAMMA CFGCGAQACM TG EGPVKNL VDHVIDPFGH NLLVNFSQIG GVSPF

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 25.924592 KDa
配列文字列: MSAQFASTAV VGLRAPKTTK RSQRSVSVRA STQPMWFPGM DAPQHLKGEL PGDYGFDPLN LGKEPKDLEW YVQAELQHGR WAMLGVAGA AAPEILTKMG ISDLPNWHDA PNYQGYFTDA TTLFWVQMLM MNWAEVRRWQ DMRKPGSVNE DPAFSGNKLP S GIVGYPGG ...文字列:
MSAQFASTAV VGLRAPKTTK RSQRSVSVRA STQPMWFPGM DAPQHLKGEL PGDYGFDPLN LGKEPKDLEW YVQAELQHGR WAMLGVAGA AAPEILTKMG ISDLPNWHDA PNYQGYFTDA TTLFWVQMLM MNWAEVRRWQ DMRKPGSVNE DPAFSGNKLP S GIVGYPGG IFDPLGYAKG DLNKLKAKEI ANGRLAMVAF AGIMVQYDHT GVGPVANLVA HMSDPAHNNV FQAKFIGF

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 23.401027 KDa
配列文字列: MIAQRSALSA RSIATPKATR RSAVVAAAAD RKMWLPAPYK APAHLDGSIA GDYGFDPLGL GTNPDRLKYY QEAELMNARW AMMAVAGIV GTEVAGIEPR WWEAGTEDYG FPPAALLAIQ FPVMGYLENK RIQGWMATGS SGVNETFPFD PMGMGSKDAN M KLKEIKNG ...文字列:
MIAQRSALSA RSIATPKATR RSAVVAAAAD RKMWLPAPYK APAHLDGSIA GDYGFDPLGL GTNPDRLKYY QEAELMNARW AMMAVAGIV GTEVAGIEPR WWEAGTEDYG FPPAALLAIQ FPVMGYLENK RIQGWMATGS SGVNETFPFD PMGMGSKDAN M KLKEIKNG RAAMIAFVGI VVQAIVYREG PVAALKDHIS NPFGCNMATN IMNIPVNLA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #6: Lhca6

分子名称: Lhca6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 26.742605 KDa
配列文字列: MFAQTAKTAI ALKTTTARST RASARSTRSV AVRAASDREL WYPGAVAPEY LNGSMAGDYG FDPLRLGANV ETLPYLQEAE LMNGRWAMA ATAGILFTDA TGLPKWWEAG AADYGYDFQT LVAFQVVVMG VLEAFRVRGL MKTGESGVLN MFPFDPAGLD A PDKRVKEV ...文字列:
MFAQTAKTAI ALKTTTARST RASARSTRSV AVRAASDREL WYPGAVAPEY LNGSMAGDYG FDPLRLGANV ETLPYLQEAE LMNGRWAMA ATAGILFTDA TGLPKWWEAG AADYGYDFQT LVAFQVVVMG VLEAFRVRGL MKTGESGVLN MFPFDPAGLD A PDKRVKEV KNGRLAMVAF LGMVSSYAVT GLSPLEALEA HMANPQAVNL FTSAVGGESV AFIAFLSCAP TFLLAQKTLG DG KEEFRPI PW

