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- EMDB-33659: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33659
タイトルCryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
マップデータCryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
試料
  • 複合体: Photosystem I of cryptophyte
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 13種
キーワードCryptophyte / Photosystem I / evolution / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plastid / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Chroomonas placoidea (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Zhao LS / Li K / Zhang YZ / Liu LN
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis and evolution of the photosystem I-light-harvesting supercomplex of cryptophyte algae.
著者: Long-Sheng Zhao / Peng Wang / Kang Li / Quan-Bao Zhang / Fei-Yu He / Chun-Yang Li / Hai-Nan Su / Xiu-Lan Chen / Lu-Ning Liu / Yu-Zhong Zhang /
要旨: Cryptophyte plastids originated from a red algal ancestor through secondary endosymbiosis. Cryptophyte photosystem I (PSI) associates with transmembrane alloxanthin-chlorophyll a/c proteins (ACPIs) ...Cryptophyte plastids originated from a red algal ancestor through secondary endosymbiosis. Cryptophyte photosystem I (PSI) associates with transmembrane alloxanthin-chlorophyll a/c proteins (ACPIs) as light-harvesting complexes (LHCs). Here, we report the structure of the photosynthetic PSI-ACPI supercomplex from the cryptophyte Chroomonas placoidea at 2.7-Å resolution obtained by crygenic electron microscopy. Cryptophyte PSI-ACPI represents a unique PSI-LHCI intermediate in the evolution from red algal to diatom PSI-LHCI. The PSI-ACPI supercomplex is composed of a monomeric PSI core containing 14 subunits, 12 of which originated in red algae, 1 diatom PsaR homolog, and an additional peptide. The PSI core is surrounded by 14 ACPI subunits that form 2 antenna layers: an inner layer with 11 ACPIs surrounding the PSI core and an outer layer containing 3 ACPIs. A pigment-binding subunit that is not present in any other previously characterized PSI-LHCI complexes, ACPI-S, mediates the association and energy transfer between the outer and inner ACPIs. The extensive pigment network of PSI-ACPI ensures efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. Overall, the PSI-LHCI structure identified in this study provides a framework for delineating the mechanisms of energy transfer in cryptophyte PSI-LHCI and for understanding the evolution of photosynthesis in the red lineage, which occurred via secondary endosymbiosis.
履歴
登録2022年6月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2023年7月12日-
現状2023年7月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33659.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33659.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.11962043 - 2.4113762
平均 (標準偏差)0.031525698 (±0.063603446)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I

ファイルemd_33659_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I

ファイルemd_33659_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of cryptophyte photosystem I
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photosystem I of cryptophyte

全体名称: Photosystem I of cryptophyte
要素
  • 複合体: Photosystem I of cryptophyte
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-1
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-2
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-3
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-4
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-5
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-6
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-7
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-8
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-12
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • タンパク質・ペプチド: PsaO
    • タンパク質・ペプチド: PsaR
    • タンパク質・ペプチド: Unk1
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-S
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-13/10
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-14
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-9
    • タンパク質・ペプチド: ACPI-11
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: Chlorophyll c2
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
  • リガンド: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
超分子 #1: Photosystem I of cryptophyte

超分子名称: Photosystem I of cryptophyte / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 890 KDa

+
分子 #1: ACPI-1

分子名称: ACPI-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.479367 KDa
配列文字列: MLRLSLLAAI VACASAFAPT SLPMGSMRKA ATKGPSMQLF GAGKLQGEGV TAIPFAGRPK TPAFDGTWAG DTGFDPLTIS AWLDIRFLR EAELKHCRVA MLAAAGAIAQ DAFTFPGTVE TFGTGKMTAL HDAAVKTGTM GQMLVWIGFA EIFSTAAILQ W YTDGSTRK ...文字列:
MLRLSLLAAI VACASAFAPT SLPMGSMRKA ATKGPSMQLF GAGKLQGEGV TAIPFAGRPK TPAFDGTWAG DTGFDPLTIS AWLDIRFLR EAELKHCRVA MLAAAGAIAQ DAFTFPGTVE TFGTGKMTAL HDAAVKTGTM GQMLVWIGFA EIFSTAAILQ W YTDGSTRK PGDFGFDPLG FSKGKDAARL ELCELKNGRL AMIAIGGMIH HYLITGKGPL ELLP