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #7: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 83.249305 KDa
配列文字列: MTISPPEREI KTVKIVVDRD PVPTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPATTTWVW DLHADAHDFD SHTTDLEDIS RKVFSAHFGQ LGVIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR GSGITSELQL Y STAIGALI ...文字列:
MTISPPEREI KTVKIVVDRD PVPTSFEKWA KPGHFSRTLA KGPATTTWVW DLHADAHDFD SHTTDLEDIS RKVFSAHFGQ LGVIFIWLS GMYFHGARFS NYEAWLSDPT HIKPSAQVVW PIVGQEILNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQLWR GSGITSELQL Y STAIGALI CAGLMFFAGW WHYHKAAPKL EWFQNVESMM NHHLAGLLGL GSLAWAGHQI HIALPVNTLL DAGVDPKEIP LP HEFMLNR ALMAELYPSF AKGLTPFFTF NWTEYSDFLT FRGGLNPVTG GLWLTDMAHH HLAIAVLFLV AGHQYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEILT TSWHAQLAIN LALMGSLSII VSHHMYSMPP YPYLATDYGT QLSLFTHHMW IGGF CICGA AAHAAIFMVR DYDPATNYNN VLDRVLRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMSAL GRPQDMFSDT AIQLQ PIFA QFVQHTHALA PELTAPTAAG STSASWGGDI VAVGGKIAMM PISLGTSDFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSAWDHVF LGLFWMYNSI SIVIFHFSWK MQSDVWGSVT GNGVSHITGG NFAQSAN TI NGWLRDFLWA QSSQVIQSYG SALSAYGLIF LGAHFIWAFS LMFLFSGRGY WQELIESIVW AHNKLKVAPA IQPRALSI T QGRAVGVAHY LLGGIATTWS FFLARIIAVG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

+
分子 #8: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 81.421508 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ GLASDPTTRR IWFGIATAHD FETHDGMTEE KLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEKWGED PLHVRPIAH TIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SAPVNIAYSG VYQWWYTIGM RTNVDLYNGS LFLLFVAGLF LFAGWLHLQP T FAPAVSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ GLASDPTTRR IWFGIATAHD FETHDGMTEE KLYQKIFASH FGQLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEKWGED PLHVRPIAH TIWDPHFGQP AVEAFTRGGA SAPVNIAYSG VYQWWYTIGM RTNVDLYNGS LFLLFVAGLF LFAGWLHLQP T FAPAVSWF KNAESRLNHH LSGLFGVSSL AWTGHLVHVA IPASRGETVR WDNFLTTLPH PAGLAPFFTG QWAVYAQNPD TA GHIFGTS EGAGTAILTF LGGFHPQTQS LWLTDMAHHH LAIAVVFIIA GHQYRTNFGI GHSMKEILEA HTAPSGRLGA GHT GLFDTV NNSLHFQLGL ALASVGVLCS LTAQHMYSMP PYAFLAQDFT TQAALYSHHQ YIAGFIMCGA FAHGAIFFIR DYDP EANKG NVLARMLEHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYVHNDVMQA FGTPEKQILI EPVFAQWIQA AQGKALYGFD ILLSG DNAA TAAGNSIYLP GWLAGINSST NSLFLPIGPG DFLVHHAIAL GLHTTTLILV KGALDARGSK LMPDKKDFGY SFPCDG PGR GGTCDISAWD AFYLAVFWEL NTVSWTVFYF HWKHLALWQG NSAQFDESST YIMGWLRDYL WLNSSQLING YNPFGMN SL SVWAWMFLFG HLIYATGFMF LISWRGYWQE LIETLVWAHE RTPLANFVKW NDKPVALSIV QARLVGLTHF AVGFVLTY A AFVIASTSGK FG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

+
分子 #9: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 8.751128 KDa
配列文字列:
MSHAVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SAPRTEDCVG CKRCEAACPT DFLSVRVYLG SETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 20.560975 KDa
配列文字列:
MSVTHAPARA VAKPTAMRTR KSARSATIVR AEEAKAKTES AAPAVWTAPK LDPNTPSPIF GGSTGGLLRK AQVEEFYVLT WEAKKEAIF EMPTGGAAIM RKGPNLLKLA RKEQCLALLN TFRSKMKLDG CIYRVFPSGE VQYLHPKDGV YPEKVNKGRV G ANQNMRSI GKNTNPAKIK FQGKLGPFEV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic

+
分子 #11: Photosystem I reaction centre subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction centre subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 11.278889 KDa
配列文字列:
MFACTKVQAN VFAVKTTKTV RRSTVTRAEG EAAKPAAKPQ VGPPRGTMVK ILRPESYWFN DYGKVISVDQ TGVRYPVVVR FEKVNYAGV STNNYALDEV EY