+
分子 #2: ACPI-2

分子名称: ACPI-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.400123 KDa
配列文字列: MLRVALIAAI LASASAFAPM GSLGLVKSAR SGAAISPRMQ SGDFSAAVPF LKRPSNLDGT LAGDVGFDPL GFSDVFDLRV LREAELKHG RFAMLAVLGF LVQEVYTFPF FPKMAPVDAH DYFVTQGGGS QIIFWISFVE IFGVVALFEL IQGKRDAGDF A FDPLGLGK ...文字列:
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+
分子 #3: ACPI-3

分子名称: ACPI-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 24.966262 KDa
配列文字列: MLRTLALLAA VASASAFTAA PMLSTSTRAK AVSSVSGMRM QEKSASVPFL SKPEKLDGSM AGDVGFDPLG ISYFIDVKWL REAELKHGR ICMLATAGIL VQEVIHLPGP AFSSKFALDA WSTAPRGGMV QILIAIGLIE MVSNRFAITA TDMFANPNRK P GDLGFDPL ...文字列:
MLRTLALLAA VASASAFTAA PMLSTSTRAK AVSSVSGMRM QEKSASVPFL SKPEKLDGSM AGDVGFDPLG ISYFIDVKWL REAELKHGR ICMLATAGIL VQEVIHLPGP AFSSKFALDA WSTAPRGGMV QILIAIGLIE MVSNRFAITA TDMFANPNRK P GDLGFDPL SLGANPATRA KYELSEVIHG RAAMMGLSGM IHQMIVSKQP VIDQLLNFKP VDASFKLGGA AGTMGMGI

+
分子 #4: ACPI-4

分子名称: ACPI-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.548246 KDa
配列文字列: MLRSLALLCL VGAASAFAPG AAPLVRSNTR AAIARGPRMQ EMSKAIPFAE RPAKLDGKIP GDVGFDPLGF SDYYDLKYLR EAEIKHGRI CMLGALGWLF PEFAKLPQFA SLSTNPLKAA TELGPAGWAQ IFIFVGALES FSYEKIYYGD SAPGDLGFDP L RLGKNPVS ...文字列:
MLRSLALLCL VGAASAFAPG AAPLVRSNTR AAIARGPRMQ EMSKAIPFAE RPAKLDGKIP GDVGFDPLGF SDYYDLKYLR EAEIKHGRI CMLGALGWLF PEFAKLPQFA SLSTNPLKAA TELGPAGWAQ IFIFVGALES FSYEKIYYGD SAPGDLGFDP L RLGKNPVS RAHYEVAEIK NGRLAMIGLG GMIHHSLLTK QGAIEQIMSQ NFYPSGFPQ

+
分子 #5: ACPI-5

分子名称: ACPI-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 24.055031 KDa
配列文字列: MLRLSLLAAC IAAASAFAPV ALPGMGMRAA TRRPAVSMQL WEDGKVQGKG LKAIPFSDPP ESLPSDMVGY VGFDPLGFST LFDIKFLRE AELKHGRAAM LAAAGAIAQD IFTFPGVTSV IGDAKMTGAH DAFLKAAADG NPKANAMSQL FVWIGFFELV S MPALFETL ...文字列:
MLRLSLLAAC IAAASAFAPV ALPGMGMRAA TRRPAVSMQL WEDGKVQGKG LKAIPFSDPP ESLPSDMVGY VGFDPLGFST LFDIKFLRE AELKHGRAAM LAAAGAIAQD IFTFPGVTSV IGDAKMTGAH DAFLKAAADG NPKANAMSQL FVWIGFFELV S MPALFETL NGGERAPGDF YFDPLGLGKG SGRARMELAE IKNGRLAMIG IGGMVHHYLL TGKGPIGTIV G

+
分子 #6: ACPI-6

分子名称: ACPI-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 22.688564 KDa
配列文字列: MLRVALISAL VASASAFAPT ALPAARASAR AVSAGPKMQM SPSVPFLKRP VALDGSMVGD VGFDPLGLSS VGDIKFLREA ELKHCRLAM LAAAGSMAQD LYTFPGVDKV IGDAKMTAVH DKLVSQGAMG QLLVWIGFAE VFATMALFET LDGKRAPGDF K FDPLGFGK ...文字列:
MLRVALISAL VASASAFAPT ALPAARASAR AVSAGPKMQM SPSVPFLKRP VALDGSMVGD VGFDPLGLSS VGDIKFLREA ELKHCRLAM LAAAGSMAQD LYTFPGVDKV IGDAKMTAVH DKLVSQGAMG QLLVWIGFAE VFATMALFET LDGKRAPGDF K FDPLGFGK NPEALKRYQL AEIKNGRLAM LGFGGMVHGY FVTGKGPLEL LTNFQAA

+
分子 #7: ACPI-7

分子名称: ACPI-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 24.550402 KDa
配列文字列: MLRVALLSAL VASAAAFTAP AALFKAPTRS SRAMSVKMQD NSAAVPFLSR PAALDGSMVG DVGFDPLGFT GKYDLKWLRE AELKHGRVA MLASLGCLVQ EFIHLPFEAT SNPVASEAFF QVPSGGLWQI FTVIGVIEHV SNGFNMSGST MFKSGRAPGN L GFDPLNFG ...文字列:
MLRVALLSAL VASAAAFTAP AALFKAPTRS SRAMSVKMQD NSAAVPFLSR PAALDGSMVG DVGFDPLGFT GKYDLKWLRE AELKHGRVA MLASLGCLVQ EFIHLPFEAT SNPVASEAFF QVPSGGLWQI FTVIGVIEHV SNGFNMSGST MFKSGRAPGN L GFDPLNFG KNPTARARYE LAELKNGRLA MLGFAGMIHG CFITGKGPLA ALTSLDWHQQ IGRASCRERV GC

+
分子 #8: ACPI-8

分子名称: ACPI-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.700525 KDa
配列文字列: MFARTLLLAA CAASASAFAP GSFAPMGLRG STAAVSRPMA RAGLSSVSMA ANPMTNAIEE FAESAPELAS RGLGVTTNAE RWNGRHAMF GIFAIVMTAY FKGHGLIPDA EKILDVNQWG PLASAGQGQG ITNERAIILI AHVHVLVVSV LAAFAPFQFQ D TLVKEKGY ...文字列:
MFARTLLLAA CAASASAFAP GSFAPMGLRG STAAVSRPMA RAGLSSVSMA ANPMTNAIEE FAESAPELAS RGLGVTTNAE RWNGRHAMF GIFAIVMTAY FKGHGLIPDA EKILDVNQWG PLASAGQGQG ITNERAIILI AHVHVLVVSV LAAFAPFQFQ D TLVKEKGY TPEAPAGIIP PFKTGLTPEA ELINGRLAML GVISIIMASI FTGNSVIDVV NLGLGKILF

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分子 #9: ACPI-12

分子名称: ACPI-12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.223098 KDa
配列文字列: MFRALLVLAA VAGASAFTAP AVLPGRSTAR AATKGPSMQL YKEGSLQGKG VNCIPIFKRP DSLKGDAVGD MGFDPFGFSS WVDMNYVRE AEIKHGRIAM LAFAGIVVEV LGIKAPGAGK ILGSSTDIFE IHNAAVEKGS MGQILLWCGF FEMTAGLPAM Q QMLEGSGR ...文字列:
MFRALLVLAA VAGASAFTAP AVLPGRSTAR AATKGPSMQL YKEGSLQGKG VNCIPIFKRP DSLKGDAVGD MGFDPFGFSS WVDMNYVRE AEIKHGRIAM LAFAGIVVEV LGIKAPGAGK ILGSSTDIFE IHNAAVEKGS MGQILLWCGF FEMTAGLPAM Q QMLEGSGR TPGDFGFDPL GLGKKDFAQM QIKEIQNGRL AMLAVSGMVH HALINGKVQG LP