UniProtKB: Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.593398 KDa
配列文字列: MHAHAQAQLT SKVTVSGLKR SARVQTRAVK TVAHCSAVDF SKKAASLAVA AAVAAAPLVA VEEAFARDVQ PYAGLTPCKT SKAFAKREK TELKALEKRL KKYDPESAPA LALQATMEKT KTRFANYGES GLLCGKDGLP HLIVDGNLEH LGEFAIPGLG F LYVAGWIG ...文字列:
MHAHAQAQLT SKVTVSGLKR SARVQTRAVK TVAHCSAVDF SKKAASLAVA AAVAAAPLVA VEEAFARDVQ PYAGLTPCKT SKAFAKREK TELKALEKRL KKYDPESAPA LALQATMEKT KTRFANYGES GLLCGKDGLP HLIVDGNLEH LGEFAIPGLG F LYVAGWIG YAGRSYIQEN KTASKPTEGE IIIDVPKALG LMFQAGAWPL LAGLELKNGT LTAPESEITV SPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #13: PsaG

分子名称: PsaG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 14.124991 KDa
配列文字列:
MLARTALPTK TTASFNGRVA KQTRTAKRGA KVAARAFDDV NVVMSASNAL ALYLGRFVFL PYQRAQVERV GMPTQNGQTH FAAGDTRAE EASFITSTND PAGFNLVDVF AWGSIGHAIG FLALASQSAQ QML

UniProtKB: PSI-G

+
分子 #14: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI

分子名称: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 17.797947 KDa
配列文字列:
MAHVKVHTWT QIARNTTTPP TTTTTTTRER PARQSSMVAH AKTTAFATGA ALARSTPTTR RARATVMTRA KYGDESVYFD LSDVEATTG SWDVYGVDSA SRYPEQQAAF FEAAAQGLGR REAVYSVLAV SAGLLTVAYG VKGAKDAKLP ITVGPQQPAQ V GPRDRI

UniProtKB: Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 3.766573 KDa
配列文字列:
MAASLLPSIF VPLVGLVFPA VAMASLFLYI EKEQV

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 4.731595 KDa
配列文字列:
MKNFQIYLST APVLAAVWFT VLAGILIELN RFFPDALSFP LT

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #17: Photosystem I PsaG/PsaK protein

分子名称: Photosystem I PsaG/PsaK protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 13.573483 KDa
配列文字列:
MHATVAARPS IVSAKTSLSS TDALKRASAV AQRTKTRDVT VRADWSIGST ENMIVCFNTT AILGAMRFGL MPSVKKNFNG ASSHTAMVE QANAKTIGSR DPSGFTAVDV LAGGSLATII SAGEILAGQV PY

UniProtKB: Photosystem I PsaG/PsaK protein

+
分子 #18: PSI subunit V

分子名称: PSI subunit V / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 21.526773 KDa
配列文字列: MVLASKLTLD VRSCIGAKSL RTERPRNSAI GSNKTSRRQT KVSASSDKVQ IVKPINGDPF IGMLETPVTS SPDVANFLSN LPAYRTGVA PLLRGVEVGL AHGFFVTGPF IKLGPLRSTD AAELAGCLSG AGLVLILTAC LSIYGATAFQ REEVVGLKTL S GRTIAKDP ...文字列:
MVLASKLTLD VRSCIGAKSL RTERPRNSAI GSNKTSRRQT KVSASSDKVQ IVKPINGDPF IGMLETPVTS SPDVANFLSN LPAYRTGVA PLLRGVEVGL AHGFFVTGPF IKLGPLRSTD AAELAGCLSG AGLVLILTAC LSIYGATAFQ REEVVGLKTL S GRTIAKDP LQSSEGWASF TSGWLVGGLS GVAWSYVLTQ VLPYYS

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI, chloroplastic

+
分子 #19: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 3.413078 KDa
配列文字列:
MPLSDTQVFT ALFVALITGI LSLRLGTQLY K

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #20: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N

分子名称: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 14.405324 KDa
配列文字列:
MYTVCGANII AAKAPTAAKK QDKVKRAVSL GLAGLAAATV SVAPAHADLT ADLLARTEAN KSLNDQKRAA TSSANFERSR LVTDGFCQF PQNIFGCQNA AEKGSVKFLS DDMAIECEGT ADGKTCSSKA PGAYPSFLGL