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分子 #10: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 83.49357 KDa
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MTVSSTEQEA KKVSITVDKD PVATSFEKWA QPGHFSRTLA KGPKTTTWIW NLHADAHDFD SHTSSLEDIS RKIFSAHFGQ LSIIFLWLS GMYFHGARFS NYSAWLSNPT AVKPSAQVVW PIVGQEVLNG DVGGGFQGVQ ITSGFFQIWR ASGITSEVEL Y WCALAGLL MSGLMIFAGW FHYHKAAPKL EWFQNAESML NHHLSGLLGL GCLSWAGHQI HVSLPINKLL DAGVAPQEIP LP HEFLVNR DLMAQLYPSF SKGLVPFFTL NWSEYSDFLT FKGGLNPVTG GLWLSDTAHH HLALAVLFIV AGHMYRTNWG IGH SMKEIL EAHKGPFTGE GHKGLYEVLI TSWHAQLSIN LAMLGSLSII IAHHMYAMPP YPYIATDYPT QLSLFTHHMW IGGF CVCGA AAHAGIFMVR DYNPAQNYNN LLDRVIRHRD AIISHLNWIC IFLGFHSFGL YIHNDTMRAL GRTQDMFSDT AIQLK PVFA QWVQNIHTVA PGNTTPNALA TASYAFGGNV VSVGNKVAMM PISLGTADFM VHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFSRNS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQSSAWDSVF LGLFWMYNCI SVVIFHFSWK MQSDVWGTVQ ADNTVTHITG GNFAQSA IT INGWLRDFLW AQASQVIQSY GSSLSAYGLI FLGAHFIWAF SLMFLFSGRG YWQELIESVV WAHNKLNFAP AIQPRALS I TQGRAVGLAH YLLGGIGTTW AFFLARIISV G

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分子 #11: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 82.21982 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGLATAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKVKPVAH AIWDPHFGQP AVKAFTKGGV FYPVNIATSG VYHWWYTIGM RTNNDLYAGS LFLLFLSGVF LFAGWLHLQP K FRPGLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ ALAQDPATRR IWYGLATAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW TSGNLFHVAW QGNFEQWVLN PLKVKPVAH AIWDPHFGQP AVKAFTKGGV FYPVNIATSG VYHWWYTIGM RTNNDLYAGS LFLLFLSGVF LFAGWLHLQP K FRPGLSWF KNNESRLNHH LSGLFGFSSL AWAGHLIHIA IPEARGQHVG WDNFTKTLPH PAGLTPFFTG NWSLYADNPD TA NHIFGTS EGSGSAILTF LGGFHPQTQA LWLTDIAHHH LAIGVVFIFA GHMYRTNWGI GHSLKEILDA HRPPGGRLGA GHK GLFETI TNSLHFQLGL ALASIGVITS LVAQHMYALP AYAFIAKDYT TQAALYTHHQ YIAGFLMVGA FAHGAIFFVR DYDP EQNKN NVLARMLEHK EAIISHLSWV SLFLGFHTLG LYIHNDVVVA FGTPEKQILV EPVFAQWIQA SSGKALYGFD VLLSS SNSV ATNASNNIWL PGWLDAINSG KNSLFLPIGP GDFLVHHAIA LGLHTTALIL VKGALDARGS KLMPDKKDFG YSFPCD GPG RGGTCDISAW DAFYLSMFWM LNTIGWVTFY WHWKHVTIWQ GNAGQFNESS TYIMGWLRDY LWLNSSPLIN GYNPFGM NS LAVWAWMFLF GHLIWATGFM FLISWRGYWQ ELIETLAWAH ERTPLANLVR WKDKPVALSI VQARLVGLIH FTVGYVFT Y AAFVIASTTG KFG

+
分子 #12: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 8.743131 KDa
配列文字列:
MSHAVKVYDT CIGCTQCVRA CPCDVLEMVS WDGCKAGQIA SAPRTEDCIG CKRCETACPT DFLSVRVYLG GETTRSMGLA Y

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 15.590765 KDa
配列文字列:
MSETLNLQIP SPTFEGSTGG WLRAAEVEEK YAITWTSGKE QVFEMPTGGA AIMRKGENLL YLARKEQCLA LGTQLKTGFK ITDYKIYRI FPSGEVQYLH PKDGVFPEKV NAGRIGVGNV SHSIGKNLNP SQIKFTNKSF NG

+
分子 #14: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 7.352387 KDa
配列文字列:
MVKRGSQVRI LRKESYWYQD VGTVATIDTS GIRYPVVVRF EKVSYSGVNT NNFSLDEVVE VVKK

+
分子 #15: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 20.393484 KDa
配列文字列:
MKNWVSLVLI FSIVTTPYVA HADVAGLTPC KDSKDFQRRL DGSVKKLKTR LAKYEKGTPP ALALEKQIER TQARFERYGK AGLLCGTDG LPHLITDGRW SHSGEFVIPG LFFLYIAGWI GWVGRSYVLF ARESDKPTEK EIILDVPAAL SFVSTGFIWP V SAFKEFTS GNLIADESEI TVSPR