UniProtKB: Photosystem I PsaN, reaction centre subunit N

+
分子 #21: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 15.020308 KDa
配列文字列:
MLALAPINVQ RRSPLGVSAR GRKTQSKARF AVKVNAANAD LKFDDDWKKS NVAVHLASLF GWVIPSASPC PAFPDNASLF KVFSDRISE NLAHFPTGPS ADDPIWLYML TWHMGLFACM MFGQIGVQAR KQGYFGN

UniProtKB: Unnamed product

+
分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.689807 KDa
配列文字列: MSALLASSFV SRVAAFKAQK VQNKSVSTTV KADIYPEFGT YPGGGESPII PFGSEKNAER EVIHGRWAML GVTGAWAAEN GTGIPWFTA GTLCTPDDCT AVADKFPGAV APLAPEGSGY PSFWNVLIIE IVLVGAAEAY RTGISDSPFD DGLTVGDVNP G GRFDPLGL ...文字列:
MSALLASSFV SRVAAFKAQK VQNKSVSTTV KADIYPEFGT YPGGGESPII PFGSEKNAER EVIHGRWAML GVTGAWAAEN GTGIPWFTA GTLCTPDDCT AVADKFPGAV APLAPEGSGY PSFWNVLIIE IVLVGAAEAY RTGISDSPFD DGLTVGDVNP G GRFDPLGL AESGDLEELK IKELKHCRLS MFAWLGCIFQ ALATQEGPIA NWQSHVADPV HSNVLTNAAK GFGFY

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #23: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物)
分子量理論値: 24.161299 KDa
配列文字列: (ACE)RR(TPO)KASVPA KRSAFKANKF GSLAPPDLYP EFGTYPGGGE SPVIPFGSEK NAEREIIHGR WAMLGVTGAW AA ENGTGIP WFTAGTLCTP DDCTAVADKF PGAVAPLAPA GSGYPNFWAV LAIEIFLVGS AECYRTGLFE NPFPELTQGD VTP GGRFDP ...文字列:
(ACE)RR(TPO)KASVPA KRSAFKANKF GSLAPPDLYP EFGTYPGGGE SPVIPFGSEK NAEREIIHGR WAMLGVTGAW AA ENGTGIP WFTAGTLCTP DDCTAVADKF PGAVAPLAPA GSGYPNFWAV LAIEIFLVGS AECYRTGLFE NPFPELTQGD VTP GGRFDP LGFAEAGDLE ELKIKELKHS RLAMFAWLGC IMQALATQEG PIANWTAHVA DPIHANVLTN AAKGFKFY

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

+
分子 #24: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 60 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #25: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 245 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #26: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4...

分子名称: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4- ...名称: (3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 23 / 式: IWJ
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-IWJ:
(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-1-[(1~{S},4~{S})-2,2-dimethyl-6-methylidene-1,4-bis(oxidanyl)cyclohexyl]-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-2-one / プラシノキサンチン

+
分子 #27: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 6 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

+
分子 #28: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 10 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #29: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 39 / 式: Q6L
分子量理論値: 570.887 Da
Chemical component information

ChemComp-Q6L:
(1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaenyl]cyclohex-3-en-1-ol

+
分子 #30: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 30 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

+
分子 #31: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 11 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #32: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #33: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #34: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #35: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #36: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #37: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 6 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

+
分子 #38: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 9 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #39: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm

+
画像解析

詳細The selected images were normalized
粒子像選択選択した数: 5288217
詳細: Template picker was used to automatically select particle images
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6932

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 80366
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 80573
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5zji

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: C, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: E, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: F, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: H, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: I, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: J, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: K, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: L, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5zji

chain_id: O, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7d0j

chain_id: Q, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

7d0j

chain_id: P, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細Initial local fitting was done using Chimera and then Wincoot was usd for flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 110.967 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7yca:
Cryo-EM structure of the PSI-LHCI-Lhcp supercomplex from Ostreococcus tauri

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る