+
分子 #16: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.975751 KDa
配列文字列:
MTAAYLPSIL VPLIGLIFPG FVMGFAFIYI EQEEIA

+
分子 #17: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 4.862727 KDa
配列文字列:
MDSNFLKYLS TAPVLLTVWL SFTAGLVIEA NRFFPDMLYF PM

+
分子 #18: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 8.836371 KDa
配列文字列:
MNADLLLAVV PQTAAWSAKT CSVMVISNLL CIVAGRYVIQ VKGSGPSLPL TGSFSNFGLP ELLATTSLGH IVGSGAILGL SYVGLLS

+
分子 #19: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 16.490883 KDa
配列文字列:
MAQFVKPYND DPFVGNLATP VSTSSFTRSF LSNLPAYRSG LSPLLRGLEI GMTHGYFLVG PFYKLGPLRN SDVALISGLF SSIGLIIIL AACLAIYGVV SFNEDDNTDS LQTSRGWKQF TSGWLVGSIG GASFAYILIS NIVFLQTSGL NLIK

+
分子 #20: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 3.247952 KDa
配列文字列:
MISDTQIFVA LILALVSLVL AIRLGTALYQ

+
分子 #21: PsaO

分子名称: PsaO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 10.766358 KDa
配列文字列:
FEISDGVEFD LNPLVLAISF LGWSLPGLLP SNIPLYGGKG LTTALFAEIG EHLQTFPAPP PIGDPFWVIL FIWHSGLFAT MIFGTIGYN GYGPKSTTKY

+
分子 #22: PsaR

分子名称: PsaR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 13.867048 KDa
配列文字列:
MVRALCFLAL IASAAAFSTA PGLALRSSVR PATSTKTPMK MAGYSPVPSP DNTKETYWET KAPSSQVLGI GKDVSSGNYI VASVVAAVV GAACTGQCIP LTVSPNPVFI LGSFLLPYSW ALHVAAWIQR NNGK

+
分子 #23: Unk1

分子名称: Unk1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 13.975214 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #24: ACPI-S

分子名称: ACPI-S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 25.645455 KDa
配列文字列: MAQAAPPSKL PENMAKKNAL KVNKEQWGIE EAIKVDAKAA APAPKAAAPA PKKAAPKKGA APAEATVGFS GVPSDFCRPA PTAFPAEPA GMTVFGARGP RAEGHRDKFG SRHAAVSLAC AALLWQPISQ AGMYSIDSGS LAKKSFSEME VPGFGDAKKV P TIESFFPF ...文字列:
MAQAAPPSKL PENMAKKNAL KVNKEQWGIE EAIKVDAKAA APAPKAAAPA PKKAAPKKGA APAEATVGFS GVPSDFCRPA PTAFPAEPA GMTVFGARGP RAEGHRDKFG SRHAAVSLAC AALLWQPISQ AGMYSIDSGS LAKKSFSEME VPGFGDAKKV P TIESFFPF TKNGFDASPA LFGKDSMIVF ENPLGKCGAY ASSCHTFLDE MGDMLKATPQ EMPRSKAAPT YSFPWMYDHA AW KK

+
分子 #25: ACPI-13/10

分子名称: ACPI-13/10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 22.270992 KDa
配列文字列: MIRAVILAGC VAAASAFAPG ASLVGARAAT RAVSAAGPKM QMSPSIPFLK KPDALDGTAA GDIGFDPLGF SSLADIKFLQ EAEIKHCRI AMLAAAGSIA QDIFTFPGYS ALTGGAKMTA AHDKLVATGT MGQILFWVSF AEVFGTVALF DTLDGKRAPG D FKFDPLGM ...文字列:
MIRAVILAGC VAAASAFAPG ASLVGARAAT RAVSAAGPKM QMSPSIPFLK KPDALDGTAA GDIGFDPLGF SSLADIKFLQ EAEIKHCRI AMLAAAGSIA QDIFTFPGYS ALTGGAKMTA AHDKLVATGT MGQILFWVSF AEVFGTVALF DTLDGKRAPG D FKFDPLGM GKKNMADMQL KEIKNGRLAM LGIAGMTHGY FISGKGPLEL LGNFPTA

+
分子 #26: ACPI-14

分子名称: ACPI-14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 23.755605 KDa
配列文字列: MFRAALLLAC LASASAFAPG SLMMPKSATR AAISRGPRMQ ANDDLAVPFL ERPPMLDGSY AGDIGFDPVG FSNYFDLRWL REAELKHGR VCMLGVVGFL VQEFVTLPMF SNGVTPVDDF FVVPATGLWQ IFFTIGFVEA FSNGFKLTPS DMFADDRAPG D LGFDPLGC ...文字列:
MFRAALLLAC LASASAFAPG SLMMPKSATR AAISRGPRMQ ANDDLAVPFL ERPPMLDGSY AGDIGFDPVG FSNYFDLRWL REAELKHGR VCMLGVVGFL VQEFVTLPMF SNGVTPVDDF FVVPATGLWQ IFFTIGFVEA FSNGFKLTPS DMFADDRAPG D LGFDPLGC GKDPAALARR QLVEVKNGRL AMIAFGGMLH QQLLTKQGVI EQLTNFKAIM

+
分子 #27: ACPI-9

分子名称: ACPI-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 27.212057 KDa
配列文字列: MFRLSILAAL VAAASAFAPG AMLPQGRAVA RASAASGIRM QSKSAAIPFL EKPPMLDGSV PGDVGFDPLW VSSMLPDKGW YLFLQEAEI KHGRVAMLAA AGAIVQDIFT FPGVTDTIGN VKMTSAHDKF LSMEGAGGKV ATMHQLLLWL GLLEVVSAFA T IQMFGGTS ...文字列:
MFRLSILAAL VAAASAFAPG AMLPQGRAVA RASAASGIRM QSKSAAIPFL EKPPMLDGSV PGDVGFDPLW VSSMLPDKGW YLFLQEAEI KHGRVAMLAA AGAIVQDIFT FPGVTDTIGN VKMTSAHDKF LSMEGAGGKV ATMHQLLLWL GLLEVVSAFA T IQMFGGTS SRMPGEFGFD PLGFGKSEAA MKTYRLKEVK NGRLAMIGIG GMVHHYLLTG KGPLQFLGGI PNYKSCIEHP AS GLPYLMK AVGPVLPKIC

+
分子 #28: ACPI-11

分子名称: ACPI-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chroomonas placoidea (真核生物)
分子量理論値: 22.451303 KDa
配列文字列: MLRTVAILAC LASASAFAPL ASLPMTGTRA TKAVGPRMQE QMAVPFLQPP SKLSSSMQGY AGFDPLGFSE KFDVNWLREA EIKNGRVAM LGVVGLLIPE FITLPMYSAG ATPYDSAFTV PAWALIQITL GCGAAEYYMH KGKMTPDNMF DGSRAPGDFG W GKADPVMA ...文字列:
MLRTVAILAC LASASAFAPL ASLPMTGTRA TKAVGPRMQE QMAVPFLQPP SKLSSSMQGY AGFDPLGFSE KFDVNWLREA EIKNGRVAM LGVVGLLIPE FITLPMYSAG ATPYDSAFTV PAWALIQITL GCGAAEYYMH KGKMTPDNMF DGSRAPGDFG W GKADPVMA TKEIKNGRLA MLAFGGIMHQ QLITKMGTFA HLVDFKPLVF

+
分子 #29: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 254 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #30: Chlorophyll c2

分子名称: Chlorophyll c2 / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 20 / 式: KC2
分子量理論値: 608.926 Da
Chemical component information

ChemComp-KC2:
Chlorophyll c2

+
分子 #31: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 59 / 式: II0
分子量理論値: 564.84 Da
Chemical component information

ChemComp-II0:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / アロキサンチン

+
分子 #32: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 3 / 式: II3
分子量理論値: 566.856 Da
Chemical component information

ChemComp-II3:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{R},4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohex-2-en-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / モナドキサンチン

+
分子 #33: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E}...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 12 / 式: IHT
分子量理論値: 550.856 Da
Chemical component information

ChemComp-IHT:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン

+
分子 #34: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 7 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #35: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 23 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #36: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #37: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta...

分子名称: (6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene
タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 25 / 式: 8CT
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-8CT:
(6'R,11cis,11'cis,13cis,15cis)-4',5'-didehydro-5',6'-dihydro-beta,beta-carotene

+
分子 #38: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 5 / 式: LMU
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMU:
DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE / 可溶化剤*YM

+
分子 #39: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #40: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #41: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 2 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133521
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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